Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAGCAGGCTAAGACTCTTAAAGTTAGTTGCAATCTCAATATGGCTGCATGCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAGgtatgggttatgagttcatttctgtgtcctagttacgttctggttttttcattgtgcccatctttgaacatggaagcattcttgtctgttcagtagtgtttgcagctgttaacgtacttctttgggaccag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S109_70V6.1
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162202595|gb|FC379460.1|FC379460
EST:     CTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAG                         GTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAAAGTGCAA
genomic: CTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAGgtatgggtta ... ttgggaccagGTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
EST: gi|67693573|gb|BJ953806.1|BJ953806
EST:     GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAG                         GTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
genomic: GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAGgtatgggtta ... ttgggaccagGTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
EST: gi|162221696|gb|FC397921.1|FC397921
EST:     GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAG                         GTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
genomic: GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAGgtatgggtta ... ttgggaccagGTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
EST: gi|162194798|gb|FC368954.1|FC368954
EST:     GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAG                         GTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
genomic: GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAGgtatgggtta ... ttgggaccagGTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
EST: gi|37838514|gb|BJ596522.1|BJ596522
EST:     GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAG                         GTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
genomic: GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAGgtatgggtta ... ttgggaccagGTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
EST: gi|67570302|gb|BJ943126.1|BJ943126
EST:     GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAG                         GTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGA
genomic: GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAGgtatgggtta ... ttgggaccagGTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGA
EST: gi|162167151|gb|FC343627.1|FC343627
EST:     GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAG                         GTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
genomic: GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAGgtatgggtta ... ttgggaccagGTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
EST: gi|162194797|gb|FC368953.1|FC368953
EST:     GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAG                         GTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
genomic: GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAGgtatgggtta ... ttgggaccagGTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
EST: gi|162199328|gb|FC373708.1|FC373708
EST:     GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAG                         GTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
genomic: GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAGgtatgggtta ... ttgggaccagGTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
EST: gi|162253928|gb|FC430601.1|FC430601
EST:     GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAG                         GTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
genomic: GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAGgtatgggtta ... ttgggaccagGTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
EST: gi|67694114|gb|BJ954347.1|BJ954347
EST:     GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAG                         GTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
genomic: GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAGgtatgggtta ... ttgggaccagGTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
EST: gi|162253927|gb|FC430600.1|FC430600
EST:     GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAG                         GTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
genomic: GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAGgtatgggtta ... ttgggaccagGTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
EST: gi|208399856|gb|DC925166.1|DC925166
EST:     GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAG                         GTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
genomic: GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAGgtatgggtta ... ttgggaccagGTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
EST: gi|162160212|gb|FC337109.1|FC337109
EST:     GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAG                         GTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
genomic: GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAGgtatgggtta ... ttgggaccagGTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
EST: gi|67725216|gb|BJ975475.1|BJ975475
EST:     GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAG                         GTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
genomic: GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAGgtatgggtta ... ttgggaccagGTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
EST: gi|208372778|gb|DC952665.1|DC952665
EST:     GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAG                         GTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
genomic: GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAGgtatgggtta ... ttgggaccagGTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
EST: gi|67696942|gb|BJ957175.1|BJ957175
EST:     GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAG                         GTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
genomic: GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAGgtatgggtta ... ttgggaccagGTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
EST: gi|162172469|gb|FC349138.1|FC349138
EST:     GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAG                         GTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
genomic: GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAGgtatgggtta ... ttgggaccagGTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
EST: gi|162167152|gb|FC343628.1|FC343628
EST:     GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAG                         GTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
genomic: GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAGgtatgggtta ... ttgggaccagGTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
EST: gi|162221592|gb|FC397609.1|FC397609
EST:     GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAG                         GTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
genomic: GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAGgtatgggtta ... ttgggaccagGTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
EST: gi|162173904|gb|FC349704.1|FC349704
EST:     GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAG                         GTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
genomic: GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAGgtatgggtta ... ttgggaccagGTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
EST: gi|162193216|gb|FC371523.1|FC371523
EST:     GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAG                         GTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
genomic: GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAGgtatgggtta ... ttgggaccagGTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
EST: gi|162199327|gb|FC373707.1|FC373707
EST:     GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAG                         GTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA
genomic: GCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAGgtatgggtta ... ttgggaccagGTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 31 (upstream exon), 34 (downstream exon)
Score: 34

GAAGCAGGCTAAGACTCTTAAAGTTAGTTGCAATCTCAATATGGCTGCATGCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAGgtatgggtta ... ttgggaccagGTTCTGGAGTTGGAGTCTTCGAATGTGAAGGCCTTGTACAGGAGAGTGCAAGCTTACATTGAATTGTTGGACCTTGATTACGCGGAGACAGACATCAAGA




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAAGCAGGCTAAGACTCTTAAAGTTAGTTGCAATCTCAATATGGCTGCATGCAAGTTAAAGCTTAAAGACTACAGAGAGGTGGTGAAATTGACTACCAAGgtatgggttatgagttcatttctgtgtcctagttacgttctggttttttcattgtgcccatctttgaacatggaagcattcttgtctgttcagtagtgtttgcagctgttaacgtacttctttgggaccag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG