Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCACGAGGTGGAGAGACAATGTAGGGATTTACCTAGGGACATAATCGCTACCAAAGCTCTTTCTCACAGCCACATTGTTGTTGCGAAGGACATGGCAGAGgtaaagctcttcctcttccgttacagcagcatctctgaccctactaatgaacatatttgatgtaaaaactgctgtgttgccttcgtgggaaaaatgtgat...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S15_472V6.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162194597|gb|FC369988.1|FC369988
EST:     CCAAAGCTCTTTCTCACAGCCACATTGTTGTTGCGAAGGACATGGCAGAG                         GCATGTGAATTTTCGAACATGTATGCTCCTGAGCACTTGATTGTTAACGTG
genomic: CCAAAGCTCTTTCTCACAGCCACATTGTTGTTGCGAAGGACATGGCAGAGgtaaagctct ... atgtgcacagGCATGTGAATTTTCGAACATGTATGCTCCTGAGCACTTGATTGTTAACGTG
EST: gi|162243779|gb|FC420717.1|FC420717
EST:     CCAAAGCTCTTTCTCACAGCCACATTGTTGTTGCGAAGGACATGGCAGAG                         GCATGTGAATTTTCGAACATGTATGCTCCTGAGCACTTGATTGTTAACGTG
genomic: CCAAAGCTCTTTCTCACAGCCACATTGTTGTTGCGAAGGACATGGCAGAGgtaaagctct ... atgtgcacagGCATGTGAATTTTCGAACATGTATGCTCCTGAGCACTTGATTGTTAACGTG
EST: gi|37822268|gb|BJ580334.1|BJ580334
EST:     CCAAAGCTCTTTCTCACAGCCACATTGTTGTTGCGAAGGACATGGCAGAG                         GCATGTGAATTTTCGAACATGTATGCTCCTGAGCACTTGATTGTTAACGTG
genomic: CCAAAGCTCTTTCTCACAGCCACATTGTTGTTGCGAAGGACATGGCAGAGgtaaagctct ... atgtgcacagGCATGTGAATTTTCGAACATGTATGCTCCTGAGCACTTGATTGTTAACGTG
EST: gi|37835006|gb|BJ593018.1|BJ593018
EST:     CCAAAGCTCTTTCTCACAGCCACATTGTTGTTGCGAAGGACATGGCAGAG                         GCATGTGAATTTTCGAACATGTATGCTCCTGAGCACTTGATTGTTAACGTG
genomic: CCAAAGCTCTTTCTCACAGCCACATTGTTGTTGCGAAGGACATGGCAGAGgtaaagctct ... atgtgcacagGCATGTGAATTTTCGAACATGTATGCTCCTGAGCACTTGATTGTTAACGTG