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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCAGTATCCATATAGGTCAGGCCGGCATTCAGGTCGGAAATGCCTGCTGGGAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggtttgggcgtgggatggagatgcctgcgttttcgtcattttcggtggttttggtcttgttgctttcggagcagggaccgcggaggagaatgc...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S215_51V6.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S215_51V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G051782_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
TCAGTATCCATATAGGTCAGGCCGGCATTCAGGTCGGAAATGCCTGCTGGGAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggtttgggcgtgggatggagatgcctgcgttttcgtcattttcggtggttttggtcttgttgctttcggagcagggaccgcggaggagaatgc-----
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TCAGCATCCATATCGGGCAGGCAGGCATCCAGGTAGGGAATTCTTGCTGGGAGCTCTACTGCCTCGAGCACGGTATCCAGCCTGACGGCCTCATGCCCAGgtgaggcccctt-----tccattccaactcatcctttccttgagaattatgtcagattttgttctgtacttctctctgagatgattattccagttccagctcaga

upper sequence: PP1S215_51V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 1
lower sequence: EFJ23680 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 1
TCAGTATCCATATAGGTCAGGCCGGCATTCAGGTCGGAAATGCCTGCTGGGAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggtttgggcgtgggatggagatgcctgcgttttcgtcattttcggtggttttggtcttgttgctttcggagcagggaccgcggaggagaatgc
      | ||  | || ||||| || || ||| | || ||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||  ||||    | || |  |  ||   ||  | |||||   | ||    || |  |  ||    ||| |   |   |    ||| |  ||| | |                        
------TACACGTCGGGCAGGCAGGAATCCAGCTAGGGAATTCGTGCTGGGAGCTCTTCTGCCTGGAGCACGGCATCCAACCGAATGG--AAAGGCGATCGATCGCAAgtaagcgcgtgtcttagat-cccccgattgctcaaagtttccctcgaaatcttccttct--cttccag------------------------

upper sequence: PP1S215_51V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 1
lower sequence: EFJ09935 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 1
TCAGTATCCATATAGGTCAGGCCGGCATTCAGGTCGGAAATGCCTGCTGGGAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggtttgggcgtgggatggagatgcctgcgttttcgtcattttcggtggttttggtcttgttgctttcggagcagggaccgcggaggagaatgc
      | ||  | || ||||| || || ||| | || ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||    | || |  |  ||   ||    ||| | |    |    || |  |  ||    ||  |   |   |    ||| |  ||| | |                        
------TACACGTCGGGCAGGCAGGAATCCAGCTAGGGAATTCGTGCTGGGAGCTCTTCTGCCTGGAGCACGGCATTCAACCCAATGG--AAAGGCGATCGATCGCAAgt--aagcgcgtgtcttaatcccccgattgctcaaagttcccctcgaaatcttccttct--cttccag------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100371303|gb|BY986037.1|BY986037
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|162181205|gb|FC357325.1|FC357325
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|67703174|gb|BJ963407.1|BJ963407
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|100446794|gb|CJ971093.1|CJ971093
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|18364537|gb|BJ196610.1|BJ196610
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|18362580|gb|BJ194651.1|BJ194651
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|162186522|gb|FC363286.1|FC363286
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|67703148|gb|BJ963381.1|BJ963381
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|100448250|gb|CJ972549.1|CJ972549
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|100444389|gb|BY982418.1|BY982418
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|67718619|gb|BJ968878.1|BJ968878
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|162177826|gb|FC355076.1|FC355076
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|208400231|gb|DC908892.1|DC908892
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|18329620|gb|BJ161626.1|BJ161626
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|18373155|gb|BJ204757.1|BJ204757
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|67703466|gb|BJ963699.1|BJ963699
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTT
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTT
EST: gi|100434009|gb|BY978921.1|BY978921
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|18358383|gb|BJ190442.1|BJ190442
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|162158347|gb|FC334766.1|FC334766
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|67703572|gb|BJ963805.1|BJ963805
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|67702269|gb|BJ962502.1|BJ962502
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|18365661|gb|BJ197738.1|BJ197738
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|67716584|gb|BJ966844.1|BJ966844
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|100415386|gb|BY975290.1|BY975290
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|100427750|gb|BY977654.1|BY977654
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCATGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|100414519|gb|BY992812.1|BY992812
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|100405010|gb|BY991394.1|BY991394
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|100445558|gb|CJ975707.1|CJ975707
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|208348611|gb|DC913269.1|DC913269
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|100425228|gb|BY977037.1|BY977037
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|100373982|gb|BY967887.1|BY967887
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|18359300|gb|BJ191360.1|BJ191360
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|67701777|gb|BJ962010.1|BJ962010
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|100434001|gb|BY978917.1|BY978917
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|18358804|gb|BJ190863.1|BJ190863
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|100413249|gb|BY956580.1|BY956580
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|100400147|gb|BY990802.1|BY990802
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|100405307|gb|BY955460.1|BY955460
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
EST: gi|100388868|gb|BY988744.1|BY988744
EST:     GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAG                         CGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
genomic: GAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggt ... aattttgcagCGACACTACAGTGGGAGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGA
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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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TCAGTATCCATATAGGTCAGGCCGGCATTCAGGTCGGAAATGCCTGCTGGGAGCTCTACTGCCTGGAGCACGGCATTCAGCCCGATGGTCGCATGCCAAGgtacgtcggtttgggcgtgggatggagatgcctgcgttttcgtcattttcggtggttttggtcttgttgctttcggagcagggaccgcggaggagaatgc

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