1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
TGATCAGCTGTCAGACTTCCGCCCTGAAACTGGCATGATACTTGCAAACAGTACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAGgttggtttctagcattctacgtttcgtgtgttgtttgttgatctcgacatttcaccgattacattcccaagtgcatcacgatcagatatctcgttgaaac...
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S47_18V6.2 |
intron # | 10 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAG GATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAAEST: gi|162209036|gb|FC385588.1|FC385588
genomic: GTACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAGgttggtttct ... ctgtgcctagGATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
EST: GTACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAG GATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAAEST: gi|162167335|gb|FC342323.1|FC342323
genomic: GTACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAGgttggtttct ... ctgtgcctagGATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
EST: GTACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAG GATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAAEST: gi|162158872|gb|FC335395.1|FC335395
genomic: GTACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAGgttggtttct ... ctgtgcctagGATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
EST: GTACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAG GATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAAEST: gi|162190446|gb|FC365668.1|FC365668
genomic: GTACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAGgttggtttct ... ctgtgcctagGATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
EST: TACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAG GATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAAEST: gi|162169730|gb|FC345267.1|FC345267
genomic: TACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAGgttggtttct ... ctgtgcctagGATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
EST: GTACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAG GATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAAEST: gi|37843775|gb|BJ601783.1|BJ601783
genomic: GTACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAGgttggtttct ... ctgtgcctagGATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
EST: ATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAG GATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAAEST: gi|162167336|gb|FC342324.1|FC342324
genomic: ATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAGgttggtttct ... ctgtgcctagGATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
EST: GTACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAG GATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAAEST: gi|18336041|gb|BJ168063.1|BJ168063
genomic: GTACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAGgttggtttct ... ctgtgcctagGATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
EST: TCCCCGATTCACAAG GATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAAEST: gi|162172645|gb|FC348026.1|FC348026
genomic: TCCCCGATTCACAAGgttggtttct ... ctgtgcctagGATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
EST: CTAGGTCCCCGATTCACAAG GATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
genomic: CTAGGTCCCCGATTCACAAGgttggtttct ... ctgtgcctagGATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGATCAGCTGTCAGACTTCCGCCCTGAAACTGGCATGATACTTGCAAACAGTACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAGgttggtttctagcattctacgtttcgtgtgttgtttgttgatctcgacatttcaccgattacattcccaagtgcatcacgatcagatatctcgttgaaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG