Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTTTAGTGTTTTCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAGgtatgtctagggttgtgtattagctgacaagttgcagaaatctttattgtaactagatgttactccagaccgatacctttgcttctgtgtttgtagattggagaaattgttttcctcgtgcacttaatgtgtactcttggggtttggcatgtgaacag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S286_35V6.2
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18336593|gb|BJ168615.1|BJ168615
EST:     TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAG                         GTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAA
genomic: TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAGgtatgtctag ... atgtgaacagGTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAA
EST: gi|37822683|gb|BJ580749.1|BJ580749
EST:     TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAG                         GTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAA
genomic: TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAGgtatgtctag ... atgtgaacagGTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAA
EST: gi|162278814|gb|FC454657.1|FC454657
EST:     TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAG                         GTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAA
genomic: TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAGgtatgtctag ... atgtgaacagGTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAA
EST: gi|37837044|gb|BJ595052.1|BJ595052
EST:     TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAG                         GTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAA
genomic: TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAGgtatgtctag ... atgtgaacagGTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAA
EST: gi|37844453|gb|BJ602461.1|BJ602461
EST:     TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAG                         GTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAA
genomic: TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAGgtatgtctag ... atgtgaacagGTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAA
EST: gi|162278813|gb|FC454656.1|FC454656
EST:     TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAG                         GTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAA
genomic: TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAGgtatgtctag ... atgtgaacagGTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAA
EST: gi|37852463|gb|BJ610471.1|BJ610471
EST:     TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAG                         GTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAA
genomic: TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAGgtatgtctag ... atgtgaacagGTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAA