Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCCGCTTCTGAGGGGCCGATGTACGGCATCTTGGGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgttgattttggatgggacggacttgtttgtggaattagtagcgtcgtgacactaatggtgttgtaatgtcgatacag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S309_84V6.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S309_84V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os02g07490.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
GGCCGCTTCTGAGGGGCCGATGTACGGCATCTTGGGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgttgattttggatgggacggacttgtttgtggaattagtagcgtcgtgacactaatggtgttgtaatgtcgatacag
||| || || |||||  |  || | || ||  | |||||||| || || ||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||    |  |  |     |      | |   |||||     |   | || ||     |||  |     |  ||   || |||
GGCAGCATCAGAGGGTGCACTGAAAGGTATTCTAGGTTACACAGATGAGGATGTGGTTTCCAATGACTTCGTTGGTGATGCAAGgtaagtacttctagatgtaccgatgtaaattgtgttgtgctcaaaagggagtggttgacataactgcccctttctgcatat-cag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37851432|gb|BJ609440.1|BJ609440
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|37848291|gb|BJ606299.1|BJ606299
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|37842046|gb|BJ600054.1|BJ600054
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|67700011|gb|BJ960244.1|BJ960244
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGNTAAGGCAGGAATTNCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|208388689|gb|DC953451.1|DC953451
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|67726344|gb|BJ976603.1|BJ976603
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|37836773|gb|BJ594781.1|BJ594781
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|37831794|gb|BJ589806.1|BJ589806
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|208362874|gb|DC950824.1|DC950824
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGNCAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|18341262|gb|BJ173296.1|BJ173296
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|67725319|gb|BJ975578.1|BJ975578
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|208368330|gb|DC955527.1|DC955527
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|37830651|gb|BJ588663.1|BJ588663
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|208371893|gb|DC951711.1|DC951711
EST:     TTTACACTGAGGACGATGTTNGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: -TTACACTGAGGACGATGTT-GTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|208362848|gb|DC950798.1|DC950798
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|67726181|gb|BJ976440.1|BJ976440
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|208386536|gb|DC952745.1|DC952745
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|208388805|gb|DC945381.1|DC945381
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATCTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|208368880|gb|DC947438.1|DC947438
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|37848398|gb|BJ606406.1|BJ606406
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|208369277|gb|DC956068.1|DC956068
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCATTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|67724340|gb|BJ974599.1|BJ974599
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|67725809|gb|BJ976068.1|BJ976068
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|37842054|gb|BJ600062.1|BJ600062
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|37824920|gb|BJ582986.1|BJ582986
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|67722676|gb|BJ972935.1|BJ972935
EST:     GAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|67698388|gb|BJ958621.1|BJ958621
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|208360362|gb|DC950003.1|DC950003
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|37827902|gb|BJ585914.1|BJ585914
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|37844908|gb|BJ602916.1|BJ602916
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|67723795|gb|BJ974054.1|BJ974054
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|67696731|gb|BJ956964.1|BJ956964
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|67720154|gb|BJ970413.1|BJ970413
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|37851983|gb|BJ609991.1|BJ609991
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|67724127|gb|BJ974386.1|BJ974386
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTCGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|37833256|gb|BJ591268.1|BJ591268
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|67723853|gb|BJ974112.1|BJ974112
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|162271002|gb|FC447407.1|FC447407
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|67720688|gb|BJ970947.1|BJ970947
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|208361174|gb|DC954280.1|DC954280
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|208361238|gb|DC957707.1|DC957707
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|37841608|gb|BJ599616.1|BJ599616
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
EST: gi|208373682|gb|DC952507.1|DC952507
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 32 (upstream exon), 31 (downstream exon)
Score: 12

GGCCGCTTCTGAGGGGCCGATGTACGGCATCTTGGGTTACACTGAGGACGATGTTGTGTCCAATGATTTCGTTGGTGATGCGAGgtaaggttgt ... gtcgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGTGAAGTTGGTGTCGTGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAG




<











<


<