Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGACGAAATCTCGAAAGATTTAGGGTTGGAATTGAAGATTTTCTCTGCAGAGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTGgtatgattatttgatcgtgtttagctcatgcagaactgcttccgtgcttgatcacggactgtgacaatgcttggttttggaatcttgtacattttcggaa...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S49_289V6.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100366441|gb|BY985136.1|BY985136
EST:     AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTG                         AATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATG
genomic: AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTGgtatgattat ... gtttgtgtagAATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATG
EST: gi|162156192|gb|FC332567.1|FC332567
EST:     AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTG                         AATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATG
genomic: AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTGgtatgattat ... gtttgtgtagAATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATG
EST: gi|100430914|gb|BY959933.1|BY959933
EST:     AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTG                         AATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATG
genomic: AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTGgtatgattat ... gtttgtgtagAATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATG
EST: gi|100422753|gb|BY957983.1|BY957983
EST:     AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTG                         AATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATG
genomic: AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTGgtatgattat ... gtttgtgtagAATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATG
EST: gi|100378919|gb|BY986483.1|BY986483
EST:     AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTG                         AATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATG
genomic: AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTGgtatgattat ... gtttgtgtagAATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATG
EST: gi|18347724|gb|BJ179771.1|BJ179771
EST:     AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTG                         AATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATG
genomic: AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTGgtatgattat ... gtttgtgtagAATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATG
EST: gi|100353366|gb|BY964770.1|BY964770
EST:     AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTG                         AATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATG
genomic: AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTGgtatgattat ... gtttgtgtagAATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATG
EST: gi|162158209|gb|FC335252.1|FC335252
EST:     AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTG                         AATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATG
genomic: AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTGgtatgattat ... gtttgtgtagAATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATG