Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGAGGGCCTTGGAACAGAATGACTCGCTTGTGCACGCTGACGAGCTCCCCGTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctattgggtgtctgaatttttcttcttcttccgtcgattcagtcgggggctatgaagggggttcgaagataatctgacacgttgtgcgagcgtat...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S6_398V6.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100378424|gb|BY968590.1|BY968590
EST:     GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG                         ACGTGCCATGGAGGCTACGGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: gi|100389028|gb|BY952232.1|BY952232
EST:     GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG                         ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: gi|18365302|gb|BJ197376.1|BJ197376
EST:     GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG                         ACGTGCCATGG
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGG
EST: gi|100390626|gb|BY971381.1|BY971381
EST:     GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGGACAG                         ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGGCGAAGTGTTTGCCTTGGC
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: gi|162202961|gb|FC380346.1|FC380346
EST:     GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG                         ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCATGCC
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: gi|100372986|gb|BY949382.1|BY949382
EST:     GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGGACAG                         ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: gi|162162996|gb|FC338178.1|FC338178
EST:     GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG                         ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCATGCC
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: gi|162262874|gb|FC440008.1|FC440008
EST:     GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG                         ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: gi|100359486|gb|BY984278.1|BY984278
EST:     GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG                         ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: gi|100418302|gb|BY957354.1|BY957354
EST:     GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG                         ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAGGTGTTTGCCTTGCC
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: gi|100362928|gb|BY947599.1|BY947599
EST:     GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG                         ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: gi|100389015|gb|BY952219.1|BY952219
EST:     GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG                         ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGGCGAAGTGTTTGCCTTGCC
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: gi|162176291|gb|FC352748.1|FC352748
EST:     GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG                         ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCATGCC
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: gi|100387014|gb|BY951413.1|BY951413
EST:     GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG                         ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: gi|100401895|gb|BY973112.1|BY973112
EST:     GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG                         ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: gi|162193845|gb|FC369227.1|FC369227
EST:     GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG                         ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCATGCC
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: gi|208372162|gb|DC936940.1|DC936940
EST:     GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG                         ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: gi|100400571|gb|BY954541.1|BY954541
EST:     TGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTTGGAACAG                         ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGGCGAAGTGTCTGCCTTTGC
genomic: TGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTT-GGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTT-GC
EST: gi|18355211|gb|BJ187270.1|BJ187270
EST:     GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG                         ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGA
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGA
EST: gi|100360398|gb|BY984107.1|BY984107
EST:     TGCCCATGGTTGGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG                         ACGTGCCCTGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTGGCC
genomic: TGCCCATGTTTGGGG-TGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: gi|162160190|gb|FC337087.1|FC337087
EST:     GTTGCACNCTTTTGGAACAG                         ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCATGCC
genomic: GTTGCAC-CTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: gi|100414540|gb|BY992822.1|BY992822
EST:     GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG                         ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: gi|18366828|gb|BJ198908.1|BJ198908
EST:     GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG                         ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGATGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: gi|18349367|gb|BJ181416.1|BJ181416
EST:     GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG                         ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGG
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGG
EST: gi|100448897|gb|CJ973196.1|CJ973196
EST:     GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG                         ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAG
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAG
EST: gi|100405466|gb|BY955539.1|BY955539
EST:     GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG                         ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: gi|100377514|gb|BY986282.1|BY986282
EST:     GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG                         ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGAGGGCCTTGGAACAGAATGACTCGCTTGTGCACGCTGACGAGCTCCCCGTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctattgggtgtctgaatttttcttcttcttccgtcgattcagtcgggggctatgaagggggttcgaagataatctgacacgttgtgcgagcgtat

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA