Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGCGGTTTTGACTCCCGGAGATCCATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttcttcctaacctatatgatgatttctaatactttgtaggcgaattgatttcgtgcaaaaaatgtcgtgaacagaggagtatgacagtctttg...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S277_10V6.3
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162230034|gb|FC405974.1|FC405974
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|162151766|gb|FC328623.1|FC328623
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|162167139|gb|FC343615.1|FC343615
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|162225910|gb|FC400954.1|FC400954
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|162166538|gb|FC343235.1|FC343235
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|18333028|gb|BJ165042.1|BJ165042
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|162264024|gb|FC439254.1|FC439254
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|37847706|gb|BJ605714.1|BJ605714
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|162150291|gb|FC326376.1|FC326376
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTC
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTC
EST: gi|162198692|gb|FC373473.1|FC373473
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|162274126|gb|FC450198.1|FC450198
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|162174878|gb|FC351670.1|FC351670
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|162267925|gb|FC444006.1|FC444006
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|37852887|gb|BJ610895.1|BJ610895
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGGAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|208356633|gb|DC922423.1|DC922423
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|18341056|gb|BJ173089.1|BJ173089
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|162225911|gb|FC400955.1|FC400955
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|162155412|gb|FC332026.1|FC332026
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTTTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|37834460|gb|BJ592472.1|BJ592472
EST:     ATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACCAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATC
genomic: ATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAA-CAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATC
EST: gi|162188825|gb|FC364839.1|FC364839
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|208349557|gb|DC921989.1|DC921989
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTNTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|162174877|gb|FC351669.1|FC351669
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|162215092|gb|FC391562.1|FC391562
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|162151767|gb|FC328624.1|FC328624
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|162150290|gb|FC326375.1|FC326375
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|208383087|gb|DC919534.1|DC919534
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|18335957|gb|BJ167978.1|BJ167978
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|162241669|gb|FC418652.1|FC418652
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|37844529|gb|BJ602537.1|BJ602537
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|37850391|gb|BJ608399.1|BJ608399
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|162262810|gb|FC439255.1|FC439255
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|18334473|gb|BJ166490.1|BJ166490
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|208395110|gb|DC923909.1|DC923909
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|162192889|gb|FC369883.1|FC369883
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|7067325|gb|AW497180.1|AW497180
EST:     CCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|162241668|gb|FC418651.1|FC418651
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|18337566|gb|BJ169590.1|BJ169590
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|162167476|gb|FC344193.1|FC344193
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTTTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|162170375|gb|FC346780.1|FC346780
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|18335620|gb|BJ167640.1|BJ167640
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|162151153|gb|FC327152.1|FC327152
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
EST: gi|162188826|gb|FC364840.1|FC364840
EST:     CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAG                         GTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA
genomic: CATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 24 (downstream exon)
Score: 10

AGCGGTTTTGACTCCCGGAGATCCATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttc ... gattgtttagGTTCTGCGTCTCTTCCCCTCGGCCAATGGCCTTGAAATGACATGGTCATCAGTGGTGAAGATAGGGCAGTCATTGTACCGTGAAGCACCAGGCATGGACG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGCGGTTTTGACTCCCGGAGATCCATATATGCCCTTGCCAAATGAAAAGGTGGTGAAGGCCGTCCATGAACAGgtccatcttcttcctaacctatatgatgatttctaatactttgtaggcgaattgatttcgtgcaaaaaatgtcgtgaacagaggagtatgacagtctttg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caaaaaat