Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTAAAGTGCTCTCCGATCTTATTGCGGATTTGGAAGATCCAGCCATTTCTTCTGAGTTGAGGTTCAAGATTGATCAATCTCATCCTGATATTGGGTCAGGgtaagttgatttttgaactccaatcttttatagagacccttgtttatatttaaacctcgaatgattttatccaagattataggtacataaatcactgaat...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S152_87V6.2
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67579146|gb|BJ951297.1|BJ951297
EST:     TCTGAGNTGAGGTTCAAGATTGATCAATCTCATCNTGATATTGGGTCAGG                         AGGTTTCAAAGCATATGGAGAGCAAGTCCTGGATAAATTGGATCAATTGGT
genomic: TCTGAGTTGAGGTTCAAGATTGATCAATCTCATCCTGATATTGGGTCAGGgtaagttgat ... acatggccagAGGTTTCAAAGCATATGGAGAGCAAGTCCTGGATAAATTGGATCAATTGGT
EST: gi|162215700|gb|FC391415.1|FC391415
EST:     TCTGAGTTGAGGTTCAAGATTGATCAATCTCATCCTGATATTGNGTCANG                         AGGTTTCAAAGCATATGGAAAGCAAGTCCTGGATAAATTGGATCAATTGGT
genomic: TCTGAGTTGAGGTTCAAGATTGATCAATCTCATCCTGATATTGGGTCAGGgtaagttgat ... acatggccagAGGTTTCAAAGCATATGGAGAGCAAGTCCTGGATAAATTGGATCAATTGGT