Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAAGGAAGCGGCCGTCCGCGAGGTCGCTAAGCTGTTGCCTCTCCCTGATTCGTTGGCTTCTGTGAACAGCATCAGATCTGACTACGCCTTGCGGCAACAGgtgccgtgaactttcgcaatgtgattggttgcatcttcgttgctgttggtatcgtttgttcaaatgaagtgagaaccgggattccaatagttttgagggt...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S35_276V6.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18354764|gb|BJ186822.1|BJ186822
EST:     CGTTGGCTTCTGTGAACAGCATCAGATCTGACTACGCCTTGCGGCAACAG                         CACAATGATGCTCAGCTCAGCAGCAGTGTCATGTCACAG
genomic: CGTTGGCTTCTGTGAACAGCATCAGATCTGACTACGCCTTGCGGCAACAGgtgccgtgaa ... ctctgtgcagCACAATGATGCTCAGCTCAGCAGCAGTGTCATGTCACAG
EST: gi|18342928|gb|BJ174964.1|BJ174964
EST:     CGTTGGCTTCTGTGAACAGCATCAGATCTGACTACGCCTTGCGGCAACAG                         CACAATGATGCTCAGCTCAGCAGCAGTGTCATGTCACAG
genomic: CGTTGGCTTCTGTGAACAGCATCAGATCTGACTACGCCTTGCGGCAACAGgtgccgtgaa ... ctctgtgcagCACAATGATGCTCAGCTCAGCAGCAGTGTCATGTCACAG