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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGAATCTAATTGCCCTATTTGCAATGATTTCTTGTTCACTTCCAACACGCCTGTCAAAGCTCTTCCGTGTGGTCACTTCATGCACTCCGCCTGCTTTAAGgtgtgcactgaccttttctactaaaaactttgtgtactcaaaccaggtttaggtcccaggtgcagatcgttttgtagtaatcttctttagtccagtggtt...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S77_113V6.1
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37830106|gb|BJ588118.1|BJ588118
EST:     CTGTCAAAGCTCTTCCGTGTGGTCACTTCATGCACTCCGCCTGCTTTAAG                         GCCTATACGTGCAGTCATTATACTTTGCCCTATCTGCTGCAAGTCCCTAGG
genomic: CTGTCAAAGCTCTTCCGTGTGGTCACTTCATGCACTCCGCCTGCTTTAAGgtgtgcactg ... tattttgcagGCCTATACGTGCAGTCATTATAC-TTGCCCTATCTGCTGCAAGTCCCTAGG
EST: gi|162239396|gb|FC414013.1|FC414013
EST:     CTGTCAAAGCTCTTCCGTGTGGTCACTTCATGCACTCCGCCTGCTTTAAG                         GCCTATACGTGCAGTCATTATACTTGCCCTATCTGCTGCAAGTCCCTAGGG
genomic: CTGTCAAAGCTCTTCCGTGTGGTCACTTCATGCACTCCGCCTGCTTTAAGgtgtgcactg ... tattttgcagGCCTATACGTGCAGTCATTATACTTGCCCTATCTGCTGCAAGTCCCTAGGG