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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGCTTTAGCTCAGGCCCAGGTCGGCATTGCCATGGCAGGCGGAGTTGGAGCTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAGgtttgtgaactgggtcttgatttaataacccgatgacttcagttataaacttcagcctctccactaattagcaccatataaagttattgacgttctgcaacttgtgattgtgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S121_53V6.1
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162173028|gb|FC348653.1|FC348653
EST:     GGGGGACAAGCTGAGCCAG                         GTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
genomic: GGGGGACAAGCTGAGCCAGgtttgtgaac ... gattgtgcagGTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
EST: gi|37851519|gb|BJ609527.1|BJ609527
EST:     CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAG                         GTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
genomic: CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAGgtttgtgaac ... gattgtgcagGTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
EST: gi|162173029|gb|FC348654.1|FC348654
EST:     CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAG                         GTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
genomic: CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAGgtttgtgaac ... gattgtgcagGTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
EST: gi|37824496|gb|BJ582562.1|BJ582562
EST:     CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAG                         GTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
genomic: CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAGgtttgtgaac ... gattgtgcagGTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
EST: gi|37828462|gb|BJ586474.1|BJ586474
EST:     CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAG                         GTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
genomic: CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAGgtttgtgaac ... gattgtgcagGTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
EST: gi|162154984|gb|FC331402.1|FC331402
EST:     CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAG                         GTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
genomic: CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAGgtttgtgaac ... gattgtgcagGTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
EST: gi|162246674|gb|FC425267.1|FC425267
EST:     GGGGGACAAGCTGAGCCAG                         GTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
genomic: GGGGGACAAGCTGAGCCAGgtttgtgaac ... gattgtgcagGTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
EST: gi|162256486|gb|FC432517.1|FC432517
EST:     CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAG                         GTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
genomic: CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAGgtttgtgaac ... gattgtgcagGTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
EST: gi|162234163|gb|FC410767.1|FC410767
EST:     CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAG                         GTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
genomic: CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAGgtttgtgaac ... gattgtgcagGTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
EST: gi|162163928|gb|FC340150.1|FC340150
EST:     CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAG                         GTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
genomic: CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAGgtttgtgaac ... gattgtgcagGTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
EST: gi|162160038|gb|FC335700.1|FC335700
EST:     CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAG                         GTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
genomic: CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAGgtttgtgaac ... gattgtgcagGTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
EST: gi|37823296|gb|BJ581362.1|BJ581362
EST:     CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAG                         GTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
genomic: CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAGgtttgtgaac ... gattgtgcagGTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
EST: gi|22492312|gb|BU052235.1|BU052235
EST:     CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAG                         GTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
genomic: CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAGgtttgtgaac ... gattgtgcagGTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
EST: gi|18339595|gb|BJ171622.1|BJ171622
EST:     CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAG                         GTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAGGAAGATAAAACAG
genomic: CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAGgtttgtgaac ... gattgtgcagGTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
EST: gi|162196152|gb|FC373493.1|FC373493
EST:     CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAG                         GTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
genomic: CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAGgtttgtgaac ... gattgtgcagGTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
EST: gi|162214363|gb|FC390082.1|FC390082
EST:     CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAG                         GTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
genomic: CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAGgtttgtgaac ... gattgtgcagGTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
EST: gi|162180719|gb|FC357804.1|FC357804
EST:     CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAG                         GTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
genomic: CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAGgtttgtgaac ... gattgtgcagGTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
EST: gi|18333911|gb|BJ165927.1|BJ165927
EST:     CTGCTAGCGAAGTGGCGTCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAG                         GTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
genomic: CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAGgtttgtgaac ... gattgtgcagGTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
EST: gi|37821393|gb|BJ579459.1|BJ579459
EST:     TGCTAGCGAAGGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAG                         GTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
genomic: TGCTAGCGAA-GTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAGgtttgtgaac ... gattgtgcagGTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
EST: gi|162163927|gb|FC340149.1|FC340149
EST:     CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAG                         GTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
genomic: CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAGgtttgtgaac ... gattgtgcagGTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
EST: gi|162168675|gb|FC343937.1|FC343937
EST:     CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAG                         GTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
genomic: CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAGgtttgtgaac ... gattgtgcagGTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
EST: gi|162177315|gb|FC353472.1|FC353472
EST:     CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAG                         GTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG
genomic: CTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAGgtttgtgaac ... gattgtgcagGTTGTTGATGCTCTTGAGTTGAGTCGTTTAACGCTCAAGAAGATAAAACAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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AGCTTTAGCTCAGGCCCAGGTCGGCATTGCCATGGCAGGCGGAGTTGGAGCTGCTAGCGAAGTGGCATCAATAGTTCTTATGGGGGACAAGCTGAGCCAGgtttgtgaactgggtcttgatttaataacccgatgacttcagttataaacttcagcctctccactaattagcaccatataaagttattgacgttctgcaacttgtgattgtgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA