Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGACGCATCTTTTGGATACCCTGGCGGTCCTATACTGTTCAAGAATTTAAATTTTGGAATTGACCTCGACAGTCGATTAGCAAgtaaacttctaaatttttctgcttacagcttgtacagaataagtaaattgtgtgatggagttttcattgaatggatgatttcttagttttcgatgaaatt...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S47_97V6.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162199129|gb|FC375821.1|FC375821
EST:     ACTGTTCAAGAATTTAAATTTTGGAATTGACCTCGACAGTCGATTAGCAA                         TGGTGGGTCCAAATGGTATTGGAAAGTCTACATTGTTGAAGTTAATTTCAG
genomic: ACTGTTCAAGAATTTAAATTTTGGAATTGACCTCGACAGTCGATTAGCAAgtaaacttct ... gtgtgcgcagTGGTGGGTCCAAATGGTATTGGAAAGTCTACATTGTTGAAGTTAATTTCAG
EST: gi|162187556|gb|FC363818.1|FC363818
EST:     GACCTCGACAGTCGATTAGCAA                         TGGTGGGTCCAAATGGTATTGGAAAGTCTACATTGTTGAAGTTAATTTCAG
genomic: GACCTCGACAGTCGATTAGCAAgtaaacttct ... gtgtgcgcagTGGTGGGTCCAAATGGTATTGGAAAGTCTACATTGTTGAAGTTAATTTCAG
EST: gi|37836283|gb|BJ594291.1|BJ594291
EST:     GACAGTCGATTAGCAA                         TGGTGGGTCCAAATGGTATTGGAAAGTCTACATTGTTGAAGTTAATTTCAG
genomic: GACAGTCGATTAGCAAgtaaacttct ... gtgtgcgcagTGGTGGGTCCAAATGGTATTGGAAAGTCTACATTGTTGAAGTTAATTTCAG
EST: gi|162174579|gb|FC350234.1|FC350234
EST:     ACTGTTCAAGAATTTAAATTTT-GAATTGACCTCGACAGTCGATTAGCAA                         TGGTGGGTCCAAATGGTATTGGAAAGTCTACATTGTTGAAGTTAATTTCAG
genomic: ACTGTTCAAGAATTTAAATTTTGGAATTGACCTCGACAGTCGATTAGCAAgtaaacttct ... gtgtgcgcagTGGTGGGTCCAAATGGTATTGGAAAGTCTACATTGTTGAAGTTAATTTCAG