1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
GCTTTGGAGTTTGGAAAGTCGAGCAAGGACCGGATTACGACTTCCCCTGCTTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagttttgcaattctcgctttgtctttccttttggcttccgctgcagctattcaagattcatcaccttggagacacttttgtttaaaatatttta...
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S8_271V6.1 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATGEST: gi|162171811|gb|FC348454.1|FC348454
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATGEST: gi|100439125|gb|BY980106.1|BY980106
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: TTTCAATGCCTTCAGGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG CGGGAGACTGGCTGCAGGNACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATGEST: gi|18345622|gb|BJ177665.1|BJ177665
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATGEST: gi|162274080|gb|FC450152.1|FC450152
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATGEST: gi|208393132|gb|DC929627.1|DC929627
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATGEST: gi|100398602|gb|BY972695.1|BY972695
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: TTTCAATGCCTTCGAGAACGACTACCTAGCTGTGTACTCGCTTATGATGG CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATACGAGTACGCTCTCTATGACTTTTATGEST: gi|208400682|gb|DC904860.1|DC904860
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: TTTCAATGCCCTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATGEST: gi|208354572|gb|DC934272.1|DC934272
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATGEST: gi|100362618|gb|BY947443.1|BY947443
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATGEST: gi|18345620|gb|BJ177663.1|BJ177663
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATGEST: gi|18370368|gb|BJ201970.1|BJ201970
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATGEST: gi|100440733|gb|BY980553.1|BY980553
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: TTNCA-TGCCTTCAGGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATGEST: gi|208370329|gb|DC931741.1|DC931741
genomic: TT-CAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATGEST: gi|100389402|gb|BY988880.1|BY988880
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: TTTCAATGCCTTCATGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATGEST: gi|162187639|gb|FC364096.1|FC364096
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCTTTGGAGTTTGGAAAGTCGAGCAAGGACCGGATTACGACTTCCCCTGCTTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagttttgcaattctcgctttgtctttccttttggcttccgctgcagctattcaagattcatcaccttggagacacttttgtttaaaatatttta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC