Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGGTGCAAAATGTGGACCCTCAATAGGGTTGGCCTGTTGGGGGTTGCGTGTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGGgtatgtcccatctctctccacatgtctgccccgtaggttgcttgctcttcgccgccatgagctcgctccccctcatgatttcaacttccccgttttttgg...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S438_26V6.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18327860|gb|BJ159864.1|BJ159864
EST:     GTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGG                         TATGGCAAAGGGGATCCGGTGATGCTGTGGGTGAACAAAGTGGGGCCTTAC
genomic: GTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGGgtatgtccca ... gagtgtgcagTATGGCAAAGGGGATCCGGTGATGCTGTGGGTGAACAAAGTGGGGCCTTAC
EST: gi|18374645|gb|BJ206223.1|BJ206223
EST:     GTGCCCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGG                         TATGGCAAAGGGGATCCGGTGATGCTGTGGGTGAACAAAGTGGGGCCTTAC
genomic: GTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGGgtatgtccca ... gagtgtgcagTATGGCAAAGGGGATCCGGTGATGCTGTGGGTGAACAAAGTGGGGCCTTAC
EST: gi|18328968|gb|BJ160974.1|BJ160974
EST:     GTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGG                         TATGGCAAAGGGGATCCGGTGATGCTGTGGGTGAACAAAGTGGGGCCTTAC
genomic: GTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGGgtatgtccca ... gagtgtgcagTATGGCAAAGGGGATCCGGTGATGCTGTGGGTGAACAAAGTGGGGCCTTAC
EST: gi|100396234|gb|BY972301.1|BY972301
EST:     GTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGG                         TATGGCAAAGGGGATCCGGTGATGCTGTGGGTGAACAAAGTGGGGGCTTAC
genomic: GTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGGgtatgtccca ... gagtgtgcagTATGGCAAAGGGGATCCGGTGATGCTGTGGGTGAACAAAGTGGGGCCTTAC
EST: gi|18350334|gb|BJ182385.1|BJ182385
EST:     GTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGG                         TATGGCAAAGGGGATCCGGTGATGCTGTGGGTGAACAAAGTGGGGCCTTAC
genomic: GTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGGgtatgtccca ... gagtgtgcagTATGGCAAAGGGGATCCGGTGATGCTGTGGGTGAACAAAGTGGGGCCTTAC
EST: gi|18354933|gb|BJ186992.1|BJ186992
EST:     GTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGG                         TATGGCAAAGGGGATCCGGTGATGCTGTGGGTGAACAAAGTGGGGCCTTAC
genomic: GTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGGgtatgtccca ... gagtgtgcagTATGGCAAAGGGGATCCGGTGATGCTGTGGGTGAACAAAGTGGGGCCTTAC
EST: gi|18366259|gb|BJ198337.1|BJ198337
EST:     GTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGG                         TATGGCAAAGGGGATCCGGTGATGCTGTGGGTGAACAAAGTGGGGCCTTAC
genomic: GTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGGgtatgtccca ... gagtgtgcagTATGGCAAAGGGGATCCGGTGATGCTGTGGGTGAACAAAGTGGGGCCTTAC
EST: gi|18372198|gb|BJ203800.1|BJ203800
EST:     GTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGG                         TATGGCAAAGGGGATCCGGTGATGCTGTGG
genomic: GTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGGgtatgtccca ... gagtgtgcagTATGGCAAAGGGGATCCGGTGATGCTGTGG
EST: gi|18354497|gb|BJ186553.1|BJ186553
EST:     GTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACNGG                         TATGGCAAAGGGG
genomic: GTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGGgtatgtccca ... gagtgtgcagTATGGCAAAGGGG
EST: gi|18325722|gb|BJ157719.1|BJ157719
EST:     GTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGG                         TATGGCAAAGGGGATCCGGTGATGCTGTGGG
genomic: GTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGGgtatgtccca ... gagtgtgcagTATGGCAAAGGGGATCCGGTGATGCTGTGGG
EST: gi|18326307|gb|BJ158306.1|BJ158306
EST:     GTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGG                         TATGGCAAAGGGGATCCGGTGATGCTGTGGGTGAACAAAGTGGGGCCTTAC
genomic: GTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGGgtatgtccca ... gagtgtgcagTATGGCAAAGGGGATCCGGTGATGCTGTGGGTGAACAAAGTGGGGCCTTAC
EST: gi|18363267|gb|BJ195339.1|BJ195339
EST:     GTGCGCTGGTTTTGCTTCANCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGG                         TATGGCAAAGGGGATCCGGTGATGCTGTGGGTGAACAAAGTGGGGCCTTAC
genomic: GTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGGgtatgtccca ... gagtgtgcagTATGGCAAAGGGGATCCGGTGATGCTGTGGGTGAACAAAGTGGGGCCTTAC
EST: gi|18361587|gb|BJ193653.1|BJ193653
EST:     GTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGG                         TATGGCAAAGGGGATCCGGTGATGCTGTGGGTGAACAAAGTGGGGCCTTAC
genomic: GTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGGgtatgtccca ... gagtgtgcagTATGGCAAAGGGGATCCGGTGATGCTGTGGGTGAACAAAGTGGGGCCTTAC
EST: gi|18362613|gb|BJ194684.1|BJ194684
EST:     GTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGG                         TATGGCAAAGGGGATCCGGTGATGCTGTGGGTGAACAAAGTGGGGCCTTAC
genomic: GTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGGgtatgtccca ... gagtgtgcagTATGGCAAAGGGGATCCGGTGATGCTGTGGGTGAACAAAGTGGGGCCTTAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 26

AGGGTGCAAAATGTGGACCCTCAATAGGGTTGGCCTGTTGGGGGTTGCGTGTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGGgtatgtccca ... gagtgtgcagTATGGCAAAGGGGATCCGGTGATGCTGTGGGTGAACAAAGTGGGGCCTTACAACAATCCGCAAGAGACGTACAACTACTACAGTCTGCCGTTTTGCAGTC




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGGGTGCAAAATGTGGACCCTCAATAGGGTTGGCCTGTTGGGGGTTGCGTGTGCGCTGGTTTTGCTTCAGCTGTGCAGTGCCAACGAGTACGACCACAGGgtatgtcccatctctctccacatgtctgccccgtaggttgcttgctcttcgccgccatgagctcgctccccctcatgatttcaacttccccgttttttgg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG