1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' |
AGTCTGCCATGTCTATGTTGATACGGCTGCTGATCTAGAGAAAGCCAAGAATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTGgtatgctgtggttatgagttagcctttcaatttattcattgtgtgactcccatggggcaacgctgtttggattgattcagattaggggattgatgtggat...
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S22_40V6.2 |
intron # | 14 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATATCGTGATTGACTCANAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTG GAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTTGCA-CTGGTGGTTTGGAAATEST: gi|162197988|gb|FC373691.1|FC373691
genomic: ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTGgtatgctgtg ... gttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTT-GCAACTGGTGGTTTGGAAAT
EST: ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTG GAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGEST: gi|208396875|gb|DC920443.1|DC920443
genomic: ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTGgtatgctgtg ... gttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
EST: TATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCNACGCTCTG GAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGEST: gi|162167111|gb|FC343587.1|FC343587
genomic: TATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTGgtatgctgtg ... gttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
EST: ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTG GAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGEST: gi|162191466|gb|FC367170.1|FC367170
genomic: ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTGgtatgctgtg ... gttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
EST: ATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCGG GAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGEST: gi|162210539|gb|FC386835.1|FC386835
genomic: ATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTGgtatgctgtg ... gttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
EST: ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTG GAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGEST: gi|162153152|gb|FC329558.1|FC329558
genomic: ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTGgtatgctgtg ... gttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
EST: ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTG GAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGEST: gi|162235435|gb|FC411570.1|FC411570
genomic: ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTGgtatgctgtg ... gttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
EST: GACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTG GAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGEST: gi|162210538|gb|FC386834.1|FC386834
genomic: GACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTGgtatgctgtg ... gttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
EST: GCATGCAACGCTCTG GAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTGGGAAATGEST: gi|162167791|gb|FC344521.1|FC344521
genomic: GCATGCAACGCTCTGgtatgctgtg ... gttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
EST: ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTG GAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCCACTGEST: gi|162164179|gb|FC339602.1|FC339602
genomic: ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTGgtatgctgtg ... gttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTG
EST: ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTG GAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGEST: gi|162235436|gb|FC411571.1|FC411571
genomic: ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTGgtatgctgtg ... gttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
EST: ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTG GAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
genomic: ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTGgtatgctgtg ... gttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGTCTGCCATGTCTATGTTGATACGGCTGCTGATCTAGAGAAAGCCAAGAATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTGgtatgctgtggttatgagttagcctttcaatttattcattgtgtgactcccatggggcaacgctgtttggattgattcagattaggggattgatgtggat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC