1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
CGTTTCGTCTTCCGTGGGGCCCGAGTATTATGTGAACATTTTGTCGTTCGTGGACAAGGATCAGCTCGAGCCCGGTTGCGCAATCCTCATGCACAATAAGgtatgccttcccaaatctaagaagttttcagcttatttgctcttcaatttcttcattgccaaaccctaaactatgttctatcacacttgctagaatgtcc...
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S4_277V6.1 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGGACAAGGATCAGCTCGAGCCCGGTTGCGCAATCCTCATGCACAATAAG GTCTTATCAGTGGTGGGGTTACTGCAAGATGATGTGGACCCTATGGTATCTEST: gi|22492105|gb|BU052028.1|BU052028
genomic: TGGACAAGGATCAGCTCGAGCCCGGTTGCGCAATCCTCATGCACAATAAGgtatgccttc ... ttctgtgcagGTCTTATCAGTGGTGGGGTTACTGCAAGATGATGTGGACCCTATGGTATCT
EST: TGGACAAGGATCAGCTCGAGCCCGGTTGCGCAATCCTCATGCACAATAAG GTCTTATCAGTGGTGGGGTTACTGCAAGATGATGGGGACCCTATGGTATCTEST: gi|162171249|gb|FC346394.1|FC346394
genomic: TGGACAAGGATCAGCTCGAGCCCGGTTGCGCAATCCTCATGCACAATAAGgtatgccttc ... ttctgtgcagGTCTTATCAGTGGTGGGGTTACTGCAAGATGATGTGGACCCTATGGTATCT
EST: TGGACAAGGATCAGCTCGAGCCCGGTTGCGCAATCCTCATGCACAATAAG GTCTTATCAGTGGTGGGGTTACTGCAAGATGATGTGGACCCTATGGTATCTEST: gi|162224576|gb|FC400472.1|FC400472
genomic: TGGACAAGGATCAGCTCGAGCCCGGTTGCGCAATCCTCATGCACAATAAGgtatgccttc ... ttctgtgcagGTCTTATCAGTGGTGGGGTTACTGCAAGATGATGTGGACCCTATGGTATCT
EST: TGGACAAGGATCAGCTCGAGCCCGGTTGCGCAATCCTCATGCACAATAAG GTCTTATCAGTGGTGGGGTTACTGCAAGATGATGTGGACCCTATGGTATCTEST: gi|162258958|gb|FC435901.1|FC435901
genomic: TGGACAAGGATCAGCTCGAGCCCGGTTGCGCAATCCTCATGCACAATAAGgtatgccttc ... ttctgtgcagGTCTTATCAGTGGTGGGGTTACTGCAAGATGATGTGGACCCTATGGTATCT
EST: TGGACAAGGATCAGCTCGAGCCCGGTTGCGCAATCCTCATGCACAATAAG GTCTTATCAGTGGTGGGGTTACTGCAAGATGATGTGGACCCTATGGTATCTEST: gi|162216137|gb|FC392970.1|FC392970
genomic: TGGACAAGGATCAGCTCGAGCCCGGTTGCGCAATCCTCATGCACAATAAGgtatgccttc ... ttctgtgcagGTCTTATCAGTGGTGGGGTTACTGCAAGATGATGTGGACCCTATGGTATCT
EST: TGGACAAGGATCAGCTCGAGCCCGGTTGCGCAATCCTCATGCACAATAAG GTCTTATCAGTGGTGGGGTTACTGCAAGATGATGTGGACCCTATGGTATCTEST: gi|100392185|gb|BY953236.1|BY953236
genomic: TGGACAAGGATCAGCTCGAGCCCGGTTGCGCAATCCTCATGCACAATAAGgtatgccttc ... ttctgtgcagGTCTTATCAGTGGTGGGGTTACTGCAAGATGATGTGGACCCTATGGTATCT
EST: TGGACAAGGATCAGCTCGAGCCCGGTTGCGCAATCCTCATGCACAATAAG GTCTTATCAGTGGTGGGGTTACTGCAAGATGATGTGGACCCTATGGTATCTEST: gi|162216155|gb|FC392988.1|FC392988
genomic: TGGACAAGGATCAGCTCGAGCCCGGTTGCGCAATCCTCATGCACAATAAGgtatgccttc ... ttctgtgcagGTCTTATCAGTGGTGGGGTTACTGCAAGATGATGTGGACCCTATGGTATCT
EST: TGGACAAGGATCAGCTCGAGCCCGGTTGCGCAATCCTCATGCACAATAAG GTCTTATCAGTGGTGGGGTTACTGCAAGATGATGTGGACCCTATGGTATCT
genomic: TGGACAAGGATCAGCTCGAGCCCGGTTGCGCAATCCTCATGCACAATAAGgtatgccttc ... ttctgtgcagGTCTTATCAGTGGTGGGGTTACTGCAAGATGATGTGGACCCTATGGTATCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CGTTTCGTCTTCCGTGGGGCCCGAGTATTATGTGAACATTTTGTCGTTCGTGGACAAGGATCAGCTCGAGCCCGGTTGCGCAATCCTCATGCACAATAAGgtatgccttcccaaatctaagaagttttcagcttatttgctcttcaatttcttcattgccaaaccctaaactatgttctatcacacttgctagaatgtcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC