1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
AGGAAGGGGGATTAAGCAGGACAAAACAGCGACGACGCTCATAATTTTGTGATTAATTTTCAAGCTTAAGCGTGTTGCGGTCCTTTTCTGATTTGATTAGgtgagagtctgtctgcagtttggttatcagtaggcggtgatgtcttttgcttgaatgttgcatcttggaatcacaagatttgaggatactggtaatttcg...
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S65_2V6.3 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GATTAATTTTCAAGCTTAAGCGTGTTGCGGTCCTTTTCTGATTTGATTAG GTTTGATCGCCAGTTGCGCCGTCTGACGAGGTTTTATATTCCCCTGGAAGGEST: gi|18353641|gb|BJ185696.1|BJ185696
genomic: GATTAATTTTCAAGCTTAAGCGTGTTGCGGTCCTTTTCTGATTTGATTAGgtgagagtct ... ttctgtttagGTTTGATCGCCAGTTGCGCCGTCTGACGAGGTTTTATATTCCCCTGGAAGG
EST: GATTAATCTTCAAGCTTAAGCGTGTTGCGGTCCTTTTCTGATTTGATTAG GTTTGATCGCCAGTTGCGCCGTCTGACGAGGTTTTATATTCCCCTGGAAGGEST: gi|100364396|gb|BY984591.1|BY984591
genomic: GATTAATTTTCAAGCTTAAGCGTGTTGCGGTCCTTTTCTGATTTGATTAGgtgagagtct ... ttctgtttagGTTTGATCGCCAGTTGCGCCGTCTGACGAGGTTTTATATTCCCCTGGAAGG
EST: GATTAATTTTCAAGCTTAAGCGTGTTGCGGTCCTTTTCTGATTTGATTAG GTTTGATCGCCAGTTGCGCCGTCTGACGAGGTTTTATATTCCCCTGGAAGGEST: gi|67507918|gb|BJ940793.1|BJ940793
genomic: GATTAATTTTCAAGCTTAAGCGTGTTGCGGTCCTTTTCTGATTTGATTAGgtgagagtct ... ttctgtttagGTTTGATCGCCAGTTGCGCCGTCTGACGAGGTTTTATATTCCCCTGGAAGG
EST: GATTAATTTTCAAGCTTAAGCGTGTTGCGGTCCTTTTCTGATTTGATTAG GTTTGATCGCCAGTTGCGCCGTCTGACGAGGTTTTATATTCCCCTGGAAGGEST: gi|100413675|gb|BY974934.1|BY974934
genomic: GATTAATTTTCAAGCTTAAGCGTGTTGCGGTCCTTTTCTGATTTGATTAGgtgagagtct ... ttctgtttagGTTTGATCGCCAGTTGCGCCGTCTGACGAGGTTTTATATTCCCCTGGAAGG
EST: ATTTTCAAGCTTAAGCGTGTTGCGGTCCTTTTCTGATTTGATTAG GTTTGATCGCCAGTTGCGCCGTCTGACGAGGTTTTATATTCCCCTGGAAGGEST: gi|67569388|gb|BJ942212.1|BJ942212
genomic: ATTTTCAAGCTTAAGCGTGTTGCGGTCCTTTTCTGATTTGATTAGgtgagagtct ... ttctgtttagGTTTGATCGCCAGTTGCGCCGTCTGACGAGGTTTTATATTCCCCTGGAAGG
EST: GATTAATTTTCAAGCTTAAGCGTGTTGCGGTCCTTTTCTGATTTGATTAG GTTTGATCGCCAGTTGCGCCGTCTGACGAGGTTTTATATTCCCCTGGAAGG
genomic: GATTAATTTTCAAGCTTAAGCGTGTTGCGGTCCTTTTCTGATTTGATTAGgtgagagtct ... ttctgtttagGTTTGATCGCCAGTTGCGCCGTCTGACGAGGTTTTATATTCCCCTGGAAGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGGAAGGGGGATTAAGCAGGACAAAACAGCGACGACGCTCATAATTTTGTGATTAATTTTCAAGCTTAAGCGTGTTGCGGTCCTTTTCTGATTTGATTAGgtgagagtctgtctgcagtttggttatcagtaggcggtgatgtcttttgcttgaatgttgcatcttggaatcacaagatttgaggatactggtaatttcg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT