1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
AGAGTCGGAACGTGTTGATGAGTACAGTCTTGGAACGAGGGAGAGTCTGCAAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaattttcaaccaaccttcaaactggtggaggtccttttgctcattttatggacagggatgttgtcatagttgcacttacactggaaatgtaattggttgcag
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S15_298V6.1 |
intron # | 15 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCTEST: gi|37830540|gb|BJ588552.1|BJ588552
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: GGGGATGCAAGTTTGTGAG GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCTEST: gi|7047244|gb|AW477138.1|AW477138
genomic: GGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCTEST: gi|162170613|gb|FC347109.1|FC347109
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCTEST: gi|162270703|gb|FC446316.1|FC446316
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCTEST: gi|162174129|gb|FC350332.1|FC350332
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCTEST: gi|37842472|gb|BJ600480.1|BJ600480
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCTEST: gi|162161341|gb|FC336767.1|FC336767
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCTEST: gi|162161340|gb|FC336766.1|FC336766
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCTEST: gi|37839057|gb|BJ597065.1|BJ597065
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCTEST: gi|37831389|gb|BJ589401.1|BJ589401
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCTEST: gi|37853045|gb|BJ611053.1|BJ611053
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCTEST: gi|37840740|gb|BJ598748.1|BJ598748
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCTEST: gi|162170614|gb|FC347110.1|FC347110
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCTEST: gi|162177637|gb|FC353223.1|FC353223
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGAGTCGGAACGTGTTGATGAGTACAGTCTTGGAACGAGGGAGAGTCTGCAAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaattttcaaccaaccttcaaactggtggaggtccttttgctcattttatggacagggatgttgtcatagttgcacttacactggaaatgtaattggttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG