Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAGgtatgctcttcctttgactttagatattgaatatgctcaacttacacttaaagttattcatgttcacttaacatttatggaattttatgtttgttttctcgtcacttttctcccatccctagaatttgtcgaagttgaataaatgtgtttgatgtgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S37_33V6.1
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162176172|gb|FC351914.1|FC351914
EST:     ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAG                         CTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
genomic: ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAGgtatgctctt ... tgatgtgcagCTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
EST: gi|15320332|gb|BI488151.1|BI488151
EST:     ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAG                         CTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
genomic: ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAGgtatgctctt ... tgatgtgcagCTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
EST: gi|162165708|gb|FC340889.1|FC340889
EST:     ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAG                         CTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
genomic: ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAGgtatgctctt ... tgatgtgcagCTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
EST: gi|208386538|gb|DC952747.1|DC952747
EST:     ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAG                         CTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
genomic: ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAGgtatgctctt ... tgatgtgcagCTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
EST: gi|67697462|gb|BJ957695.1|BJ957695
EST:     ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAG                         CTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
genomic: ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAGgtatgctctt ... tgatgtgcagCTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
EST: gi|37823157|gb|BJ581223.1|BJ581223
EST:     ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAG                         CTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
genomic: ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAGgtatgctctt ... tgatgtgcagCTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
EST: gi|208388659|gb|DC953435.1|DC953435
EST:     ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAG                         CTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
genomic: ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAGgtatgctctt ... tgatgtgcagCTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
EST: gi|208363044|gb|DC957985.1|DC957985
EST:     ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAG                         CTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
genomic: ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAGgtatgctctt ... tgatgtgcagCTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
EST: gi|37847922|gb|BJ605930.1|BJ605930
EST:     ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAG                         CTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
genomic: ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAGgtatgctctt ... tgatgtgcagCTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
EST: gi|37835509|gb|BJ593521.1|BJ593521
EST:     ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAG                         CTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
genomic: ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAGgtatgctctt ... tgatgtgcagCTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
EST: gi|162152561|gb|FC328839.1|FC328839
EST:     ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAG                         CTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
genomic: ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAGgtatgctctt ... tgatgtgcagCTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
EST: gi|67724660|gb|BJ974919.1|BJ974919
EST:     ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAG                         CTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
genomic: ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAGgtatgctctt ... tgatgtgcagCTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
EST: gi|162194037|gb|FC370212.1|FC370212
EST:     ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAG                         CTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
genomic: ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAGgtatgctctt ... tgatgtgcagCTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
EST: gi|208356950|gb|DC922286.1|DC922286
EST:     ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTTTCTCAG                         CTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
genomic: ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAGgtatgctctt ... tgatgtgcagCTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
EST: gi|162234310|gb|FC409848.1|FC409848
EST:     ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAG                         CTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
genomic: ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAGgtatgctctt ... tgatgtgcagCTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
EST: gi|37825198|gb|BJ583264.1|BJ583264
EST:     ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAG                         CTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
genomic: ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAGgtatgctctt ... tgatgtgcagCTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
EST: gi|162202112|gb|FC378033.1|FC378033
EST:     ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAG                         CTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG
genomic: ACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAGgtatgctctt ... tgatgtgcagCTCATCTGGGATCGAGCACTTGGTCTTCCAATTGAACGACCGAAGAGTATG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTACTACACTGTGCTTTTTGGAGTATCACGTGCCATGGGTGTCCTCTCTCAGgtatgctcttcctttgactttagatattgaatatgctcaacttacacttaaagttattcatgttcacttaacatttatggaattttatgtttgttttctcgtcacttttctcccatccctagaatttgtcgaagttgaataaatgtgtttgatgtgcag

- - - - - - - -  TTGGAG