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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTTGAATGTGTTGCGAATTCAGCTGCTGGGTCGCCAATTCATGGTCCCGCCCCACTCCTTGTTCCTTCTTCCTTGCTCTCCACGTCCAGCGTTACTTgtaagtccacgggatttctcacttcctctgtctgtctgtgaatattaacacttagaagcgcttttggggtttagggttttagggttttttttctctcgaa...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S43_166V6.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18372735|gb|BJ204337.1|BJ204337
EST:     CGCCCCACTCCTTGTTCCTTCTTCCTTGCTCTCCACGTCCAGCGTTACTT                         ATAGGTAGCCAAGATGCCCGTGGAAGTCGAGTCTAAGGGGGTGCGGGATCC
genomic: CGCCCCACTCCTTGTTCCTTCTTCCTTGCTCTCCACGTCCAGCGTTACTTgtaagtccac ... ttttgtgcagATAGGTAGCCAAGATGCCCGTGGAAGTCGAGTCTAAGGGGGTGCGGGATCC
EST: gi|18349762|gb|BJ181812.1|BJ181812
EST:     CGCCCCGCTCCTTGTTCCTTCTTCCTTGCTCTCCACGTCCAGCGTTACTT                         ATAGGTAGCCAAGATGCCCGTGGAAGTCGAGTCTAAGGGGGTGCGGGATCC
genomic: CGCCCCACTCCTTGTTCCTTCTTCCTTGCTCTCCACGTCCAGCGTTACTTgtaagtccac ... ttttgtgcagATAGGTAGCCAAGATGCCCGTGGAAGTCGAGTCTAAGGGGGTGCGGGATCC
EST: gi|18368128|gb|BJ200213.1|BJ200213
EST:     CGCCCCACTCCTTGTTCCTTCTTCCTTGCTCTCCACGTCCAGCGTTACTT                         ATAGGTAGCCAAGATGCCCGTGGAAGTCGAGTCTAAGGGGGTGCGGGATCC
genomic: CGCCCCACTCCTTGTTCCTTCTTCCTTGCTCTCCACGTCCAGCGTTACTTgtaagtccac ... ttttgtgcagATAGGTAGCCAAGATGCCCGTGGAAGTCGAGTCTAAGGGGGTGCGGGATCC
EST: gi|18357482|gb|BJ189541.1|BJ189541
EST:     CGCCCCACTCCTTGTTCCTTCTTCCTTGCTCTCCACGTCCAGCTTTACTT                         ATAGGTAGCCAAGATGCCCGTGGAAGTCGAGTCTAAGGGGGTGCGGGATCC
genomic: CGCCCCACTCCTTGTTCCTTCTTCCTTGCTCTCCACGTCCAGCGTTACTTgtaagtccac ... ttttgtgcagATAGGTAGCCAAGATGCCCGTGGAAGTCGAGTCTAAGGGGGTGCGGGATCC
EST: gi|18370312|gb|BJ201914.1|BJ201914
EST:     CGCCCCACTCCTTGTTCCTTCTTCCTTGCTCTCCACGTCCAGCGTTACTT                         ATAGGTAGCCAAGATGCCCGTGGAAGTCGAGTCTAAGGGGGTGCGGGATCC
genomic: CGCCCCACTCCTTGTTCCTTCTTCCTTGCTCTCCACGTCCAGCGTTACTTgtaagtccac ... ttttgtgcagATAGGTAGCCAAGATGCCCGTGGAAGTCGAGTCTAAGGGGGTGCGGGATCC
EST: gi|18364594|gb|BJ196667.1|BJ196667
EST:     CGCCCCACTCCTTGTTCCTTCTTCCTTGCTCTCCACGTCCAGCGTTACTT                         ATAGGTAGCCAAGATGCCCGTGGAAGTCGAGTCTAAGGGGGTGCGGGATCC
genomic: CGCCCCACTCCTTGTTCCTTCTTCCTTGCTCTCCACGTCCAGCGTTACTTgtaagtccac ... ttttgtgcagATAGGTAGCCAAGATGCCCGTGGAAGTCGAGTCTAAGGGGGTGCGGGATCC
EST: gi|100371663|gb|BY968088.1|BY968088
EST:     CGCCCCACTCCTTGTTCCTTCTTCCTTGCTCTCCACGTCCAGCGTTACTT                         ATAGGTAGCCAAGATGCCCGTGGAAGTCGAGTCTAAGGGGGTGCGGGATCC
genomic: CGCCCCACTCCTTGTTCCTTCTTCCTTGCTCTCCACGTCCAGCGTTACTTgtaagtccac ... ttttgtgcagATAGGTAGCCAAGATGCCCGTGGAAGTCGAGTCTAAGGGGGTGCGGGATCC
EST: gi|18364941|gb|BJ197015.1|BJ197015
EST:     CGCCCCACTCCTTGTTCCTTCTTCCTTGCTCTCCACGTCCAGCGTTACTT                         ATAGGTAGCCAAGATGCCCGTGGAAGTCGAGTCTAAGGGGGTGCGGGATCC
genomic: CGCCCCACTCCTTGTTCCTTCTTCCTTGCTCTCCACGTCCAGCGTTACTTgtaagtccac ... ttttgtgcagATAGGTAGCCAAGATGCCCGTGGAAGTCGAGTCTAAGGGGGTGCGGGATCC