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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTTTCCACCGACGCATTATGCCCGTGGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGACACCAACTCTTGCAACTCGgtatgtatctatgattttcctctcgaatatttagtaatatcatcttaattgttcagcaattctttacagctatgtaacgtaaacatttcggtttcttggcgctaatgattttcaactcttccttccgtcaatgacag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S28_184V6.2
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208352952|gb|DC926059.1|DC926059
EST:     GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGACACCAACTCTTGCAACTCG                         GTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
genomic: GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGACACCAACTCTTGCAACTCGgtatgtatct ... tcaatgacagGTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
EST: gi|162256738|gb|FC432632.1|FC432632
EST:     GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGACACCAACTCTTGCAACTCG                         GTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
genomic: GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGACACCAACTCTTGCAACTCGgtatgtatct ... tcaatgacagGTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
EST: gi|208398246|gb|DC912287.1|DC912287
EST:     GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGACACCAACTCTTGCAACTCG                         GTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
genomic: GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGACACCAACTCTTGCAACTCGgtatgtatct ... tcaatgacagGTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
EST: gi|162171439|gb|FC346714.1|FC346714
EST:     GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGATACCAACTCTTGCAACTCG                         GTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
genomic: GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGACACCAACTCTTGCAACTCGgtatgtatct ... tcaatgacagGTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
EST: gi|162255770|gb|FC431430.1|FC431430
EST:     GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGACACCAACTCTTGCAACTCG                         GTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
genomic: GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGACACCAACTCTTGCAACTCGgtatgtatct ... tcaatgacagGTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
EST: gi|18334138|gb|BJ166154.1|BJ166154
EST:     GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGACACCAACTCTTGCAACTCG                         GTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
genomic: GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGACACCAACTCTTGCAACTCGgtatgtatct ... tcaatgacagGTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
EST: gi|37838300|gb|BJ596308.1|BJ596308
EST:     CCTGTAATCCCTGTTGTTAACCNTCCGACACCAACTCTTGCAACTCG                         GTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
genomic: CCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGACACCAACTCTTGCAACTCGgtatgtatct ... tcaatgacagGTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
EST: gi|162152204|gb|FC328183.1|FC328183
EST:     GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGATACCAACTCTTGCAACTCG                         GTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
genomic: GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGACACCAACTCTTGCAACTCGgtatgtatct ... tcaatgacagGTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC