Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAGATTGAAGGCAAAGGGACCACCACAATTATGTGTGAGCATAAAGACATGGGTGTTGTGCATTTTGCGCATGGTCTTTGCCGTGGTTGTTACGATGAGgtgaataaacatcttacttgttttcatgcttttcactccaaaaggactctagcttaggattgttgtttccttattttcaattcctccacctttgtttttg...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S122_4V6.1
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162188780|gb|FC364066.1|FC364066
EST:     TGGGTGTTGTGCATTTTGCGCATGGTCTTTGCCGTGGTTGTTACGATGAG                         TTCGTTAAAGTCTCAGGGGGTATGACAGGTGGCTCCCACCCACCTGCCTTC
genomic: TGGGTGTTGTGCATTTTGCGCATGGTCTTTGCCGTGGTTGTTACGATGAGgtgaataaac ... tatgatgcagTTCGTTAAAGTCTCAGGGGGTATGACAGGTGGCTCCCACCCACCTGCCTTC
EST: gi|162169517|gb|FC346081.1|FC346081
EST:     TGGGTGTTGTGCATTTTGCGCATGGTCTTTGCCGTGGTTGTTACGATGAG                         TTCGTTAAAGTCTCAGGGGGTATGACAGGTGGCTCCCACCCACCTGCCTTC
genomic: TGGGTGTTGTGCATTTTGCGCATGGTCTTTGCCGTGGTTGTTACGATGAGgtgaataaac ... tatgatgcagTTCGTTAAAGTCTCAGGGGGTATGACAGGTGGCTCCCACCCACCTGCCTTC