Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACGACCTCGGCAACACCAAGCTTGCGACAGATTTTCTAAACGATTCCAACCGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgtcagaagcagagcatgagcttgttgagtgtgtgcgtaacagtctataaagcatttaatttggacatgttttaatcctctgcgagcttgtggcgtgttgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S76_8V6.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37847431|gb|BJ605439.1|BJ605439
EST:     CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCG                         GAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
genomic: CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgt ... cgtgttgcagGAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
EST: gi|37849841|gb|BJ607849.1|BJ607849
EST:     CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCG                         GAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
genomic: CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgt ... cgtgttgcagGAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
EST: gi|37853675|gb|BJ611683.1|BJ611683
EST:     CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCG                         GAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
genomic: CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgt ... cgtgttgcagGAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
EST: gi|37838648|gb|BJ596656.1|BJ596656
EST:     CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCG                         GAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
genomic: CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgt ... cgtgttgcagGAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
EST: gi|162216227|gb|FC392644.1|FC392644
EST:     CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCG                         GAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
genomic: CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgt ... cgtgttgcagGAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
EST: gi|162192369|gb|FC368583.1|FC368583
EST:     CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCG                         GAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
genomic: CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgt ... cgtgttgcagGAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
EST: gi|162222484|gb|FC397205.1|FC397205
EST:     CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCG                         GAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
genomic: CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgt ... cgtgttgcagGAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
EST: gi|18332625|gb|BJ164638.1|BJ164638
EST:     CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCG                         GAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
genomic: CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgt ... cgtgttgcagGAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
EST: gi|67724750|gb|BJ975009.1|BJ975009
EST:     CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCG                         GAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
genomic: CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgt ... cgtgttgcagGAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
EST: gi|37848981|gb|BJ606989.1|BJ606989
EST:     CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCG                         GAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
genomic: CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgt ... cgtgttgcagGAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
EST: gi|37830105|gb|BJ588117.1|BJ588117
EST:     CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCG                         GAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
genomic: CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgt ... cgtgttgcagGAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
EST: gi|162258356|gb|FC434283.1|FC434283
EST:     CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCG                         GAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
genomic: CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgt ... cgtgttgcagGAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
EST: gi|37849544|gb|BJ607552.1|BJ607552
EST:     CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCG                         GAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
genomic: CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgt ... cgtgttgcagGAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
EST: gi|18340077|gb|BJ172105.1|BJ172105
EST:     CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCG                         GAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
genomic: CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgt ... cgtgttgcagGAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
EST: gi|37844589|gb|BJ602597.1|BJ602597
EST:     CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCG                         GAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
genomic: CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgt ... cgtgttgcagGAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
EST: gi|208351275|gb|DC921554.1|DC921554
EST:     CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCG                         GAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
genomic: CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgt ... cgtgttgcagGAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
EST: gi|208398631|gb|DC920526.1|DC920526
EST:     CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCG                         GAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
genomic: CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgt ... cgtgttgcagGAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
EST: gi|162183971|gb|FC359341.1|FC359341
EST:     CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCG                         GAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
genomic: CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgt ... cgtgttgcagGAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
EST: gi|67694850|gb|BJ955083.1|BJ955083
EST:     CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCG                         GAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
genomic: CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgt ... cgtgttgcagGAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
EST: gi|37850732|gb|BJ608740.1|BJ608740
EST:     CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCG                         GAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
genomic: CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgt ... cgtgttgcagGAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
EST: gi|67727273|gb|BJ977532.1|BJ977532
EST:     CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCG                         GAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
genomic: CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgt ... cgtgttgcagGAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
EST: gi|208348147|gb|DC920938.1|DC920938
EST:     CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCG                         GAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
genomic: CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgt ... cgtgttgcagGAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
EST: gi|162224508|gb|FC399884.1|FC399884
EST:     CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCG                         GAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
genomic: CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgt ... cgtgttgcagGAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
EST: gi|37824942|gb|BJ583008.1|BJ583008
EST:     CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCG                         GAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
genomic: CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgt ... cgtgttgcagGAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
EST: gi|37850796|gb|BJ608804.1|BJ608804
EST:     CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCG                         GAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
genomic: CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgt ... cgtgttgcagGAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
EST: gi|208356146|gb|DC946236.1|DC946236
EST:     CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCG                         GAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
genomic: CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgt ... cgtgttgcagGAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
EST: gi|37841120|gb|BJ599128.1|BJ599128
EST:     CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCG                         GAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT
genomic: CGTATCGCTTACTATGAAAACTATCTGTCATCTGTTCTTGAATCCATTCGgtaagttcgt ... cgtgttgcagGAATGGTGCGAATGTGCGTGGATATTTTGCCTGGTCCCTTATGGACAATTT