Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGGGAGTGAGCTTCTGTTGGCTGTCATGAGCCCCGGCATCATTGGCGGCCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTGgtgagtggcgtctctgagtgtgtgtgtgtgtgtgtttgttttttgttttttctgtgtgttgctgttgttccggaatcgcttgtgttgggtttctcccttt...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S6_337V6.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208380580|gb|DC903184.1|DC903184
EST:     CCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTG                         TATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
genomic: CCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTGgtgagtggcg ... tgggacgtagTATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
EST: gi|208389783|gb|DC938331.1|DC938331
EST:     CCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTG                         TATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
genomic: CCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTGgtgagtggcg ... tgggacgtagTATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
EST: gi|100374799|gb|BY949074.1|BY949074
EST:     CTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGNCA-TGCTTGTTATTG                         TATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
genomic: CTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATG-CAATGCTTGTTATTGgtgagtggcg ... tgggacgtagTATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
EST: gi|100430583|gb|BY978292.1|BY978292
EST:     CCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTG                         TATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
genomic: CCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTGgtgagtggcg ... tgggacgtagTATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
EST: gi|100405147|gb|BY955386.1|BY955386
EST:     CCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTG                         TATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
genomic: CCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTGgtgagtggcg ... tgggacgtagTATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
EST: gi|67716442|gb|BJ966702.1|BJ966702
EST:     CCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTG                         TATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
genomic: CCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTGgtgagtggcg ... tgggacgtagTATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
EST: gi|100354725|gb|BY983534.1|BY983534
EST:     CCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTG                         TATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
genomic: CCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTGgtgagtggcg ... tgggacgtagTATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
EST: gi|100376545|gb|BY986218.1|BY986218
EST:     CCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTG                         TATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
genomic: CCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTGgtgagtggcg ... tgggacgtagTATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
EST: gi|100399021|gb|BY990633.1|BY990633
EST:     CCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTG                         TATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
genomic: CCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTGgtgagtggcg ... tgggacgtagTATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
EST: gi|100385738|gb|BY987803.1|BY987803
EST:     CCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTG                         TATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
genomic: CCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTGgtgagtggcg ... tgggacgtagTATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
EST: gi|100403546|gb|BY954980.1|BY954980
EST:     CCTCGTCTTGTCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTG                         TATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
genomic: CCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTGgtgagtggcg ... tgggacgtagTATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
EST: gi|100442981|gb|BY963476.1|BY963476
EST:     CCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTG                         TATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
genomic: CCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTGgtgagtggcg ... tgggacgtagTATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
EST: gi|18326834|gb|BJ158834.1|BJ158834
EST:     CCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTG                         TATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
genomic: CCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTGgtgagtggcg ... tgggacgtagTATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
EST: gi|208358088|gb|DC943130.1|DC943130
EST:     CCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTG                         TATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
genomic: CCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTGgtgagtggcg ... tgggacgtagTATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
EST: gi|100405195|gb|BY955410.1|BY955410
EST:     CCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTG                         TATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG
genomic: CCTCGTCTTGCCTATATTGGGTGCCCTTCCCGATGCAATGCTTGTTATTGgtgagtggcg ... tgggacgtagTATCGGGATTGGGGGCGAGCCAGGCTGAAGCACAACATGAAGTGCTCGTTG