Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGCTCCAGCTCGTGGTGTCCTGTGCCGCTCTTGTTTTTCTGAATCGCGGCGTTATGTGACGGATGCGAAGGTCCACGGCACGGGTTTTCTGACGGAGAGgtattctttctttgtaactgctgtcgatcgcttatttgaattggatgcattcggtgagagtggataattatctatgttttcatgctcttgcggagagtga...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S224_84V6.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18331301|gb|BJ163310.1|BJ163310
EST:     CGTTATGTGACGGATGCGAAGGTCCACGGCACGGGTTTTCTGACGGAGAG                         GGTTTGGGATGCAGTAATTGTGGGTGGAGGTCACAATGGCCTTACAGCAGC
genomic: CGTTATGTGACGGATGCGAAGGTCCACGGCACGGGTTTTCTGACGGAGAGgtattctttc ... tctctgctagGGTTTGGGATGCAGTAATTGTGGGTGGAGGTCACAATGGCCTTACAGCAGC
EST: gi|100353311|gb|BY964742.1|BY964742
EST:     CGTTATGTGACGGATGCGAAGATCCACGGCACGGGTTTTCTGACGGAGAG                         GGTTTGGGATGCAGTAATTGTGGGTGGAGGTCACAATGGCCTTACAGCAGC
genomic: CGTTATGTGACGGATGCGAAGGTCCACGGCACGGGTTTTCTGACGGAGAGgtattctttc ... tctctgctagGGTTTGGGATGCAGTAATTGTGGGTGGAGGTCACAATGGCCTTACAGCAGC
EST: gi|208385189|gb|DC911407.1|DC911407
EST:     CGTTATGTGACGGATGCGAAGGTCCACGGCACGGGTTTTCTGACGGAGAG                         GGTTTGGGATGCAGTAATTGTGGGTGGAGGTCACAATGGCCTTACAGCAGC
genomic: CGTTATGTGACGGATGCGAAGGTCCACGGCACGGGTTTTCTGACGGAGAGgtattctttc ... tctctgctagGGTTTGGGATGCAGTAATTGTGGGTGGAGGTCACAATGGCCTTACAGCAGC
EST: gi|18364827|gb|BJ196900.1|BJ196900
EST:     CGTTATGTGACGGATGCGAAGGTCCACGGCACGGGTTTTCTGACGGAGAG                         GGTTTGGGATGCAGTAATTGTGGGTGGAGGTCACAATGGCCTTACAGCAGC
genomic: CGTTATGTGACGGATGCGAAGGTCCACGGCACGGGTTTTCTGACGGAGAGgtattctttc ... tctctgctagGGTTTGGGATGCAGTAATTGTGGGTGGAGGTCACAATGGCCTTACAGCAGC
EST: gi|18371663|gb|BJ203265.1|BJ203265
EST:     CGTTATGTGACGGATGCGAAGGTCCACGGCACGGGTTTTCTGACGGAGAG                         GGTTTGGGATGCAGTAATTGTGGGTGGAGGTCACAATGGCCTTACAGCAGC
genomic: CGTTATGTGACGGATGCGAAGGTCCACGGCACGGGTTTTCTGACGGAGAGgtattctttc ... tctctgctagGGTTTGGGATGCAGTAATTGTGGGTGGAGGTCACAATGGCCTTACAGCAGC
EST: gi|18366095|gb|BJ198173.1|BJ198173
EST:     CGTTATGTGACGGATGCGAAGGTCCACGGCACGGGTTTTCTGACGGAGAG                         GGTTTGGGATGCAGTAATTGTGGGTTGGAGGTCACAATGGCCTTACAGCAG
genomic: CGTTATGTGACGGATGCGAAGGTCCACGGCACGGGTTTTCTGACGGAGAGgtattctttc ... tctctgctagGGTTTGGGATGCAGTAATTGTGGGT-GGAGGTCACAATGGCCTTACAGCAG