Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCATTGGGGCCATTCCTGACAATTCCATTCCGCAAGTTGACGTGGAGAAAATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtttttgatcgagagtcctaaagctcagagttcggttttggttgcgtctgtgtcctgagttccgtaggtttgtcatcgtgggcgtgaaggggaggttacgaaggtttgtgtctcttgacaatttttctgattgtagctgatgaattgccttacgttgtttgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S326_44V6.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100425789|gb|BY977121.1|BY977121
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100402410|gb|BY954822.1|BY954822
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100354396|gb|BY945851.1|BY945851
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100394729|gb|BY989898.1|BY989898
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|162255693|gb|FC432107.1|FC432107
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100399324|gb|BY954313.1|BY954313
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100450286|gb|CJ974187.1|CJ974187
EST:     ATGCCGTTGCTATCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100443116|gb|BY981742.1|BY981742
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100439424|gb|BY961926.1|BY961926
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100420399|gb|BY976005.1|BY976005
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100395913|gb|BY972190.1|BY972190
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|162270458|gb|FC447574.1|FC447574
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|18325759|gb|BJ157756.1|BJ157756
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|162250736|gb|FC426585.1|FC426585
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGGTGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|162174791|gb|FC352207.1|FC352207
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGGTGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|162197304|gb|FC372266.1|FC372266
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGGTGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|67572529|gb|BJ945353.1|BJ945353
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|67508373|gb|BJ941240.1|BJ941240
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100392017|gb|BY953182.1|BY953182
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100446477|gb|CJ970776.1|CJ970776
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100443502|gb|BY981929.1|BY981929
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|162168624|gb|FC343886.1|FC343886
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGGTGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100391094|gb|BY953104.1|BY953104
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|67570933|gb|BJ943757.1|BJ943757
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100445506|gb|CJ975655.1|CJ975655
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|162158211|gb|FC335254.1|FC335254
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGGTGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|162188772|gb|FC364058.1|FC364058
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGGTGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100354793|gb|BY983568.1|BY983568
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|162170784|gb|FC347398.1|FC347398
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGGTGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100443490|gb|BY981917.1|BY981917
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100393432|gb|BY953397.1|BY953397
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|162224237|gb|FC400120.1|FC400120
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGGTGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100374622|gb|BY985860.1|BY985860
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100388030|gb|BY988503.1|BY988503
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100447894|gb|CJ972193.1|CJ972193
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|208391257|gb|DC933518.1|DC933518
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100353222|gb|BY945667.1|BY945667
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|162183879|gb|FC360185.1|FC360185
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGGTGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|162224610|gb|FC400506.1|FC400506
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGGTGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100396845|gb|BY953856.1|BY953856
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100386444|gb|BY951240.1|BY951240
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100360174|gb|BY966057.1|BY966057
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|162226608|gb|FC403628.1|FC403628
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGGTGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|162180676|gb|FC357761.1|FC357761
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGGTGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|162160138|gb|FC336008.1|FC336008
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGGTGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100360770|gb|BY965892.1|BY965892
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100414190|gb|BY992655.1|BY992655
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|162275781|gb|FC451134.1|FC451134
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|208394286|gb|DC904106.1|DC904106
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACNGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100451521|gb|CJ974808.1|CJ974808
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100448536|gb|CJ972835.1|CJ972835
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|162178189|gb|FC354907.1|FC354907
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGGTGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|162155857|gb|FC332406.1|FC332406
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGGTGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100395422|gb|BY953703.1|BY953703
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100352678|gb|BY945392.1|BY945392
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
EST: gi|100387214|gb|BY970358.1|BY970358
EST:     ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAG                         AGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA
genomic: ATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 34 (upstream exon), 32 (downstream exon)
Score: 24

GCATTGGGGCCATTCCTGACAATTCCATTCCGCAAGTTGACGTGGAGAAAATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtt ... ttgtttgcagAGTTGTGCTAGCTCCGCTTACCAGGTGCCGGTCATACGGATGTGTGCCGCAGCCCTCCCATGCGGCACTGTATTATGCGCAGCGCACCACACCTGGCGGA




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCATTGGGGCCATTCCTGACAATTCCATTCCGCAAGTTGACGTGGAGAAAATGCCGTTGCTGTCGCCTTACCAGCTCGGTCCATTCAAGCTGTCGCACAGgtttgtggtttttgatcgagagtcctaaagctcagagttcggttttggttgcgtctgtgtcctgagttccgtaggtttgtcatcgtgggcgtgaaggggaggttacgaaggtttgtgtctcttgacaatttttctgattgtagctgatgaattgccttacgttgtttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG