1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
GTGGCAGCAGAATTGACCTCGCACTTCTCTTCTACTTCGCTTGCTTCCAACCCGAAGCTGCTTCGAGTTGCACTGGATCTCACTACGCCGCTTGGCTATGgtgcgtggtgatttggccccttcacgctgcacttgtctggtcgctgccgcttggggaagagtcagtctgtgcggatcacttgttgttgggtaggtttagctgctgtctcggggtgttggggtgtcgtcgaacagattgaagatgtaattcttctttgtgtcgttaatattatggggtttgtacag
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S58_256V6.1 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CCCGAAGCTGCTTCGAGTTGCACTGGATCTCACTACGCCGCTTGGCTATG GAGGACGGTAAGCTGGATGCGAGGATTGAGGCTCTGCTGAATGAAGAGAAAEST: gi|208367351|gb|DC939867.1|DC939867
genomic: CCCGAAGCTGCTTCGAGTTGCACTGGATCTCACTACGCCGCTTGGCTATGgtgcgtggtg ... gtttgtacagGAGGACGGTAAGCTGGATGCGAGGATTGAGGCTCTGCTGAATGAAGAGAAA
EST: GAGTTGCACTGGATCTCACTACGCCGCTTGGCTATG GAGGACGGTAAGCTGGATGCGAGGATTGAGGCTCTGCTGAATGAAGAGAAAEST: gi|208350568|gb|DC910373.1|DC910373
genomic: GAGTTGCACTGGATCTCACTACGCCGCTTGGCTATGgtgcgtggtg ... gtttgtacagGAGGACGGTAAGCTGGATGCGAGGATTGAGGCTCTGCTGAATGAAGAGAAA
EST: CCCGAAGCTGCTTCGAGTTGCACTGGATCTCACTACGCCGCTTGGCTATG GAGGACGGTAAGCTGGATGCGAGGATTGAGGCTCTGCTGAATGAAGAGAAAEST: gi|208363544|gb|DC939749.1|DC939749
genomic: CCCGAAGCTGCTTCGAGTTGCACTGGATCTCACTACGCCGCTTGGCTATGgtgcgtggtg ... gtttgtacagGAGGACGGTAAGCTGGATGCGAGGATTGAGGCTCTGCTGAATGAAGAGAAA
EST: CCCGAAGCTGCTTCGAGTTGCACTGGATCTCACTACGCCGCTTGGCTATG GAGGACGGTAAGCTGGATGCGAGGATTGAGGCTCTGCTGAATGAAGAGAAAEST: gi|100418836|gb|BY975763.1|BY975763
genomic: CCCGAAGCTGCTTCGAGTTGCACTGGATCTCACTACGCCGCTTGGCTATGgtgcgtggtg ... gtttgtacagGAGGACGGTAAGCTGGATGCGAGGATTGAGGCTCTGCTGAATGAAGAGAAA
EST: CCCGAAGCTGCTTCGAGTTGCACTGGATCTCACTACGCCGCTTGGCTATG GAGGACGGTAAGCTGGATGCGAGGATTGAGGCTCTGCTGAATGAAGAGAAAEST: gi|100385804|gb|BY950998.1|BY950998
genomic: CCCGAAGCTGCTTCGAGTTGCACTGGATCTCACTACGCCGCTTGGCTATGgtgcgtggtg ... gtttgtacagGAGGACGGTAAGCTGGATGCGAGGATTGAGGCTCTGCTGAATGAAGAGAAA
EST: CCCGAAGCTGCTTCGAGTTGCACTGGATCTCACTACGCCGCTTGGCTATG GAGGACGGTAAGCTGGATGCGAGGATTGAGGCTCTGCTGAATGAAGAGAAAEST: gi|162269559|gb|FC445115.1|FC445115
genomic: CCCGAAGCTGCTTCGAGTTGCACTGGATCTCACTACGCCGCTTGGCTATGgtgcgtggtg ... gtttgtacagGAGGACGGTAAGCTGGATGCGAGGATTGAGGCTCTGCTGAATGAAGAGAAA
EST: CCCGAAGCTGCTTCGAGTTGCACTGGATCTCACTACGCCGCTTGGCTATG GAGGACGGTAAGCTGGATGCGAGGATTGAGGCTCTGCTGAATGAAGAGAAAEST: gi|18344483|gb|BJ176523.1|BJ176523
genomic: CCCGAAGCTGCTTCGAGTTGCACTGGATCTCACTACGCCGCTTGGCTATGgtgcgtggtg ... gtttgtacagGAGGACGGTAAGCTGGATGCGAGGATTGAGGCTCTGCTGAATGAAGAGAAA
EST: TGCTTCGAGTTGCACTGGATCTCACTACNCCGCTTGGCTATG GAGGACGGTAAGCTGGATGCGAGGATTGAGGCTCTGCTGAATGAAGAGAAAEST: gi|100416003|gb|BY957030.1|BY957030
genomic: TGCTTCGAGTTGCACTGGATCTCACTACGCCGCTTGGCTATGgtgcgtggtg ... gtttgtacagGAGGACGGTAAGCTGGATGCGAGGATTGAGGCTCTGCTGAATGAAGAGAAA
EST: CCCGAAGCTGCTTCGAGTTGCACTGGATCTCACTACGCCGCTTGGCTATG GAGGACGGTAAGCTGGATGCGAGGATTGAGGCTCTGCTGAATGAAGAGAAA
genomic: CCCGAAGCTGCTTCGAGTTGCACTGGATCTCACTACGCCGCTTGGCTATGgtgcgtggtg ... gtttgtacagGAGGACGGTAAGCTGGATGCGAGGATTGAGGCTCTGCTGAATGAAGAGAAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTGGCAGCAGAATTGACCTCGCACTTCTCTTCTACTTCGCTTGCTTCCAACCCGAAGCTGCTTCGAGTTGCACTGGATCTCACTACGCCGCTTGGCTATGgtgcgtggtgatttggccccttcacgctgcacttgtctggtcgctgccgcttggggaagagtcagtctgtgcggatcacttgttgttgggtaggtttagctgctgtctcggggtgttggggtgtcgtcgaacagattgaagatgtaattcttctttgtgtcgttaatattatggggtttgtacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT