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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TACCATCACTGGTCTTGCTGTTGCCCTGAAGCAGGCTGCTACTCCCGAATTCAAAGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAGgtcagtatctcttgcaacgatatctagtgatgagaatttcagacagtgactatgtggtcggcgattctcatgactagtagcagagccatgtgtatggtcagttgattttttcttctccaacccgcttttaagtatattattttattcattttagatgtaaaacttccagtaactaacaatattgattcttataaaacag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S21_270V6.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162166065|gb|FC340461.1|FC340461
EST:     TCAAAGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAG                         GCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
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EST: gi|37850705|gb|BJ608713.1|BJ608713
EST:     TCAAAGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGNTAAG                         GCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
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EST: gi|162178842|gb|FC354774.1|FC354774
EST:     TCAAAGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAG                         GCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
genomic: TCAAAGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAGgtcagtatct ... tataaaacagGCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
EST: gi|18335193|gb|BJ167211.1|BJ167211
EST:     CTCAGCACATTTTGCTAAG                         GCTTTGATNGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
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EST: gi|67698354|gb|BJ958587.1|BJ958587
EST:     TCAAAGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAG                         GCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
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EST: gi|162170279|gb|FC346476.1|FC346476
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EST: gi|37822590|gb|BJ580656.1|BJ580656
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EST: gi|162157402|gb|FC333491.1|FC333491
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EST: gi|162163180|gb|FC340234.1|FC340234
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EST: gi|208398517|gb|DC924759.1|DC924759
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EST: gi|208351257|gb|DC922064.1|DC922064
EST:     TCAAAGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAG                         GCTTTGATNGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
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EST: gi|162195515|gb|FC370906.1|FC370906
EST:     TCAAAGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAG                         GCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
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EST: gi|162204585|gb|FC381969.1|FC381969
EST:     TCAAAGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAG                         GCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
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EST: gi|162178978|gb|FC354286.1|FC354286
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EST: gi|162222160|gb|FC397388.1|FC397388
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EST: gi|162166234|gb|FC342632.1|FC342632
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EST: gi|162153712|gb|FC329115.1|FC329115
EST:     TCAGCACATTTTGCTAAG                         GCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
genomic: TCAGCACATTTTGCTAAGgtcagtatct ... tataaaacagGCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
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EST: gi|162179298|gb|FC356247.1|FC356247
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EST: gi|37832823|gb|BJ590835.1|BJ590835
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EST: gi|162151095|gb|FC327120.1|FC327120
EST:     TCAAAGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAG                         GCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
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EST: gi|162163179|gb|FC340233.1|FC340233
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EST: gi|162158552|gb|FC334555.1|FC334555
EST:     TCAAAGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAG                         GCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
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EST: gi|162176992|gb|FC353669.1|FC353669
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genomic: TCAAAGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAGgtcagtatct ... tataaaacagGCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
EST: gi|208369269|gb|DC955856.1|DC955856
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genomic: TCAAAGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAGgtcagtatct ... tataaaacagGCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
EST: gi|162163244|gb|FC339362.1|FC339362
EST:     TCAAAGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAG                         GCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
genomic: TCAAAGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAGgtcagtatct ... tataaaacagGCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
EST: gi|162182293|gb|FC357164.1|FC357164
EST:     CACATTTTGCTAAG                         GCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
genomic: CACATTTTGCTAAGgtcagtatct ... tataaaacagGCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
EST: gi|162269322|gb|FC445840.1|FC445840
EST:     AAAGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAG                         GCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
genomic: AAAGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAGgtcagtatct ... tataaaacagGCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
EST: gi|208369270|gb|DC955857.1|DC955857
EST:     TCAAAGCTTATCGGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAG                         GCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
genomic: TCAAAGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAGgtcagtatct ... tataaaacagGCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
EST: gi|162240979|gb|FC416610.1|FC416610
EST:     TCAAAGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAG                         GCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
genomic: TCAAAGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAGgtcagtatct ... tataaaacagGCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
EST: gi|162271840|gb|FC448973.1|FC448973
EST:     TCAAAGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAG                         GCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
genomic: TCAAAGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAGgtcagtatct ... tataaaacagGCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
EST: gi|67694248|gb|BJ954481.1|BJ954481
EST:     CTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAG                         GCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
genomic: CTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAGgtcagtatct ... tataaaacagGCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
EST: gi|162166992|gb|FC342454.1|FC342454
EST:     GCACATTTTGCTAAG                         GCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
genomic: GCACATTTTGCTAAGgtcagtatct ... tataaaacagGCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
EST: gi|100447569|gb|CJ971868.1|CJ971868
EST:     TCAAAGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAG                         GCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
genomic: TCAAAGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAGgtcagtatct ... tataaaacagGCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
EST: gi|67697228|gb|BJ957461.1|BJ957461
EST:     AGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAG                         GCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
genomic: AGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAGgtcagtatct ... tataaaacagGCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
EST: gi|162199622|gb|FC373274.1|FC373274
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genomic: AGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAGgtcagtatct ... tataaaacagGCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC
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genomic: TCAAAGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAGgtcagtatct ... tataaaacagGCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 191

TACCATCACTGGTCTTGCTGTTGCCCTGAAGCAGGCTGCTACTCCCGAATTCAAAGCTTATCAGGAACAAGTTTTGAGGAACTCAGCACATTTTGCTAAGgtcagtatct ... tataaaacagGCTTTGATGGGCCGGGGTTACGAGCTGGTGTCCGGTGGAACAGAGAACCACTTGGTTCTTGTTAACCTCAAGCCCAAG




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