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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTTTGCTCCAACAAGGTCTTGGACTTGTGACAGTCTTTGAGACGTTGGGACTGGGAACATCGTTAATGTCTACTTAATTATTTGTTTATGCTTTCCATGgtaagtctaaatttttggattctgtttgcttcaggttggcagtaatggtctgtcagttgtggaattgtactggttatcacatggatttgtcgacttattctgccctgccctgttttcggtaacctacgttcacctgcttgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S2_377V6.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208384863|gb|DC907476.1|DC907476
EST:     ACTGGGAACATCGTTAATGTCTACTTAATTATTTGTTTATGCTTTCCATG                         ATTTCTGTTCTTAATGTGGTTGATAACTCGCGGAATCTGAGACTCTTCGAG
genomic: ACTGGGAACATCGTTAATGTCTACTTAATTATTTGTTTATGCTTTCCATGgtaagtctaa ... ctgcttgcagATTTCTGTTCTTAATGTGGTTGATAACTCGCGGAATCTGAGACTCTTCGAG
EST: gi|18371871|gb|BJ203473.1|BJ203473
EST:     ACTGGGAACATCGTTAATGTCTACTTAATTATTTGTTTATGCTTTCCATG                         ATTTCTGTTCTTAATGTGGTTGATAACTCGCGGAATCTGAGACTCTTCGAG
genomic: ACTGGGAACATCGTTAATGTCTACTTAATTATTTGTTTATGCTTTCCATGgtaagtctaa ... ctgcttgcagATTTCTGTTCTTAATGTGGTTGATAACTCGCGGAATCTGAGACTCTTCGAG
EST: gi|162255178|gb|FC431488.1|FC431488
EST:     ACTGGGAACATCGTTAATGTCTACTTAATTATTTGTTTATGCTTTCCATG                         ATTTCTGTTCTTAATGTGGTTGATAACTCGCGGAATCTGAGACTCTTCGAG
genomic: ACTGGGAACATCGTTAATGTCTACTTAATTATTTGTTTATGCTTTCCATGgtaagtctaa ... ctgcttgcagATTTCTGTTCTTAATGTGGTTGATAACTCGCGGAATCTGAGACTCTTCGAG
EST: gi|18373321|gb|BJ204915.1|BJ204915
EST:     ACTGGGAACATCGTTAATGTCTACTTAATTATTTGTTTATGCTTTCCATG                         ATTTCTGTTCTTAATGTGGTTGATAACTCGCGGAATCTGAGACTCTTCGAG
genomic: ACTGGGAACATCGTTAATGTCTACTTAATTATTTGTTTATGCTTTCCATGgtaagtctaa ... ctgcttgcagATTTCTGTTCTTAATGTGGTTGATAACTCGCGGAATCTGAGACTCTTCGAG
EST: gi|100427783|gb|BY977671.1|BY977671
EST:     ACTGGGAACATCGTTAATGTCTACTTAATTATTTGTTTATGCTTTCCATG                         ATTTCTGTTCTTAATGTGGTTGATAACTCGCGGAATCTGAGACTCTTCGAG
genomic: ACTGGGAACATCGTTAATGTCTACTTAATTATTTGTTTATGCTTTCCATGgtaagtctaa ... ctgcttgcagATTTCTGTTCTTAATGTGGTTGATAACTCGCGGAATCTGAGACTCTTCGAG
EST: gi|18366627|gb|BJ198706.1|BJ198706
EST:     ACTGGGAACATCGTTAATGTCTACTTAATTATTTGTTTATGCTTTCCATG                         ATTTCTGTTCTTAATGTGGTTGATAACTCGCGGAATCTGAGACTCTTCGAG
genomic: ACTGGGAACATCGTTAATGTCTACTTAATTATTTGTTTATGCTTTCCATGgtaagtctaa ... ctgcttgcagATTTCTGTTCTTAATGTGGTTGATAACTCGCGGAATCTGAGACTCTTCGAG
EST: gi|18369315|gb|BJ201401.1|BJ201401
EST:     ACTGGGAACATCGTTAATGTCTACTTAATTATTTGTTTATGCTTTCCATG                         ATTTCTGTTCTTAATGTGGTTGATAACTCGCGGAATCTGANACTCTTCGAG
genomic: ACTGGGAACATCGTTAATGTCTACTTAATTATTTGTTTATGCTTTCCATGgtaagtctaa ... ctgcttgcagATTTCTGTTCTTAATGTGGTTGATAACTCGCGGAATCTGAGACTCTTCGAG