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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGTGGCTGACTCCATTATCAGCCAGTTGCTGCTCCTGGACGCCATCGACCCTAAGCAGGACATTCGTCTTTTTATCAATTGTCCGGGGGGTTCTATCAGgtatttgggttacgttaatagttctcgttcttttgggtgcgaattgctgcttcagtgcggttaaattttagggttttaatgtgaattgctgaacgttgcagtgtccctgatgctgaatttagccctctgcgtgtggctctggttgtgttttttcattctcattttgttttattttttccttttctgttttttgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S4_13V6.3
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162242113|gb|FC415807.1|FC415807
EST:     CCTAAGCAGGACATTCGTCTTTTTATCAATTGTCCGGGGGGTTCTATCAG                         TGCTGCCATGGGTATCTTTGATGCCATGCAGCTGTGTAAGTGTGATATTTC
genomic: CCTAAGCAGGACATTCGTCTTTTTATCAATTGTCCGGGGGGTTCTATCAGgtatttgggt ... ttttttgcagTGCTGCCATGGGTATCTTTGATGCCATGCAGCTGTGTAAGTGTGATATTTC
EST: gi|162224724|gb|FC401972.1|FC401972
EST:     CCTAAGCAGGACATTCGTCTTTTTATCAATTGTCCGGGGGGTTCTATCAG                         TGCTGCCATGGGTATCTTTGATGCCATGCAGCTGTGTAAGTGTGATATTTC
genomic: CCTAAGCAGGACATTCGTCTTTTTATCAATTGTCCGGGGGGTTCTATCAGgtatttgggt ... ttttttgcagTGCTGCCATGGGTATCTTTGATGCCATGCAGCTGTGTAAGTGTGATATTTC
EST: gi|162190053|gb|FC366627.1|FC366627
EST:     CCTAAGCAGGACATTCGTCTTTTTATCAATTGTNCGGGGGGTTCTATCAG                         TGCTGCCATGGGTATCTTTGATGCCATGCAGCTGTGTAAGTGTGATATTTC
genomic: CCTAAGCAGGACATTCGTCTTTTTATCAATTGTCCGGGGGGTTCTATCAGgtatttgggt ... ttttttgcagTGCTGCCATGGGTATCTTTGATGCCATGCAGCTGTGTAAGTGTGATATTTC
EST: gi|37821216|gb|BJ579282.1|BJ579282
EST:     CCTAAGCAGGACATTCGTCTTTTTATCAATTGTCCGGGGGGTTCTATCAG                         TGCTGCCATGGGTATCTTTGATGCCATGCAGCTGTGTAAGTGTGATATTTC
genomic: CCTAAGCAGGACATTCGTCTTTTTATCAATTGTCCGGGGGGTTCTATCAGgtatttgggt ... ttttttgcagTGCTGCCATGGGTATCTTTGATGCCATGCAGCTGTGTAAGTGTGATATTTC
EST: gi|37827419|gb|BJ585431.1|BJ585431
EST:     CCTAAGCAGGACATTCGTCTTTTTATCAATTGTCCGGGGGGTTCTATCAG                         TGCTGCCATGGGTATCTTTGATGCCATGCAGCTGTGTAAGTGTGATATTTC
genomic: CCTAAGCAGGACATTCGTCTTTTTATCAATTGTCCGGGGGGTTCTATCAGgtatttgggt ... ttttttgcagTGCTGCCATGGGTATCTTTGATGCCATGCAGCTGTGTAAGTGTGATATTTC
EST: gi|162242114|gb|FC415808.1|FC415808
EST:     CCTAAGCAGGACATTCGTCTTTTTATCAATTGTCCGGGGGGTTCTATCAG                         TGCTGCCATGGGTATCTTTGATGCCATGCAGCTGTGTAAGTGTGATATTTC
genomic: CCTAAGCAGGACATTCGTCTTTTTATCAATTGTCCGGGGGGTTCTATCAGgtatttgggt ... ttttttgcagTGCTGCCATGGGTATCTTTGATGCCATGCAGCTGTGTAAGTGTGATATTTC
EST: gi|18339814|gb|BJ171841.1|BJ171841
EST:     CCTAAGCAGGACATTCGTCTTTTTATCAATTGTCCGGGGGGTTCTATCAG                         TGCTGCCATGGGTATCTTTGATGCCATGCAGCTGTGTAAGTGTGATATTTC
genomic: CCTAAGCAGGACATTCGTCTTTTTATCAATTGTCCGGGGGGTTCTATCAGgtatttgggt ... ttttttgcagTGCTGCCATGGGTATCTTTGATGCCATGCAGCTGTGTAAGTGTGATATTTC
EST: gi|67692351|gb|BJ952584.1|BJ952584
EST:     CCTAAGCAGGACATTCGTCTTTTTATCAATTGTCCGGGGGGTTCTATCAG                         TGCTGCCATGGGTATCTTTGATGCCATGCAGCTGTGTAAGTGTGATATTTC
genomic: CCTAAGCAGGACATTCGTCTTTTTATCAATTGTCCGGGGGGTTCTATCAGgtatttgggt ... ttttttgcagTGCTGCCATGGGTATCTTTGATGCCATGCAGCTGTGTAAGTGTGATATTTC
EST: gi|162206018|gb|FC382803.1|FC382803
EST:     CCTAAGCAGGACATTCGTCTTTTTATCAATTGTCCGGGGGGTTCTATCAG                         TGCTGCCATGGGTATCTTTGATGCCATGCAGCTGTGTAAGTGTGATATTTC
genomic: CCTAAGCAGGACATTCGTCTTTTTATCAATTGTCCGGGGGGTTCTATCAGgtatttgggt ... ttttttgcagTGCTGCCATGGGTATCTTTGATGCCATGCAGCTGTGTAAGTGTGATATTTC
EST: gi|162190054|gb|FC366628.1|FC366628
EST:     CCTAAGCAGGACATTCGTCTTTTTATCAATTGTCCGGGGGGTTCTATCAG                         TGCTGCCATGGGTATCTTTGATGCCATGCAGCTGTGTAAGTGTGATATTTC
genomic: CCTAAGCAGGACATTCGTCTTTTTATCAATTGTCCGGGGGGTTCTATCAGgtatttgggt ... ttttttgcagTGCTGCCATGGGTATCTTTGATGCCATGCAGCTGTGTAAGTGTGATATTTC
EST: gi|162224723|gb|FC401971.1|FC401971
EST:     CCTAAGCAGGACATTCGTCTTTTTATCAATTGTCCGGGGGGTTCTATCAG                         TGCTGCCATGGGTATCTTTGATGCCATGCAGCTGTGTAAGTGTGATATTTC
genomic: CCTAAGCAGGACATTCGTCTTTTTATCAATTGTCCGGGGGGTTCTATCAGgtatttgggt ... ttttttgcagTGCTGCCATGGGTATCTTTGATGCCATGCAGCTGTGTAAGTGTGATATTTC
EST: gi|208379329|gb|DC918987.1|DC918987
EST:     AGCANGACATTCGTC-TTTTATCAATTGTCC-GGGGGCTCTATCAG                         TGCTGCCATNGGTATCTTTGATGCCANGCAGCTGTGTAAGTGTGATATTTC
genomic: AGCAGGACATTCGTCTTTTTATCAATTGTCCGGGGGGTTCTATCAGgtatttgggt ... ttttttgcagTGCTGCCATGGGTATCTTTGATGCCATGCAGCTGTGTAAGTGTGATATTTC