Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACAAATGTGGGAACTGTGGATGCGCATGTTGCAGACTATCAGCAAATGATAGACAATCTTCAAgtgagattcctttgggatttcttgatagtgaattgaaatgtttttggtgatagcagaatccaattattcgaacgttgagggatgtagtaacgaaaggata...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S7_82V6.1
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S7_82V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 11
lower sequence: EFJ09876 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 11
ACAAATGTGGGAACTGTGGATGCGCATGTTGCAGACTATCAGCAAATGATAGACAATCTTCAAgtgagattcctttgggatttcttgatagtgaattgaaatgtttttggtgatagcagaatccaattattcgaacgttgagggatgtagtaacgaaaggata
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||| ||||||||||| || |||  ||| |     |  || ||  |   || ||   | | |   |     ||                                            
ACAAATGTGGGAACTGTGGATGCACATGTTGCAGATTATCAACGAATGATTGACAATCTTCAGgtaagaagcctgtaa---tcttttatgcttcttttaagcttgtgtaacgtctatag--------------------------------------------