Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCGGGTCGGGTTCCTGTTGTCTTTGTGTGCGTTTGTGTGTGTTTGTAGTGCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttttctgctcttgaattggtggtgtgttctgcctctgcatgtttttatttatttatgtatttatttggtgcagagtagtttgggtggtctgtt...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S37_166V6.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S37_166V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G146374_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 1
GTCGGGTCGGGTTCCTGTTGTCTTTGTGTGCGTTTGTGTGTGTTTGT---AGTGCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttttctgctcttgaattggtggtgtgttctgcctctgcatgtttttatttatttatgtatttatttggtgcagagtagtttgggtggtctgtt----------
    ||   ||  |     |     | | ||  || ||  ||||| |     |  ||  ||||||||||| |||||||| || ||||||||| | |||||| ||||||  |  |   |   |   |  ||  |    | | |||| ||||||| |  ||  ||| |   |||  ||| |   |  |   |||   | | | ||          
---AGGCGAGGAGCGGAGCGGAGAGGAGGGCCCTTCTGCTTGTTTCTCCGCTTTGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatactggacctcttggtctgtcttccaatttccctcggcatgttctgcttgtttttt---ttttcttgatctggccttccttgccggctttcttggcatcgcag

upper sequence: PP1S37_166V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA18G46940.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
GTCGGGTCGGGTTCCTGTTGTCTTTGTGTGCGTTTGTGTGTGTTTGTAGTGCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttttctg-ctct-tgaattggtggtgtgttctgcctctgcatgtttttatttatttatgtatttatt--tggtgcagagtagtttgggtggtctgtt---------
|       |       |          |  |                || |  | |||||| |||||||||||||| || ||||||||| |||||||  ||| | |  |||||  |||| | ||||  |      |||   || |   |   |    |   ||   | | | ||  || | | | ||  | |  ||  | | |          
GCTAAAGAGAAGAAAAGGCAAAGCAAGGGACCAACCAAAACACACACAGAGAAA-CATGTCTTCCCCAAGCAAGCGCCGAGAGATGGACTTGATGAAACTGttaatcctttctctctctctcaattcatcaaagtttcaatctttttgttaatggggtctcttccctttctgttcctgattctgggtcctctttgtcttttctcttccgtagg

upper sequence: PP1S37_166V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA07G07540.2 (Glycine max), 5'ss of exon 1
GTCGGGTCGGGTTCCTGTTGTCTTTGTGTGCGTTTGTGTGTGTTTGTAGTGCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgt-tttctgctcttgaattggtggtgtgttctgcctctgc-atgtttttatttatttatgtatttatttggtgcagagtagtttgggt----ggtctgtt-------------------------------
                     |        |        |       ||    | |||||| || |||||||||||||| ||||||||| |||||||  ||| | |      || ||  ||  ||  |  |   ||||   ||    |   || || || ||| | |  | ||| ||||   |  ||||||  |      |||| |                               
--------------------ACACAACACACACACAAAGGAAAAAACAGAAAAACCATGTCTTCTCCAAGCAAGCGGCGAGAGATGGACTTGATGAAACTGTTAATCCACCACTTCTTCTgttttccttttcccttctatttccattaaagttataatttttttttt-ctaattgggtgtcta--agtttgactcttgattctgattttgatgttagtttttttttttaattaatag

upper sequence: PP1S37_166V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA07G07540.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
GTCGGGTCGGGTTCCTGTTGTCTTTGTGTGCGTTTGTGTGTGTTTGTAGTGCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgt-tttctgctcttgaattggtggtgtgttctgcctctgc-atgtttttatttatttatgtatttatttggtgcagagtagtttgggt----ggtctgtt-------------------------------
          |     |    |        |        |       ||    | |||||| || |||||||||||||| ||||||||| |||||||  ||| | |      || ||  ||  ||  |  |   ||||   ||    |   || || || ||| | |  | ||| ||||   |  ||||||  |      |||| |                               
AAGTAACTAAGGAAAAGAAAACACAACACACACACAAAGGAAAAAACAGAAAAACCATGTCTTCTCCAAGCAAGCGGCGAGAGATGGACTTGATGAAACTgttaatccaccacttcttctgttttccttttcccttctatttccattaaagttataatttttttttt-ctaattgggtgtcta--agtttgactcttgattctgattttgatgttagtttttttttttaattaatag

upper sequence: PP1S37_166V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA09G39370.4 (Glycine max), 5'ss of exon 1
---GTCGGGTCGGGTTCCTGTTGTCTTTGTGTGCGTTTGTGTGTGTTTGTAGTGCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttttctgctcttgaattggtggtgtgttctgcctctgcatgtttttatttatttatgtatttatttggtgcagagtagtttgggtggtctgtt--------
   | |     ||      | |           |                |  |  || ||||| |||||||||||||| || ||||||||| |||||||  ||| | |  ||||| ||||  | |       || |          ||   |||| | || |   || | |   || | | | ||  | |  ||  | ||||        
CTTGCCAAA--GGAAAAAGGCTAAAGAGAAACCCACACACACACACACACACAGAAAT-ATGTCTTCCCCAAGCAAGCGCCGAGAGATGGACTTGATGAAACTgttaatcctttct-ctctcaattcatcaaagttt----------caatcttttttctaatggggtctcttcctgattctgggtcctctttgtcttttgttttccgtag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67573456|gb|BJ946280.1|BJ946280
EST:     GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTT                         GATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
genomic: GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttt ... gattgggtagGATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
EST: gi|18342258|gb|BJ174293.1|BJ174293
EST:     GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTT                         GATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
genomic: GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttt ... gattgggtagGATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
EST: gi|208369538|gb|DC936314.1|DC936314
EST:     GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTT                         GATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
genomic: GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttt ... gattgggtagGATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
EST: gi|100387725|gb|BY951725.1|BY951725
EST:     GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTT                         GATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
genomic: GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttt ... gattgggtagGATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
EST: gi|100387203|gb|BY970347.1|BY970347
EST:     GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTT                         GATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
genomic: GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttt ... gattgggtagGATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
EST: gi|22492750|gb|BU052673.1|BU052673
EST:     GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTT                         GATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
genomic: GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttt ... gattgggtagGATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
EST: gi|208400064|gb|DC908627.1|DC908627
EST:     GCCATCATGTCNTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTT                         GATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
genomic: GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttt ... gattgggtagGATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
EST: gi|100442957|gb|BY963452.1|BY963452
EST:     GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTT                         GATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
genomic: GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttt ... gattgggtagGATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
EST: gi|162201846|gb|FC377780.1|FC377780
EST:     GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTT                         GATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
genomic: GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttt ... gattgggtagGATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
EST: gi|18355815|gb|BJ187874.1|BJ187874
EST:     GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTT                         GATGATGAGTGACTAC
genomic: GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttt ... gattgggtagGATGATGAGTGACTAC
EST: gi|67696647|gb|BJ956880.1|BJ956880
EST:     GACGTGATGAAGNT                         GATGATGAGTGACTACCAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
genomic: GACGTGATGAAGTTgtaagtgttt ... gattgggtagGATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
EST: gi|162268532|gb|FC444405.1|FC444405
EST:     GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTT                         GATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
genomic: GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttt ... gattgggtagGATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
EST: gi|162261485|gb|FC438321.1|FC438321
EST:     GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTT                         GATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
genomic: GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttt ... gattgggtagGATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
EST: gi|67573262|gb|BJ946086.1|BJ946086
EST:     GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTT                         GATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
genomic: GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttt ... gattgggtagGATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
EST: gi|162274058|gb|FC450130.1|FC450130
EST:     GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTT                         GATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
genomic: GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttt ... gattgggtagGATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
EST: gi|208348460|gb|DC901951.1|DC901951
EST:     GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTT                         GATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
genomic: GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttt ... gattgggtagGATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
EST: gi|208374764|gb|DC948694.1|DC948694
EST:     GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTT                         GATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
genomic: GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttt ... gattgggtagGATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
EST: gi|208396037|gb|DC915797.1|DC915797
EST:     CAAGCGGC-GGAGATGGACGTGATGAAGTT                         GATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
genomic: CAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttt ... gattgggtagGATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
EST: gi|18370211|gb|BJ201813.1|BJ201813
EST:     GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTT                         GATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
genomic: GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttt ... gattgggtagGATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
EST: gi|208358398|gb|DC934563.1|DC934563
EST:     GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTT                         GATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
genomic: GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttt ... gattgggtagGATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
EST: gi|208399979|gb|DC905005.1|DC905005
EST:     GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTT                         GATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
genomic: GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttt ... gattgggtagGATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
EST: gi|162222561|gb|FC398712.1|FC398712
EST:     GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTT                         GATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
genomic: GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttt ... gattgggtagGATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
EST: gi|100377520|gb|BY986284.1|BY986284
EST:     GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTT                         GATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
genomic: GCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttt ... gattgggtagGATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT
EST: gi|208361846|gb|DC950118.1|DC950118
EST:     GACGTGATGAA-NT                         GATGATGAGTGACTNCAAGGTCGAGATNGTGAATGAT-GAATGAGCGAATT
genomic: GACGTGATGAAGTTgtaagtgttt ... gattgggtagGATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 34 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 56

GTCGGGTCGGGTTCCTGTTGTCTTTGTGTGCGTTTGTGTGTGTTTGTAGTGCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttt ... gattgggtagGATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATTCTATGTGGAGTTTCATGGACCGCGTGAGA




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTCGGGTCGGGTTCCTGTTGTCTTTGTGTGCGTTTGTGTGTGTTTGTAGTGCCATCATGTCGTCCCCAAGCAAGCGGCGGGAGATGGACGTGATGAAGTTgtaagtgttttctgctcttgaattggtggtgtgttctgcctctgcatgtttttatttatttatgtatttatttggtgcagagtagtttgggtggtctgtt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA