Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTACCATAATGTCAACATCAGTGTTGCTGTCCAGACTGAGCACGGACTGATGGTCCCTGTTGTTAAGgtaatttttgtgatatgttacatcttggagacatcaatacgtgtataatcttgtatttgatcaatgaagctgttcatatgtgtcctgaccgttgttttggcttttgtag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S78_56V6.2
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208389144|gb|DC945720.1|DC945720
EST:     TCAGTGTTGCTGTCCAGACTGAGCACGGACTGATGGTCCCTGTTGTTAAG                         GATGCGGATAAGAAGGGTTTGGCCACAATTACAGAGGATGTGAAGACATTA
genomic: TCAGTGTTGCTGTCCAGACTGAGCACGGACTGATGGTCCCTGTTGTTAAGgtaatttttg ... gcttttgtagGATGCGGATAAGAAGGGTTTGGCCACAATTACAGAGGATGTGAAGACATTA
EST: gi|208372298|gb|DC948487.1|DC948487
EST:     TCAGTGTTGCTGTCCAGACTGAGCACGGACTGATGGTCCCTGTTGTTAAG                         GATGCGGATAAGAAGGGTTTGGCCACAATTACAGAGGATGTGAAGACATTA
genomic: TCAGTGTTGCTGTCCAGACTGAGCACGGACTGATGGTCCCTGTTGTTAAGgtaatttttg ... gcttttgtagGATGCGGATAAGAAGGGTTTGGCCACAATTACAGAGGATGTGAAGACATTA
EST: gi|208363391|gb|DC946989.1|DC946989
EST:     TCAGTGTTGCTGTCCAGACTGAGCACGGACTGATGGTCCCTGTTGTTAAG                         GATGCGGATAAGAAGGGTTTGGCCACAATTACAGAGGATGTGAAGACATTA
genomic: TCAGTGTTGCTGTCCAGACTGAGCACGGACTGATGGTCCCTGTTGTTAAGgtaatttttg ... gcttttgtagGATGCGGATAAGAAGGGTTTGGCCACAATTACAGAGGATGTGAAGACATTA
EST: gi|67696740|gb|BJ956973.1|BJ956973
EST:     TCAGTGTTGCTGTCCAGACTGAGCACGGACTGATGGTCCCTGTTGTTAAG                         GATGCGGATAAGAAGGGTTTGGCCACAATTACAGAGGATGTGAAGACATTA
genomic: TCAGTGTTGCTGTCCAGACTGAGCACGGACTGATGGTCCCTGTTGTTAAGgtaatttttg ... gcttttgtagGATGCGGATAAGAAGGGTTTGGCCACAATTACAGAGGATGTGAAGACATTA
EST: gi|208374118|gb|DC952549.1|DC952549
EST:     TCAGTGTTGCTGTCCAGACTGAGCACGGACTGATGGTCCCTGTTGTTAAG                         GATGCGGATAAGAAGGGTTTGGCCACAATTACAGAGGATGTGAAGACATTA
genomic: TCAGTGTTGCTGTCCAGACTGAGCACGGACTGATGGTCCCTGTTGTTAAGgtaatttttg ... gcttttgtagGATGCGGATAAGAAGGGTTTGGCCACAATTACAGAGGATGTGAAGACATTA
EST: gi|162172597|gb|FC349370.1|FC349370
EST:     TGCTGTCCAGACTGAGCACGGACTGATGGTCCCTGTTGTTAAG                         GATGCGGATAAGAAGGGTTTGGCCACAATTACAGAGGATGTGAAGACATTA
genomic: TGCTGTCCAGACTGAGCACGGACTGATGGTCCCTGTTGTTAAGgtaatttttg ... gcttttgtagGATGCGGATAAGAAGGGTTTGGCCACAATTACAGAGGATGTGAAGACATTA
EST: gi|67695414|gb|BJ955647.1|BJ955647
EST:     TCAGTGTTNCTGTCCAGACTGAGCACGGACTGATGGTCCCTGNTGTTAAG                         GATGCGGATAAGAAGGGTTTGGCCACAATTACAGAGGATGTGAAGACATTA
genomic: TCAGTGTTGCTGTCCAGACTGAGCACGGACTGATGGTCCCTGTTGTTAAGgtaatttttg ... gcttttgtagGATGCGGATAAGAAGGGTTTGGCCACAATTACAGAGGATGTGAAGACATTA
EST: gi|208370468|gb|DC952171.1|DC952171
EST:     TCAGTGTTGCTGTCCAGACTGAGCACGGACTGATGGTCCCTGTTGTTAAG                         GATGCGGATAAGAAGGGTTTGGCCACAATTACAGAGGATGTGAAGACATTA
genomic: TCAGTGTTGCTGTCCAGACTGAGCACGGACTGATGGTCCCTGTTGTTAAGgtaatttttg ... gcttttgtagGATGCGGATAAGAAGGGTTTGGCCACAATTACAGAGGATGTGAAGACATTA
EST: gi|67698433|gb|BJ958666.1|BJ958666
EST:     TCAGTGTTGCTGTCCAGACTGAGCACGGACTGATGGTCCCTGTTGTTAAG                         GATGCGGATAAGAAGGGTTTGGCCACAATTACAGAGGATGTGAAGACATTA
genomic: TCAGTGTTGCTGTCCAGACTGAGCACGGACTGATGGTCCCTGTTGTTAAGgtaatttttg ... gcttttgtagGATGCGGATAAGAAGGGTTTGGCCACAATTACAGAGGATGTGAAGACATTA