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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTTGCAACTATGGAGGCGTTCAGACGTTGCAATGGCGTTTTGTTCTTGAACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatccaaaagatcattggaaagagtttgctcacgtgacactgatgtgcctttagggcttgtgatgcggcttctagtagtttcagcacgcagggga...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S79_254V6.2
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18362236|gb|BJ194306.1|BJ194306
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCA
EST: gi|100398771|gb|BY990507.1|BY990507
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|18373696|gb|BJ205274.1|BJ205274
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|100398308|gb|BY972539.1|BY972539
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|208395729|gb|DC911822.1|DC911822
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|18365099|gb|BJ197173.1|BJ197173
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|18375106|gb|BJ206684.1|BJ206684
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|18372904|gb|BJ204506.1|BJ204506
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|18358733|gb|BJ190792.1|BJ190792
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|100404436|gb|BY973577.1|BY973577
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|100422683|gb|BY957948.1|BY957948
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|208346919|gb|DC905449.1|DC905449
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|208400165|gb|DC904813.1|DC904813
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|67575641|gb|BJ948465.1|BJ948465
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTT
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTT
EST: gi|18352604|gb|BJ184658.1|BJ184658
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|18343422|gb|BJ175460.1|BJ175460
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|208350210|gb|DC901594.1|DC901594
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|100407245|gb|BY974075.1|BY974075
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|18364014|gb|BJ196087.1|BJ196087
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|18368897|gb|BJ200982.1|BJ200982
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|100363297|gb|BY984455.1|BY984455
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|100390136|gb|BY989216.1|BY989216
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|18357173|gb|BJ189232.1|BJ189232
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|100437331|gb|BY961467.1|BY961467
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|208398960|gb|DC912119.1|DC912119
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|18328789|gb|BJ160794.1|BJ160794
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTT
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTT
EST: gi|100439349|gb|BY980219.1|BY980219
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|208391691|gb|DC942281.1|DC942281
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|100353619|gb|BY964897.1|BY964897
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|18354389|gb|BJ186445.1|BJ186445
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|100399784|gb|BY972891.1|BY972891
EST:     TCCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|18345187|gb|BJ177228.1|BJ177228
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|208378690|gb|DC914664.1|DC914664
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|18356417|gb|BJ188476.1|BJ188476
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|100432416|gb|BY960464.1|BY960464
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|100408155|gb|BY955925.1|BY955925
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|18351698|gb|BJ183750.1|BJ183750
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|18328272|gb|BJ160276.1|BJ160276
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|100413319|gb|BY956613.1|BY956613
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
EST: gi|18361754|gb|BJ193821.1|BJ193821
EST:     ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAG                         GCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA
genomic: ACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 31 (upstream exon), 30 (downstream exon)
Score: 15

ATTTGCAACTATGGAGGCGTTCAGACGTTGCAATGGCGTTTTGTTCTTGAACCTGTTGCCTCTGCTGGTCGTGGGGCTAATTGCTGTGTCGGCCTCACAGgtatggatcc ... gatctttcagGCGGATGATGCTGTAATCTTTGTTGACAGCAGTATCAGGCCAGTGCACTTAAGGACAACTCCTCCTATCGAAAAAGAG




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