1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GGCGGTTCTGGAGGTGGACCGCATCCAGATTCACCCCTCGTTGATTCGTCGGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATGgtacgctgcttgaatcataatataccaggaccgttttgtcatttttatgtccaattgcaggcgaacttcttgtgcgaattcaattattgttcttacttgg...
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S46_324V6.1 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATG GTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCGEST: gi|208388020|gb|DC933140.1|DC933140
genomic: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATGgtacgctgct ... gatcgtgcagGTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCG
EST: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATG GTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCGEST: gi|208384664|gb|DC915239.1|DC915239
genomic: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATGgtacgctgct ... gatcgtgcagGTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCG
EST: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATG GTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCGEST: gi|162173753|gb|FC349929.1|FC349929
genomic: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATGgtacgctgct ... gatcgtgcagGTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCG
EST: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATG GTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCGEST: gi|208390625|gb|DC937557.1|DC937557
genomic: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATGgtacgctgct ... gatcgtgcagGTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCG
EST: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATG GTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCGEST: gi|208400245|gb|DC908906.1|DC908906
genomic: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATGgtacgctgct ... gatcgtgcagGTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCG
EST: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATG GTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCGEST: gi|208378125|gb|DC902598.1|DC902598
genomic: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATGgtacgctgct ... gatcgtgcagGTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCG
EST: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATG GTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCGEST: gi|22131888|gb|BQ826859.1|BQ826859
genomic: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATGgtacgctgct ... gatcgtgcagGTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCG
EST: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATG GTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCGEST: gi|67570106|gb|BJ942930.1|BJ942930
genomic: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATGgtacgctgct ... gatcgtgcagGTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCG
EST: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATG GTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCGEST: gi|18329512|gb|BJ161518.1|BJ161518
genomic: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATGgtacgctgct ... gatcgtgcagGTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCG
EST: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATG GTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCGEST: gi|208362822|gb|DC950622.1|DC950622
genomic: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATGgtacgctgct ... gatcgtgcagGTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCG
EST: CTCAAAATGCTCAAACATG GTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCGEST: gi|162150910|gb|FC327390.1|FC327390
genomic: CTCAAAATGCTCAAACATGgtacgctgct ... gatcgtgcagGTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCG
EST: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATG GTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCGEST: gi|67569711|gb|BJ942535.1|BJ942535
genomic: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATGgtacgctgct ... gatcgtgcagGTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCG
EST: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATG GTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCGEST: gi|208387484|gb|DC933347.1|DC933347
genomic: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATGgtacgctgct ... gatcgtgcagGTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCG
EST: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATG GTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCGEST: gi|18327697|gb|BJ159700.1|BJ159700
genomic: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATGgtacgctgct ... gatcgtgcagGTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCG
EST: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATG GTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCGEST: gi|100420708|gb|BY993475.1|BY993475
genomic: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATGgtacgctgct ... gatcgtgcagGTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCG
EST: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATG GTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCG
genomic: GGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATGgtacgctgct ... gatcgtgcagGTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGCGGTTCTGGAGGTGGACCGCATCCAGATTCACCCCTCGTTGATTCGTCGGAGCAAGTGTACATTTCCTCTCTGGCGCTGCTCAAAATGCTCAAACATGgtacgctgcttgaatcataatataccaggaccgttttgtcatttttatgtccaattgcaggcgaacttcttgtgcgaattcaattattgttcttacttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT