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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GACTTCCCTCCAGTTCTCACATTCAAACCTCCAGTTCTTCTTTCAATTCTCGCAGCTTCTCTTCACTGCTTCCGCGCTGCGACGCGTGgtaatgctctgattctgcctcattgttgctctcctctcactctgtaatcgctctgttccgattctgtggcctgttcggtgctgcattgctggtgcaagcg...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S218_19V6.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18371694|gb|BJ203296.1|BJ203296
EST:     TCTTTCAATTCTCGCAGCTTCTCTTCACTGCTTCCGCGCTGCGACGCGTG                         GTTTGGTGGTTCGTGGTTGGTGACACAAGTCTTGGATTTGGTGGCTTCTTC
genomic: TCTTTCAATTCTCGCAGCTTCTCTTCACTGCTTCCGCGCTGCGACGCGTGgtaatgctct ... ttttgagcagGTTTGGTGGTTCGTGGTTGGTGACACAAGTCTTGGATTTGGTGGCTTCTTC
EST: gi|18355808|gb|BJ187867.1|BJ187867
EST:     TCTTTCAATTCTCGCAGCTTCTCTTCACTGCTTCCGCGCTGCGACGCGTG                         GTTTGGTGGTTCGTGGTTGGTGACACAAGTCTTGGATTTGGTGGCTTCTTC
genomic: TCTTTCAATTCTCGCAGCTTCTCTTCACTGCTTCCGCGCTGCGACGCGTGgtaatgctct ... ttttgagcagGTTTGGTGGTTCGTGGTTGGTGACACAAGTCTTGGATTTGGTGGCTTCTTC
EST: gi|18361267|gb|BJ193332.1|BJ193332
EST:     TCTTTCAATTCTCGCAGCTTCTCTTCACTGCTTCCGCGCTGCGACGCGTG                         GTTTGGTGGTTCGTGGTTGGTGACACAAGTCTTGGATTTGGTGGCTTCTTC
genomic: TCTTTCAATTCTCGCAGCTTCTCTTCACTGCTTCCGCGCTGCGACGCGTGgtaatgctct ... ttttgagcagGTTTGGTGGTTCGTGGTTGGTGACACAAGTCTTGGATTTGGTGGCTTCTTC
EST: gi|18355950|gb|BJ188009.1|BJ188009
EST:     TCTTTCAATTCTCGCAGCTTCTCTTCACTGCTTCCGCGCTGCGACGCGTG                         GTTTGGTGGTTCGTGGTTGGTGACACAAGTCTTGGATTTGGTGGCTTCTTC
genomic: TCTTTCAATTCTCGCAGCTTCTCTTCACTGCTTCCGCGCTGCGACGCGTGgtaatgctct ... ttttgagcagGTTTGGTGGTTCGTGGTTGGTGACACAAGTCTTGGATTTGGTGGCTTCTTC
EST: gi|18346122|gb|BJ178165.1|BJ178165
EST:     ACTGCTTCCGCGCTGCGACGCGTG                         GTTTGGTGGTTCGTGGTTGGTGACACAAGTCTTGGATTTGGTGGCTTCTTC
genomic: ACTGCTTCCGCGCTGCGACGCGTGgtaatgctct ... ttttgagcagGTTTGGTGGTTCGTGGTTGGTGACACAAGTCTTGGATTTGGTGGCTTCTTC
EST: gi|18346188|gb|BJ178231.1|BJ178231
EST:     TCTTTCAATTCTCGCAGCTTCTCTTCACTGCTTCCGCGCTGCGACGCGTG                         GTTTGGTGGTTCGTGGTTGGTGACACAAGTCTTGGATTTGGTGGCTTCTTC
genomic: TCTTTCAATTCTCGCAGCTTCTCTTCACTGCTTCCGCGCTGCGACGCGTGgtaatgctct ... ttttgagcagGTTTGGTGGTTCGTGGTTGGTGACACAAGTCTTGGATTTGGTGGCTTCTTC
EST: gi|18343706|gb|BJ175744.1|BJ175744
EST:     TCTTTCAATTCTCGCAGCTTCTCTTCACTGCTTCCGCGCTGCGACGCGTG                         GTTTGGTGGTTCGTGGTTGGTGACACAAGTCTTGGATTTGGTGGCTTCTTC
genomic: TCTTTCAATTCTCGCAGCTTCTCTTCACTGCTTCCGCGCTGCGACGCGTGgtaatgctct ... ttttgagcagGTTTGGTGGTTCGTGGTTGGTGACACAAGTCTTGGATTTGGTGGCTTCTTC
EST: gi|18350093|gb|BJ182144.1|BJ182144
EST:     TCTTTCAATTCTCGCAGCTTCTCTTCACTGCTTCCGCGCTGCGACGCGTG                         GTTTGGTGGTTCGTGGTTGGTGACACAAGTCTTGGATTTGGTGGCTTCTTC
genomic: TCTTTCAATTCTCGCAGCTTCTCTTCACTGCTTCCGCGCTGCGACGCGTGgtaatgctct ... ttttgagcagGTTTGGTGGTTCGTGGTTGGTGACACAAGTCTTGGATTTGGTGGCTTCTTC
EST: gi|18367433|gb|BJ199516.1|BJ199516
EST:     TCTTTCAATTCTCGCAGCTTCTCTTCACTGCTTCCGCGCTGCGACGCGTG                         GTTTGGTGGTTCGTGGTTGGTGACACAAGTCTTGGATTTGGTGGCTTCTTC
genomic: TCTTTCAATTCTCGCAGCTTCTCTTCACTGCTTCCGCGCTGCGACGCGTGgtaatgctct ... ttttgagcagGTTTGGTGGTTCGTGGTTGGTGACACAAGTCTTGGATTTGGTGGCTTCTTC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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GACTTCCCTCCAGTTCTCACATTCAAACCTCCAGTTCTTCTTTCAATTCTCGCAGCTTCTCTTCACTGCTTCCGCGCTGCGACGCGTGgtaatgctctgattctgcctcattgttgctctcctctcactctgtaatcgctctgttccgattctgtggcctgttcggtgctgcattgctggtgcaagcg

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