Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCACACTGCTCGGGGTTCTGAAGGAGAAAAATGGTCACTTTGGGGTCGCTGGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttgcatggtctaaccatttcccagattagccattcccttccactgttgtggtaactgcaaaggtgttgatacgtaatttcttacaatgttctc...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S160_44V6.2
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S160_44V6.2 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os01g02020.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
TCACACTGCTCGGGGTTCTGAAGGAGAAAAATGGTCACTTTGGGGTCGCTGGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaag----------gtttgca-tggtctaaccatttcccagatt----agccattcccttccactgttgtggtaactgcaaaggtgttgatacgtaatttcttacaatgttctc-----------------------------------------------------------------------------------
               |||| |   | ||||||||  |  ||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||| |||||  |||| ||||| ||||||||||          |||||   |  |||    || ||  |||      |   | | |  |    ||||||  | | |    | || | | |  ||  |   || ||||||                                                                                       
--------------ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGAGGTGGTGGTGCTTCTGCCCTTGTTGTGGAACTCATgtaagtccctcccatgtttgttcttctctggaaatgtctgagaaccaaaaaaaaatgcagttatttgttgtactgattattcatgtatagttttgtg-taagttgcaatgtatcatcagagacttctgcattttcaatctgcggtcattgtgttcattgaaaggaaatacaatagccacctagactaatttgttaaag

upper sequence: PP1S160_44V6.2 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os01g02020.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
TCACACTGCTCGGGGTTCTGAAGGAGAAAAATGGTCACTTTGGGGTCGCTGGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttgcatg-gtctaaccatttcccagattagcc-attcccttccactgttgtggtaact----gcaaaggt-gttgatacgtaatttcttacaatgttctc
               |||| |   | ||||||||  |  ||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||| |||||  |||| ||||| ||||||||||     |    || |   | | ||    | |  |  |   ||    |    ||  || | |    | |  | |  || ||   || |||  |  ||       
--------------ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGAGGTGGTGGTGCTTCTGCCCTTGTTGTGGAACTCATgtaagtccctcccatgtttgttcttctctggaaatgtctgagaaccaaaaaaaaatgcagttatttgttgtactgattattcatgtatagttttgtgtaa-------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208362030|gb|DC950479.1|DC950479
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GTAAGGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagG---G--ATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
EST: gi|67728109|gb|BJ978368.1|BJ978368
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GTAAGGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagG---G--ATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
EST: gi|162231216|gb|FC407003.1|FC407003
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GTAAGGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagG---G--ATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
EST: gi|37824997|gb|BJ583063.1|BJ583063
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GTAAGGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagG---G--ATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
EST: gi|18333054|gb|BJ165068.1|BJ165068
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GTAAGGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagG---G--ATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
EST: gi|208372747|gb|DC952634.1|DC952634
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAATTGTT
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAATTGTT
EST: gi|67724453|gb|BJ974712.1|BJ974712
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAATTGTT
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAATTGTT
EST: gi|208364951|gb|DC947093.1|DC947093
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GTAAGGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagG---G--ATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
EST: gi|208388349|gb|DC949321.1|DC949321
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GTAAGGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagG---G--ATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
EST: gi|208368091|gb|DC947651.1|DC947651
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GTAAGGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagG---G--ATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
EST: gi|162258772|gb|FC434571.1|FC434571
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GTAAGGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGTTCATCTGTGAAGTCAA
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagG---G--ATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
EST: gi|22492620|gb|BU052543.1|BU052543
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAATTGTT
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAATTGTT
EST: gi|15320244|gb|BI488011.1|BI488011
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GTAAGGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagG---G--ATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
EST: gi|18335246|gb|BJ167264.1|BJ167264
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GTAAGGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagG---G--ATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
EST: gi|67727140|gb|BJ977399.1|BJ977399
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GTAAGGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagG---G--ATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
EST: gi|37828592|gb|BJ586604.1|BJ586604
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GTAAGGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagG---G--ATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
EST: gi|208357273|gb|DC949903.1|DC949903
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GTAAGGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCAACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagG---G--ATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
EST: gi|208367940|gb|DC955375.1|DC955375
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GTAAGGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagG---G--ATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
EST: gi|162173639|gb|FC349607.1|FC349607
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GTAAGGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagG---G--ATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
EST: gi|40781593|gb|AJ583523.1|AJ583523
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAATTGTT
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAATTGTT
EST: gi|208353436|gb|DC922490.1|DC922490
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GTAAGGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagG---G--ATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
EST: gi|162156305|gb|FC332329.1|FC332329
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATTTGTGAAGTCAATTGTT
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAATTGTT
EST: gi|208389390|gb|DC953228.1|DC953228
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GTAAGGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagG---G--ATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
EST: gi|208385682|gb|DC952843.1|DC952843
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GTAAGGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagG---G--ATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
EST: gi|162166658|gb|FC343550.1|FC343550
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GTAAGGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagG---G--ATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
EST: gi|37838686|gb|BJ596694.1|BJ596694
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GTAAGGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagG---G--ATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
EST: gi|208375552|gb|DC945111.1|DC945111
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGNGAAGTCAATTGTT
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAATTGTT
EST: gi|37837476|gb|BJ595484.1|BJ595484
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GTAAGGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagG---G--ATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAA
EST: gi|162177570|gb|FC352428.1|FC352428
EST:     GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCAT                         GGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAATTGTT
genomic: GGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAATTGTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 28 (downstream exon)
Score: 5

TCACACTGCTCGGGGTTCTGAAGGAGAAAAATGGTCACTTTGGGGTCGCTGGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttg ... ttatctgcagGGATGCTTCAAAGACCCCAGTCCGACAGGCTCATCTGTGAAGTCAATTGTTGATATAATCTGCATTTCAACCACATATCTGTGTAGTGATAGAACACAGG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCACACTGCTCGGGGTTCTGAAGGAGAAAAATGGTCACTTTGGGGTCGCTGGTGTGTGTAATGGAGGTGGAGGTGCATCTGCTGTTGTGGTGGAGCTCATgtaaggtttgcatggtctaaccatttcccagattagccattcccttccactgttgtggtaactgcaaaggtgttgatacgtaatttcttacaatgttctc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTCA