Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATCTGAGAGCTTGACTGAGCTTATGTCCATGATAGCCCAGCGTGTTGGGCATGATATTGATCGTACTCACCTATCCCGACTTATGgtatgttcgcgttttgtgaatttttggatttacaccagtattcaaaggttgtttgactaaattttgtagtgttctctttgacgtctagaagtgtgcacaccaattactttctcgcttactgtcatggagaatgattctattgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S86_24V6.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162166443|gb|FC342425.1|FC342425
EST:     CCCAGCGTGTTGGGCATGATATTGATCGTACTCACCTATCCCGACTTATG                         TATGTGGACGATGAAGGCGACAAAGTGCTGCTCGCCACTGACTCGGATCTT
genomic: CCCAGCGTGTTGGGCATGATATTGATCGTACTCACCTATCCCGACTTATGgtatgttcgc ... tctattgcagTATGTGGACGATGAAGGCGACAAAGTGCTGCTCGCCACTGACTCGGATCTT
EST: gi|19788036|gb|BQ040704.1|BQ040704
EST:     CCCAGCGTGTTGGGCATGATATTGATCGTACTCACCTATCCCGACTTATG                         TATGTGGACGATGAAGGCGACAAAGTGCTGCTCGCCACTGACTCGGATCT
genomic: CCCAGCGTGTTGGGCATGATATTGATCGTACTCACCTATCCCGACTTATGgtatgttcgc ... tctattgcagTATGTGGACGATGAAGGCGACAAAGTGCTGCTCGCCACTGACTCGGATCT
EST: gi|18339175|gb|BJ171202.1|BJ171202
EST:     CCCAGCGTGTTGGGCATGATATTGATCGTACTCACCTATCCCGANTTATG                         TATGTGGACGATGAAGGCGACAAAGTGCTGCTCGCCACTGACTCGGATCTT
genomic: CCCAGCGTGTTGGGCATGATATTGATCGTACTCACCTATCCCGACTTATGgtatgttcgc ... tctattgcagTATGTGGACGATGAAGGCGACAAAGTGCTGCTCGCCACTGACTCGGATCTT
EST: gi|37822050|gb|BJ580116.1|BJ580116
EST:     CCCAGCGTGTTGGGCATGATATTGATCGTACTCACCTATCCCGACTTATG                         TATGTGGACGATGAAGGCGACAAAGTGCTGCTCGCCACTGACTCGGATCTT
genomic: CCCAGCGTGTTGGGCATGATATTGATCGTACTCACCTATCCCGACTTATGgtatgttcgc ... tctattgcagTATGTGGACGATGAAGGCGACAAAGTGCTGCTCGCCACTGACTCGGATCTT
EST: gi|37840029|gb|BJ598037.1|BJ598037
EST:     CCCAGCGTGTTGGGCATGATATTGATCGTACTCACCTATCCCGACTTATG                         TATGTGGACGATGAAGGCGACAAAGTGCTGCTCGCCACTGACTCGGATCTT
genomic: CCCAGCGTGTTGGGCATGATATTGATCGTACTCACCTATCCCGACTTATGgtatgttcgc ... tctattgcagTATGTGGACGATGAAGGCGACAAAGTGCTGCTCGCCACTGACTCGGATCTT
EST: gi|162164168|gb|FC339591.1|FC339591
EST:     CCCAGCGTGTTGGGCATGATATTGATCGTACTCACCTATCCCGACTTATG                         TATGTGGACGATGAAGGCGACAAAGTGCTGCTCGCCACTGACTCGGATCTT
genomic: CCCAGCGTGTTGGGCATGATATTGATCGTACTCACCTATCCCGACTTATGgtatgttcgc ... tctattgcagTATGTGGACGATGAAGGCGACAAAGTGCTGCTCGCCACTGACTCGGATCTT
EST: gi|162232220|gb|FC407757.1|FC407757
EST:     CACCTATCCCGACTTATG                         TATGTGGACGATGAAGGCGACAAAGTGCTGCTCGCCACTGACTCGGATCTT
genomic: CACCTATCCCGACTTATGgtatgttcgc ... tctattgcagTATGTGGACGATGAAGGCGACAAAGTGCTGCTCGCCACTGACTCGGATCTT
EST: gi|162164169|gb|FC339592.1|FC339592
EST:     CCCAGCGTGTTGGGCATGATATTGATCGTACTCACCTATCCCGACTTATG                         TATGTGGACGATGAAGGCGACAAAGTGCTGCTCGCCACTGACTCGGATCTT
genomic: CCCAGCGTGTTGGGCATGATATTGATCGTACTCACCTATCCCGACTTATGgtatgttcgc ... tctattgcagTATGTGGACGATGAAGGCGACAAAGTGCTGCTCGCCACTGACTCGGATCTT
EST: gi|37844633|gb|BJ602641.1|BJ602641
EST:     CCCAGCGTGTTGGGCATGATATTGATCGTACTCACCTATCCCGACTTATG                         TATGTGGACGATGAAGGCGACAAAGTGCTGCTCGCCACTGACTCGGATCTT
genomic: CCCAGCGTGTTGGGCATGATATTGATCGTACTCACCTATCCCGACTTATGgtatgttcgc ... tctattgcagTATGTGGACGATGAAGGCGACAAAGTGCTGCTCGCCACTGACTCGGATCTT
EST: gi|37828890|gb|BJ586902.1|BJ586902
EST:     CCCAGCGTGTTGGGCATGATATTGATCGTACTCACCTATCCCGACTTATG                         TATGTGGACGATGAAGGCGACAAAGTGCTGCTCGCCACTGACTCGGATCTT
genomic: CCCAGCGTGTTGGGCATGATATTGATCGTACTCACCTATCCCGACTTATGgtatgttcgc ... tctattgcagTATGTGGACGATGAAGGCGACAAAGTGCTGCTCGCCACTGACTCGGATCTT
EST: gi|37825014|gb|BJ583080.1|BJ583080
EST:     CCCAGCGTGTTGGGCATGATATTGATCGTACTCACCTATCCCGACTTATG                         TATGTGGACGATGAAGGCGACAAAGTGCTGCTCGCCACTGACTCGGATCTT
genomic: CCCAGCGTGTTGGGCATGATATTGATCGTACTCACCTATCCCGACTTATGgtatgttcgc ... tctattgcagTATGTGGACGATGAAGGCGACAAAGTGCTGCTCGCCACTGACTCGGATCTT
EST: gi|37829827|gb|BJ587839.1|BJ587839
EST:     CCCAGCGTGTTGGGCATGATATTGATCGTACTCACCTATCCCGACTTATG                         TATGTGGACGATGAAGGCGACAAAGTGCTGCTCGCCACTGACTCGGATCTT
genomic: CCCAGCGTGTTGGGCATGATATTGATCGTACTCACCTATCCCGACTTATGgtatgttcgc ... tctattgcagTATGTGGACGATGAAGGCGACAAAGTGCTGCTCGCCACTGACTCGGATCTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 32 (upstream exon), 30 (downstream exon)
Score: 7

GATCTGAGAGCTTGACTGAGCTTATGTCCATGATAGCCCAGCGTGTTGGGCATGATATTGATCGTACTCACCTATCCCGACTTATGgtatgttcgc ... tctattgcagTATGTGGACGATGAAGGCGACAAAGTGCTGCTCGCCACTGACTCGGATCTTGTGGCTGCTGTCAACTTTGCACGCATTAGCGGATGGAAG




<











<


<