Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCTGCTCTTGAGAGTCCCCTGGCTGGTGTTCAGTTTACAAATGATGAATTCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATGgtatgtcagagagtttccaatttcgtgtctcgcattggccgcattacttagtcgacttggttttttttttgtggataagtagctcggttcaattgtaaggtttgtttgttgatgtcgacctcgtctttgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S32_313V6.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19785989|gb|BQ040423.1|BQ040423
EST:     TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATG                         GTCAAGGGTGTTGTCTTTAATTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
genomic: TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATGgtatgtcaga ... gtctttgcagGTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
EST: gi|100361411|gb|BY965827.1|BY965827
EST:     TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATG                         GTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
genomic: TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATGgtatgtcaga ... gtctttgcagGTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
EST: gi|208364552|gb|DC930942.1|DC930942
EST:     TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATG                         GTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
genomic: TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATGgtatgtcaga ... gtctttgcagGTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
EST: gi|162189197|gb|FC366719.1|FC366719
EST:     TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATG                         GTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
genomic: TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATGgtatgtcaga ... gtctttgcagGTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
EST: gi|162156033|gb|FC332200.1|FC332200
EST:     TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATG                         GTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
genomic: TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATGgtatgtcaga ... gtctttgcagGTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
EST: gi|162174660|gb|FC351348.1|FC351348
EST:     TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATG                         GTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
genomic: TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATGgtatgtcaga ... gtctttgcagGTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
EST: gi|18327036|gb|BJ159037.1|BJ159037
EST:     TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATG                         GTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
genomic: TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATGgtatgtcaga ... gtctttgcagGTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
EST: gi|100426960|gb|BY977451.1|BY977451
EST:     TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATG                         GTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
genomic: TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATGgtatgtcaga ... gtctttgcagGTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
EST: gi|162167953|gb|FC344891.1|FC344891
EST:     TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATG                         GTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
genomic: TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATGgtatgtcaga ... gtctttgcagGTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
EST: gi|100433748|gb|BY960687.1|BY960687
EST:     TTGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATG                         GTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
genomic: TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATGgtatgtcaga ... gtctttgcagGTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
EST: gi|100398260|gb|BY972515.1|BY972515
EST:     TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATG                         GTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
genomic: TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATGgtatgtcaga ... gtctttgcagGTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
EST: gi|208380465|gb|DC914889.1|DC914889
EST:     TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATG                         GTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
genomic: TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATGgtatgtcaga ... gtctttgcagGTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
EST: gi|208365201|gb|DC931167.1|DC931167
EST:     TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATG                         GTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
genomic: TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATGgtatgtcaga ... gtctttgcagGTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
EST: gi|162263939|gb|FC439208.1|FC439208
EST:     TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATG                         GTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
genomic: TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATGgtatgtcaga ... gtctttgcagGTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
EST: gi|100384235|gb|BY969366.1|BY969366
EST:     TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATG                         GTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
genomic: TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATGgtatgtcaga ... gtctttgcagGTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
EST: gi|100387097|gb|BY951496.1|BY951496
EST:     TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATG                         GTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
genomic: TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATGgtatgtcaga ... gtctttgcagGTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
EST: gi|162172210|gb|FC348775.1|FC348775
EST:     TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATG                         GTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT
genomic: TCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATGgtatgtcaga ... gtctttgcagGTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 33 (upstream exon), 34 (downstream exon)
Score: 36

GGCTGCTCTTGAGAGTCCCCTGGCTGGTGTTCAGTTTACAAATGATGAATTCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATGgtatgtcaga ... gtctttgcagGTCAAGGGTGTTGTCTTTAAGTCGGACTACAATGGTGCTCTCATAGATATTGGGGCTAAGGCGCCAGCTTATTTGCCCATGGGAGAGGCTTGCATTCACA




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGCTGCTCTTGAGAGTCCCCTGGCTGGTGTTCAGTTTACAAATGATGAATTCGCCGATGCTCTTTCAAAGTATGACTTCAGCTTTGAAATTGGCGACATGgtatgtcagagagtttccaatttcgtgtctcgcattggccgcattacttagtcgacttggttttttttttgtggataagtagctcggttcaattgtaaggtttgtttgttgatgtcgacctcgtctttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TCAGCT