Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GACTTAGTTACTCGGCAGGGTGCTCGCTGCATATCATAATCCGCGGATCCCTCCGTGCGTTGCAAGGTGCCTTGCTGGGCTCTTCCGTCGTGTCCTCAAGgtgagtggcttggcgtcctaattctcattacactcgatagtgtacactctaacgagctgagcagcccagaattgtgcttctgaatgtgagtgtggtttgt...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S336_61V6.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67576357|gb|BJ949181.1|BJ949181
EST:     CTCCGTGCGTTGCAAGGTGCCTTGCTGGGCTCTTCCGTCGTGTCCTCAAG                         GTTTTGTAATGGGGAAGCCGAGCTCACCGAAGCTTGCCAGCTTGGACAATG
genomic: CTCCGTGCGTTGCAAGGTGCCTTGCTGGGCTCTTCCGTCGTGTCCTCAAGgtgagtggct ... tttgtgacagGTTTTGTAATGGGGAAGCCGAGCTCACCGAAGCTTGCCAGCTTGGACAATG
EST: gi|18359262|gb|BJ191322.1|BJ191322
EST:     CTCCGTGCGTTGCAAGGTGCCTTGCTGGGCTCTTCCGTCGTGTCCTCAAG                         GTTTTGTAATGGGGAAGCCGAGCTCACCGAAGCTTGCCAGCTTGGACAATG
genomic: CTCCGTGCGTTGCAAGGTGCCTTGCTGGGCTCTTCCGTCGTGTCCTCAAGgtgagtggct ... tttgtgacagGTTTTGTAATGGGGAAGCCGAGCTCACCGAAGCTTGCCAGCTTGGACAATG
EST: gi|18364050|gb|BJ196123.1|BJ196123
EST:     CTCCGTGCGTTGCAAGGTGCCTTGCTGGGCTCTTCCGTCGTGTCCTCAAG                         GTTTTGTAATGGGGAAGCCGAGCTCACCGAAGCTTGCCAGCTTGGACAATG
genomic: CTCCGTGCGTTGCAAGGTGCCTTGCTGGGCTCTTCCGTCGTGTCCTCAAGgtgagtggct ... tttgtgacagGTTTTGTAATGGGGAAGCCGAGCTCACCGAAGCTTGCCAGCTTGGACAATG
EST: gi|67508688|gb|BJ941549.1|BJ941549
EST:     CTCCGTGCGTTGCAAGGTGCCTTGCTGGGCTCTTCCGTCGTGTCCTCAAG                         GGTTTGTAATGGGGAAGCCGAGCTCACCGTAAGCTTGCCAGCTTGGACAAT
genomic: CTCCGTGCGTTGCAAGGTGCCTTGCTGGGCTCTTCCGTCGTGTCCTCAAGgtgagtggct ... tttgtgacagGTTTTGTAATGGGGAAGCCGAGCTCACCG-AAGCTTGCCAGCTTGGACAAT
EST: gi|18361602|gb|BJ193668.1|BJ193668
EST:     CTCCGTGCGTTGCAAGGTGCCTTGCTGGGCTCTTCCGTCGTGTCCTCAAG                         GTTTTGTAATGGGGAAGCCGAGCTCACCGAAGCTTGCCAGCTTGGACAATG
genomic: CTCCGTGCGTTGCAAGGTGCCTTGCTGGGCTCTTCCGTCGTGTCCTCAAGgtgagtggct ... tttgtgacagGTTTTGTAATGGGGAAGCCGAGCTCACCGAAGCTTGCCAGCTTGGACAATG
EST: gi|18364711|gb|BJ196784.1|BJ196784
EST:     CTCCGTGCGTTGCAAGGTGCCTTGCTGGGCTCTTCCGTCGTGTCCTCAAG                         GTTTTGTAATGGGGAAGCCGAGCTCACCGAAGCTTGCCAGCTTGGACAATG
genomic: CTCCGTGCGTTGCAAGGTGCCTTGCTGGGCTCTTCCGTCGTGTCCTCAAGgtgagtggct ... tttgtgacagGTTTTGTAATGGGGAAGCCGAGCTCACCGAAGCTTGCCAGCTTGGACAATG
EST: gi|18366102|gb|BJ198180.1|BJ198180
EST:     CTCCGTGCGTTGCAAGGTGCCTTGCTGGGCTCTTCCGTCGTGTCCTCAAG                         GTTTTGTAATGGGGAAGCCGAGCTCACCGAAGCTTGCCAGCTTGGACAGTG
genomic: CTCCGTGCGTTGCAAGGTGCCTTGCTGGGCTCTTCCGTCGTGTCCTCAAGgtgagtggct ... tttgtgacagGTTTTGTAATGGGGAAGCCGAGCTCACCGAAGCTTGCCAGCTTGGACAATG
EST: gi|18374170|gb|BJ205748.1|BJ205748
EST:     CTCCGTGCGTTGCAAGGTGCCTTGCTGGGCTCTTCCGTCGTGTCCTCAAG                         GTTTTGTAATGGGGAAGCCGAGCTCACCGAAGCTTGCCAGCTTGGACAATG
genomic: CTCCGTGCGTTGCAAGGTGCCTTGCTGGGCTCTTCCGTCGTGTCCTCAAGgtgagtggct ... tttgtgacagGTTTTGTAATGGGGAAGCCGAGCTCACCGAAGCTTGCCAGCTTGGACAATG
EST: gi|18368878|gb|BJ200963.1|BJ200963
EST:     CTCCGTGCGTTGCAAGGTGCCTTGCTGGGCTCTTCCGTCGTGTCCTCAAG                         GTTTTGTAATGGGGAAGCCGAGCTCACCGAAGCTTGCCAGCTTGGACAGTG
genomic: CTCCGTGCGTTGCAAGGTGCCTTGCTGGGCTCTTCCGTCGTGTCCTCAAGgtgagtggct ... tttgtgacagGTTTTGTAATGGGGAAGCCGAGCTCACCGAAGCTTGCCAGCTTGGACAATG
EST: gi|18373007|gb|BJ204609.1|BJ204609
EST:     CTCCGTGCGTTGCAAGGTGCCTTGCTGGGCTCTTCCGTCGTGTCCTCAAG                         GTTTTGTAATGGGGAAGCCGAGCTCACCGAAGCTTGCCAGCTTGGACAATG
genomic: CTCCGTGCGTTGCAAGGTGCCTTGCTGGGCTCTTCCGTCGTGTCCTCAAGgtgagtggct ... tttgtgacagGTTTTGTAATGGGGAAGCCGAGCTCACCGAAGCTTGCCAGCTTGGACAATG
EST: gi|18372446|gb|BJ204048.1|BJ204048
EST:     CTCCGTGCGTTGCAAGGTGCCTTGCTGGGCTCTTCCGTCGTGTCCTCAAG                         GTTTTGTAATGGGGAAGCCGAGCTCACCGAAGCTTGCCAGCTTGGACAGTG
genomic: CTCCGTGCGTTGCAAGGTGCCTTGCTGGGCTCTTCCGTCGTGTCCTCAAGgtgagtggct ... tttgtgacagGTTTTGTAATGGGGAAGCCGAGCTCACCGAAGCTTGCCAGCTTGGACAATG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 19 (upstream exon), 29 (downstream exon)
Score: 4

GACTTAGTTACTCGGCAGGGTGCTCGCTGCATATCATAATCCGCGGATCCCTCCGTGCGTTGCAAGGTGCCTTGCTGGGCTCTTCCGTCGTGTCCTCAAGgtgagtggct ... tttgtgacagGTTTTGTAATGGGGAAGCCGAGCTCACCGAAGCTTGCCAGCTTGGACAATGCAAGGAGGCGACGAATAACTTGGATTCTTGTTGTATTAGGTCTTTGCTG




<











<


<