Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTGgttagtgatcacgccttcttttcaacacttatagctgaagttcaaaaatcttacgagtatttctgttaattctttccaaatcgccttacgttaaatgtttttgacctggcttctccgattgtattatag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S22_40V6.2
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162197988|gb|FC373691.1|FC373691
EST:     GGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTG                         GTGTGACCTTATATNNNNNNNCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
genomic: GGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTGgttagtgatc ... tgtattatagGTGTGACCTTATATGGGGGGGCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
EST: gi|37835735|gb|BJ593747.1|BJ593747
EST:     GAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTG                         GTGTGACCTTATATNNNNNNNCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
genomic: GAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTGgttagtgatc ... tgtattatagGTGTGACCTTATATGGGGGGGCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
EST: gi|162154554|gb|FC330764.1|FC330764
EST:     TGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTG                         GTGTGACCTTATATNNNNNNNCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
genomic: TGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTGgttagtgatc ... tgtattatagGTGTGACCTTATATGGGGGGGCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
EST: gi|208396875|gb|DC920443.1|DC920443
EST:     GGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCNTTACAGAGTGCTG                         GTGTGACCTTATATNNNNNNNCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
genomic: GGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTGgttagtgatc ... tgtattatagGTGTGACCTTATATGGGGGGGCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
EST: gi|162167111|gb|FC343587.1|FC343587
EST:     GGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTG                         GTGTGACCTTATATNNNNNNNCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
genomic: GGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTGgttagtgatc ... tgtattatagGTGTGACCTTATATGGGGGGGCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
EST: gi|37839335|gb|BJ597343.1|BJ597343
EST:     GGTTGCAACTGGTGGTTNGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTG                         GTGTGACCTTATATNNNNNNNCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
genomic: GGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTGgttagtgatc ... tgtattatagGTGTGACCTTATATGGGGGGGCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
EST: gi|162276247|gb|FC452601.1|FC452601
EST:     GGTTGCAACTGGTGGTTGGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTG                         GTGTGACCTTATATNNNNNNNCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
genomic: GGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTGgttagtgatc ... tgtattatagGTGTGACCTTATATGGGGGGGCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
EST: gi|37821498|gb|BJ579564.1|BJ579564
EST:     GGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTG                         GTGTGACCTTATATNNNNNNNCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
genomic: GGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTGgttagtgatc ... tgtattatagGTGTGACCTTATATGGGGGGGCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
EST: gi|162191466|gb|FC367170.1|FC367170
EST:     GGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTG                         GTGTGACCTTATATNNNNNNNCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
genomic: GGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTGgttagtgatc ... tgtattatagGTGTGACCTTATATGGGGGGGCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
EST: gi|162210539|gb|FC386835.1|FC386835
EST:     GGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTG                         GTGTGACCTTATATNNNNNNNCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
genomic: GGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTGgttagtgatc ... tgtattatagGTGTGACCTTATATGGGGGGGCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
EST: gi|162153152|gb|FC329558.1|FC329558
EST:     GGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTG                         GTGTGACCTTATATNNNNNNNCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
genomic: GGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTGgttagtgatc ... tgtattatagGTGTGACCTTATATGGGGGGGCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
EST: gi|162235435|gb|FC411570.1|FC411570
EST:     GGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTG                         GTGTGACCTTATATNNNNNNNCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
genomic: GGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTGgttagtgatc ... tgtattatagGTGTGACCTTATATGGGGGGGCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
EST: gi|162210538|gb|FC386834.1|FC386834
EST:     GGTTGCAACTGGTGGTTGGGAAATGCTAGCTTNTGCTTTACAGAGTGCTG                         GTGTGACCTTATATNNNNNNNCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
genomic: GGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTGgttagtgatc ... tgtattatagGTGTGACCTTATATGGGGGGGCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
EST: gi|18338412|gb|BJ170436.1|BJ170436
EST:     GTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTG                         GTGTGACCTTATATNNNNNNNCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
genomic: GTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTGgttagtgatc ... tgtattatagGTGTGACCTTATATGGGGGGGCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
EST: gi|162164179|gb|FC339602.1|FC339602
EST:     GGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTG                         GTGTGACCTTATATNNNNNNNCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
genomic: GGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTGgttagtgatc ... tgtattatagGTGTGACCTTATATGGGGGGGCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
EST: gi|162235436|gb|FC411571.1|FC411571
EST:     GGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTG                         GTGTGACCTTATATNNNNNNNCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA
genomic: GGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTGgttagtgatc ... tgtattatagGTGTGACCTTATATGGGGGGGCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 18

GAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTGgttagtgatc ... tgtattatagGTGTGACCTTATATGGGGGGGCAAGAGCATCCGGAATATTGAAGCTTCCAAGAGCATCCAGCTACCACATTGAATACAGTGCATTGTCTTGTACTGTCGA




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTGgttagtgatcacgccttcttttcaacacttatagctgaagttcaaaaatcttacgagtatttctgttaattctttccaaatcgccttacgttaaatgtttttgacctggcttctccgattgtattatag

- - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG