Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCCGACTAATTCTTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgcagtttctaaacctgaattacctagtgcaaggcgtcattccagctgtagttcagttctctaatgggtgttagctgttttaaaatgattactt...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S269_30V6.2
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S269_30V6.2 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os06g10280.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
GGCCGACTAATTCTTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgcagtttctaaacctgaattacctagtgcaaggcgtcattccagctgtagttcagttctctaatgggtgttagctgttttaaaatgattactt---
||  |  | || ||||| ||| |||||||||||||||||||| | || || |||||||||| |||| ||  ||   || | |  |  ||  | |  | | |   | ||   ||  ||||  | |||    | | |    | |  |     | |    ||| ||   
GGAAGGATGATACTTGCTCATTTATGTGATGAACCCAAAGGTCTCAAAACTGGAATGTGCATGgtatgtc-catactccatagttccatgtcttgtttctatctg-cacatcacgtgtacatgagtcacttgaag----taaaataccaaatatctcttatttcag

upper sequence: PP1S269_30V6.2 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G466281_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 14
GGCCGACTAATTCTTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgcagtttctaaacctgaattacctagtgcaaggcgtcattccagctgtagttcagttct--ctaatgggtgttagctgttttaaaatgattactt
||  || | ||||| || ||  | |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||  |    | ||  ||| |  ||| |     ||       | |  ||  |   | ||  |  ||  ||||    |  ||  | |  |   |         
GGAAGAATGATTCTGGCTCACTTGTGTGATGAACCCAAGGGTTTGAAAACAGGGATGTGCATGgtactt----gcttggaaagcccaatcattctttgttcttttttacaccgtcctcatttatgaccttactaaaaaatcgtatttatccttctacag------

upper sequence: PP1S269_30V6.2 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G466281_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 1
-------------------------------------GGCCGACTAATTCTTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgcagtttctaaacctgaattacctagtgcaaggcgtcattccagctgtagttcagttct--ctaatgggtgttagctgttttaaaatgattactt
                                     ||  || | ||||| || ||  | |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||  |    | ||  ||| |  ||| |     ||       | |  ||  |   | ||  |  ||  ||||    |  ||  | |  |   |         
TGAACATTACTTTACATCTGCTTATATTGCTCCACAGGGAAGAATGATTCTGGCTCACTTGTGTGATGAACCCAAGGGTTTGAAAACAGGGATGTGCATGgtactt----gcttggaaagcccaatcattctttgttcttttttacaccgtcctcatttatgaccttactaaaaaatcgtatttatccttctacag------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37840929|gb|BJ598937.1|BJ598937
EST:     TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACG                         GCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
genomic: TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgca ... ggctcaatagGCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
EST: gi|162255598|gb|FC431596.1|FC431596
EST:     TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACG                         GCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
genomic: TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgca ... ggctcaatagGCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
EST: gi|162279090|gb|FC455429.1|FC455429
EST:     TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACG                         GCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
genomic: TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgca ... ggctcaatagGCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
EST: gi|208386299|gb|DC953012.1|DC953012
EST:     TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACG                         GCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
genomic: TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgca ... ggctcaatagGCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
EST: gi|18339902|gb|BJ171929.1|BJ171929
EST:     TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACG                         GCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
genomic: TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgca ... ggctcaatagGCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
EST: gi|208348107|gb|DC916917.1|DC916917
EST:     TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACG                         GCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
genomic: TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgca ... ggctcaatagGCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
EST: gi|67696733|gb|BJ956966.1|BJ956966
EST:     TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACG                         GCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
genomic: TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgca ... ggctcaatagGCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
EST: gi|18341451|gb|BJ173486.1|BJ173486
EST:     TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACG                         GCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
genomic: TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgca ... ggctcaatagGCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
EST: gi|208376570|gb|DC922601.1|DC922601
EST:     TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACG                         GCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
genomic: TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgca ... ggctcaatagGCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
EST: gi|162183659|gb|FC359900.1|FC359900
EST:     TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACG                         GCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
genomic: TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgca ... ggctcaatagGCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
EST: gi|208381414|gb|DC927850.1|DC927850
EST:     TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACG                         GCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
genomic: TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgca ... ggctcaatagGCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
EST: gi|208344725|gb|DC905174.1|DC905174
EST:     TTGCACATCTATGTGATGAGCCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACG                         GCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGAT-GGCAATGCACTGTCAGCAA-TTAT
genomic: TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgca ... ggctcaatagGCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
EST: gi|162189304|gb|FC366774.1|FC366774
EST:     TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACG                         GCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
genomic: TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgca ... ggctcaatagGCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
EST: gi|208394434|gb|DC928486.1|DC928486
EST:     TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACG                         GCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
genomic: TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgca ... ggctcaatagGCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
EST: gi|208354437|gb|DC926614.1|DC926614
EST:     TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACG                         GCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
genomic: TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgca ... ggctcaatagGCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
EST: gi|208397506|gb|DC916390.1|DC916390
EST:     TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACG                         GCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
genomic: TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgca ... ggctcaatagGCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
EST: gi|18334107|gb|BJ166123.1|BJ166123
EST:     TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACG                         GCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
genomic: TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgca ... ggctcaatagGCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
EST: gi|208347298|gb|DC925322.1|DC925322
EST:     TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACG                         GCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
genomic: TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgca ... ggctcaatagGCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
EST: gi|208356794|gb|DC926805.1|DC926805
EST:     TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACG                         GCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
genomic: TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgca ... ggctcaatagGCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
EST: gi|208363842|gb|DC943299.1|DC943299
EST:     TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACG                         GCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
genomic: TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgca ... ggctcaatagGCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
EST: gi|18340631|gb|BJ172659.1|BJ172659
EST:     TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACG                         GCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
genomic: TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgca ... ggctcaatagGCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
EST: gi|208395040|gb|DC924175.1|DC924175
EST:     TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACG                         GCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
genomic: TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgca ... ggctcaatagGCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
EST: gi|208380224|gb|DC919060.1|DC919060
EST:     TTGCACATCTATGTGATGAGCCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACG                         GCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
genomic: TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgca ... ggctcaatagGCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
EST: gi|208355907|gb|DC926668.1|DC926668
EST:     TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACG                         GCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
genomic: TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgca ... ggctcaatagGCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
EST: gi|208354673|gb|DC918699.1|DC918699
EST:     TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACG                         GCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT
genomic: TTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgca ... ggctcaatagGCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 34 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 12

GGCCGACTAATTCTTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgca ... ggctcaatagGCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGCCGACTAATTCTTGCACATCTATGTGATGAACCCAAAGGTTTGAAGACAGGAATGTGCACGgtaagttgcagtttctaaacctgaattacctagtgcaaggcgtcattccagctgtagttcagttctctaatgggtgttagctgttttaaaatgattactt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA