Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTCGTGGACGAGTGTGCTAGGCCAAGATGAGTACGGAGAAGGAGCGCGAGAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgtgtgctcgatatgttaacatgtttttcttctttccattagcttggtttttgtggagtttttcgggagttatttgtttatttattattatta...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S46_127V6.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S46_127V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os01g11110.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
TGTCGTGGACGAGTGTGCTAGGCCAAGATGAGTACGGAGAAGGAGCGCGAGAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgtgtgctcgatatgttaacatgtttttcttctttccattagcttggtttttg--tggagtttttcgggagttat-ttgtttatttattattatta
   | | |   ||   | |    |          |   |       ||||   |   || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||  | |      | ||      |         | |   |   |  || ||  | |  ||  ||| | ||||  || ||| |  ||| | | | || |     
CAGCCTCGCTCAGCTCGATCTCTCTCTCGTCTCGCCATGGCCCCCAGCGACGACCTCGTCTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCCGAGCGATACGACGgtacgcgatcccccccggctccctcctcccccctgccgttcctccctacctctgctcgtgcttgggggttttgtggtgttgtgctgtgtgtgtgttttgg---

upper sequence: PP1S46_127V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os11g39540.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
TGTCGTGGACGAGTGTGCTAGGCCAAGATGAGTACGGAGAAGGAGCGCGAGAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgtgtgctcgatatgttaacatgtttttcttctttccatta-gcttggtttttgtggagtttttcgggagttatttgtttatttattattatta------
                                      ||||||| | ||||     |||    |||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| ||  || |     |  || |     || |    |   ||| |||  || | | | ||||| |||| ||  |   ||  || |||   | |     ||       
------------------------------------ATGAAGGAGAGGGAGAAGGTGGTGCGACTGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGAGATACGACGgtatggctggga---tgggatctcggattgctggattg--ttcgattgcgcgttgctgttgtgcagttctt--gttcttggttctttgcatttgggggttgggggga

upper sequence: PP1S46_127V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G145213_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
-----TGTCGTGGACGAGTGTGCTAGGCCAAGATGAGTACGGAGAAGGAGCGCGAGAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgtgtgctcgatatgttaacatgtttttcttctttccattagcttggtttttgtggagtttttcgggagttatttgtttatttattattatta-
      || ||||  |   | | | |||   |  |   | ||||   ||||| ||||     |||| | |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| | |     | ||              |  |  |  |  ||    |   ||   |   |    |  ||  | ||| ||  |   |    |    ||  
GGGAGAGTTGTGG--GGAGGGGATCGGCGGCGGAGGAGATGGAG---GAGCGGGAGAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACGgtgagggatctcgttctcgcgccctctgcttaataataatgccccgccgtacgggactacagtctctactctagcgttgttc-tcggtgcccttcagttca

upper sequence: PP1S46_127V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA13G36690.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
TGTCGTGGACGAGTGT--GCTAGGCCAA-GATGAGTACGGAGAAGGAGCGCGAGAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgtgtgctcgatatgttaacatgtttttcttctttccattagc-ttggtttttgtggagtttttcgggagttatttgt-ttatttattattatta
         | | | |  |  ||  |   ||||| | |    ||||| ||||||| ||  || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| |     |     |  | | ||  | ||  ||         |||  || | | | |  |||   |   |      || ||| |   |||  ||  |  ||
---TAAACCCTAATTTCGGAAAGATCGGCGATGACTGCCTCCAAGGATCGCGAGAACTTCGTCTACATCGCCAAACTCGCCGAGCAGGCCGAGCGTTACGAAGgttt-caaattcttcctttgttttctc-tgacttcgacgcgcacatgcgcgtcgatgtgcgtgatttcgatgattccttttttatacgattgcttgcttcta

upper sequence: PP1S46_127V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 1
lower sequence: EFJ35972 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 1
TGTCGTGGACGAGTGTGCTAGGCCAAGATGAGTACGGAGAAGGAGCGCGAGAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgtgtgctcgatatgttaacatgtttttcttctttccattagcttggtttttgtggagtttttcgggagttatttgtttatttattattatta
                           ||| | | |||||||||||||||  ||| ||| || ||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| |||| |    || | |||||  | |||     | |    | ||| |||     | | | || |    | ||    | ||    |                 
---------------------------ATGGGAATGGAGAAGGAGCGCGAATGCTTTGTCTATATGGCCAAGCTTGCCGAGCAAGCAGAGCGCTACGACGgtgagctcctg-gatcgatgcgataa-----tctcgcgccttcgattcctcggatctgtgcgtgactcttgtctatttccccgcag--------------

upper sequence: PP1S46_127V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 1
lower sequence: EFJ36243 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 1
TGTCGTGGACGAGTGTGCTAGGCCAAGATGAGTACGGAGAAGGAGCGCGAGAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgtgtgctcgatatgttaacatgtttttcttctttccattagcttggtttttgtggagtttttcgggagttatttgtttatttattattatta
                                 | |||||||||||||||  ||| ||| || ||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| |||| |    || | |||||  | |||     | |    | ||| ||      | | | ||||    | ||    | ||    |                 
---------------------------------ATGGAGAAGGAGCGCGAATGCTTTGTCTATATGGCCAAGCTTGCCGAGCAAGCAGAGCGCTACGACGgtgagctcctg-gatcgatgcgataa-----tctcgcgccttcgatccctcggatctgtgtgtgactcttgtctatttccccgcag--------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208372972|gb|DC940603.1|DC940603
EST:     GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATG                         AGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
genomic: GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgt ... tgaactgcagAGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
EST: gi|100399623|gb|BY972811.1|BY972811
EST:     GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATG                         AGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
genomic: GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgt ... tgaactgcagAGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
EST: gi|208387774|gb|DC941343.1|DC941343
EST:     GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATG                         AGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
genomic: GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgt ... tgaactgcagAGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
EST: gi|162271212|gb|FC447175.1|FC447175
EST:     GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATG                         AGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
genomic: GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgt ... tgaactgcagAGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
EST: gi|100364763|gb|BY947896.1|BY947896
EST:     GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATG                         AGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
genomic: GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgt ... tgaactgcagAGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
EST: gi|18372267|gb|BJ203869.1|BJ203869
EST:     GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATG                         AGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
genomic: GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgt ... tgaactgcagAGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
EST: gi|208374432|gb|DC941189.1|DC941189
EST:     GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATG                         AGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
genomic: GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgt ... tgaactgcagAGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
EST: gi|208348585|gb|DC913257.1|DC913257
EST:     GAGCTATGTGTACGTGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATG                         AGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
genomic: GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgt ... tgaactgcagAGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
EST: gi|100421141|gb|BY976095.1|BY976095
EST:     GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATG                         AGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
genomic: GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgt ... tgaactgcagAGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
EST: gi|208380926|gb|DC903866.1|DC903866
EST:     GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATG                         AGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
genomic: GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgt ... tgaactgcagAGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
EST: gi|67569057|gb|BJ941881.1|BJ941881
EST:     GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATG                         AGATGGTGGAATCGATGAANAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
genomic: GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgt ... tgaactgcagAGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
EST: gi|100415554|gb|BY992898.1|BY992898
EST:     GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATG                         AGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
genomic: GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgt ... tgaactgcagAGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
EST: gi|100387914|gb|BY970659.1|BY970659
EST:     GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATG                         AGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
genomic: GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgt ... tgaactgcagAGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
EST: gi|162206622|gb|FC382380.1|FC382380
EST:     GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATG                         AGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
genomic: GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgt ... tgaactgcagAGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
EST: gi|208362580|gb|DC939504.1|DC939504
EST:     GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATG                         AGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
genomic: GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgt ... tgaactgcagAGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
EST: gi|208374603|gb|DC931956.1|DC931956
EST:     GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATG                         AGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
genomic: GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgt ... tgaactgcagAGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
EST: gi|18364088|gb|BJ196161.1|BJ196161
EST:     GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATG                         AGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
genomic: GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgt ... tgaactgcagAGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
EST: gi|208373768|gb|DC936567.1|DC936567
EST:     GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATG                         AGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
genomic: GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgt ... tgaactgcagAGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
EST: gi|208365635|gb|DC935746.1|DC935746
EST:     GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATG                         AGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
genomic: GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgt ... tgaactgcagAGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
EST: gi|162272342|gb|FC448201.1|FC448201
EST:     GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATG                         AGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
genomic: GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgt ... tgaactgcagAGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
EST: gi|208374722|gb|DC932019.1|DC932019
EST:     GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATG                         AGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
genomic: GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgt ... tgaactgcagAGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
EST: gi|18363258|gb|BJ195330.1|BJ195330
EST:     GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATG                         AGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
genomic: GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgt ... tgaactgcagAGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
EST: gi|18374978|gb|BJ206556.1|BJ206556
EST:     GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATG                         AGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG
genomic: GAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgt ... tgaactgcagAGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 33

TGTCGTGGACGAGTGTGCTAGGCCAAGATGAGTACGGAGAAGGAGCGCGAGAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgt ... tgaactgcagAGATGGTGGAATCGATGAAGAAGGTTGCCAAGCTTGATGTGGAGCTGACAGTAGAGGAGCGAAATCTCTTGTCCGTGGGTTATAAGAATGTCATCGGAGC




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGTCGTGGACGAGTGTGCTAGGCCAAGATGAGTACGGAGAAGGAGCGCGAGAGCTATGTGTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGATGgtgtgtgtgtgtgctcgatatgttaacatgtttttcttctttccattagcttggtttttgtggagtttttcgggagttatttgtttatttattattatta

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG