Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacgacagttctatttttagatttctttttctcaatccaaaattacattcccaacataatcgccatctatttcggattatacttcaaatagaggtttcctaatgttgaaaactgacgtgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S169_73V6.2
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162203186|gb|FC379283.1|FC379283
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|162175454|gb|FC350924.1|FC350924
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|37832005|gb|BJ590017.1|BJ590017
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|37822469|gb|BJ580535.1|BJ580535
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|37823397|gb|BJ581463.1|BJ581463
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|162183680|gb|FC359908.1|FC359908
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|162198129|gb|FC373079.1|FC373079
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|37829624|gb|BJ587636.1|BJ587636
EST:     TTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: TTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|37827542|gb|BJ585554.1|BJ585554
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|18336709|gb|BJ168732.1|BJ168732
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|37841942|gb|BJ599950.1|BJ599950
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|37829602|gb|BJ587614.1|BJ587614
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|37834715|gb|BJ592727.1|BJ592727
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|37828539|gb|BJ586551.1|BJ586551
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|67720614|gb|BJ970873.1|BJ970873
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|162266558|gb|FC442789.1|FC442789
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|162160838|gb|FC337660.1|FC337660
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|208365406|gb|DC950873.1|DC950873
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|37823750|gb|BJ581816.1|BJ581816
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC