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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTTAATGCTTCCTTCGTACTCGCCTCTGCTGCTCCACCGCTCTTTGATTCTTCTCGCCGTTTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAGgttgggtaattgaccctctgcgcagtctctcatgtgtgctttcttttaggaggtatggggttggggtggtgccagaattgggtagcgcatggactcgtgt...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S209_114V6.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162262384|gb|FC437711.1|FC437711
EST:     CTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAG                         GTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTGGTGTTGGGGAAGTTTTGAAGGTAT
genomic: CTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAGgttgggtaat ... gtttgatcagGTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTGGTGTTGGGGAAGTTTTGAAGGTAT
EST: gi|162264864|gb|FC440639.1|FC440639
EST:     CTTCTCGCCGTTTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAG                         GTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTGGTGTTGGGGAAGTTTTGAAGGTAT
genomic: CTTCTCGCCGTTTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAGgttgggtaat ... gtttgatcagGTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTGGTGTTGGGGAAGTTTTGAAGGTAT
EST: gi|162215670|gb|FC391710.1|FC391710
EST:     CTTCTCGCCGTTTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAG                         GTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTAGTGTTGGGGTTAGAGTTGAAGGTA
genomic: CTTCTCGCCGTTTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAGgttgggtaat ... gtttgatcagGTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTGGTGTTGGGG-AAGTTTTGAAGGTA
EST: gi|162270438|gb|FC447554.1|FC447554
EST:     CTGGTTTCCGCCTCAG                         GTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTGGTGTTGGGGAAGTTTTGAAGGTAT
genomic: CTGGTTTCCGCCTCAGgttgggtaat ... gtttgatcagGTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTGGTGTTGGGGAAGTTTTGAAGGTAT
EST: gi|162246388|gb|FC422420.1|FC422420
EST:     CTTCTCGCCGTTTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAG                         GTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTAGTGTTGGGGTTAGAGTTGAAGGTA
genomic: CTTCTCGCCGTTTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAGgttgggtaat ... gtttgatcagGTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTGGTGTTGGGG-AAGTTTTGAAGGTA
EST: gi|162238593|gb|FC418163.1|FC418163
EST:     GTTTCCGCCTCAG                         GTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTAGTGTTGGGGTTAGAGTTGAAGGTA
genomic: GTTTCCGCCTCAGgttgggtaat ... gtttgatcagGTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTGGTGTTGGGG-AAGTTTTGAAGGTA
EST: gi|162238594|gb|FC418164.1|FC418164
EST:     CTTCTCGCCGTTTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAG                         GTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTAGTGTTGGGGTTAGAGTTGAAGGTA
genomic: CTTCTCGCCGTTTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAGgttgggtaat ... gtttgatcagGTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTGGTGTTGGGG-AAGTTTTGAAGGTA
EST: gi|67575443|gb|BJ948267.1|BJ948267
EST:     CTTCTCGCCGTTTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAG                         GTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTGGTGTTGGGGAAGTTTTGAAGGTAT
genomic: CTTCTCGCCGTTTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAGgttgggtaat ... gtttgatcagGTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTGGTGTTGGGGAAGTTTTGAAGGTAT
EST: gi|162233638|gb|FC409397.1|FC409397
EST:     CTTCTCGCCGTTTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAG                         GTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTAGTGTTGGGGTTAGAGTTGAAGGTA
genomic: CTTCTCGCCGTTTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAGgttgggtaat ... gtttgatcagGTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTGGTGTTGGGG-AAGTTTTGAAGGTA
EST: gi|67698910|gb|BJ959143.1|BJ959143
EST:     CTTCTCGCCG-TTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAG                         GTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTGGTGTTGGGGAAGTTTTGAAGGTAT
genomic: CTTCTCGCCGTTTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAGgttgggtaat ... gtttgatcagGTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTGGTGTTGGGGAAGTTTTGAAGGTAT
EST: gi|162200692|gb|FC377875.1|FC377875
EST:     CGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAG                         GTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTAGTGTTGGGGTTAGAGTTGAAGGTA
genomic: CGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAGgttgggtaat ... gtttgatcagGTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTGGTGTTGGGG-AAGTTTTGAAGGTA
EST: gi|162200693|gb|FC377876.1|FC377876
EST:     CTCGCCGTTTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAG                         GTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTAGTGTTGGGGTTAGAGTTGAAGGTA
genomic: CTCGCCGTTTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAGgttgggtaat ... gtttgatcagGTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTGGTGTTGGGG-AAGTTTTGAAGGTA
EST: gi|100416767|gb|BY993077.1|BY993077
EST:     CTTCTCGCCGTTTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAG                         GTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTGGTGTTGGGGAAGTTTTGAAGGTAT
genomic: CTTCTCGCCGTTTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAGgttgggtaat ... gtttgatcagGTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTGGTGTTGGGGAAGTTTTGAAGGTAT
EST: gi|6102504|gb|AW126974.1|AW126974
EST:     CTTCTCGCCGTTTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAG                         GTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTGGTGTTGGGGAAGTTTTGAAGGTAT
genomic: CTTCTCGCCGTTTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAGgttgggtaat ... gtttgatcagGTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTGGTGTTGGGGAAGTTTTGAAGGTAT
EST: gi|162215669|gb|FC391709.1|FC391709
EST:     CGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAG                         GTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTAGTGTTGGGGTTAGAGTTGAAGGTA
genomic: CGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAGgttgggtaat ... gtttgatcagGTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTGGTGTTGGGG-AAGTTTTGAAGGTA
EST: gi|18350954|gb|BJ183005.1|BJ183005
EST:     CTTCTCGCCGTTTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAG                         GTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTGGTGTTGGGGAAGTTTTGAAGGTAT
genomic: CTTCTCGCCGTTTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAGgttgggtaat ... gtttgatcagGTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTGGTGTTGGGGAAGTTTTGAAGGTAT
EST: gi|162225362|gb|FC401166.1|FC401166
EST:     CTTCTCGCCGTTTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAG                         GTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTAGTGTTGGGGTTAGAGTTGAAGGTA
genomic: CTTCTCGCCGTTTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAGgttgggtaat ... gtttgatcagGTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTGGTGTTGGGG-AAGTTTTGAAGGTA
EST: gi|100386838|gb|BY988107.1|BY988107
EST:     CTTCTCGCCGTTTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAG                         GTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTGGTGTTGGGGAAGTTTTGAAGGTAT
genomic: CTTCTCGCCGTTTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAGgttgggtaat ... gtttgatcagGTGGGTAGCGGTGTAAAGGCGATCGTGGTGTTGGGGAAGTTTTGAAGGTAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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TTTTAATGCTTCCTTCGTACTCGCCTCTGCTGCTCCACCGCTCTTTGATTCTTCTCGCCGTTTGTCTCATCGTCTTCGCTGCTGCTGGTTTCCGCCTCAGgttgggtaattgaccctctgcgcagtctctcatgtgtgctttcttttaggaggtatggggttggggtggtgccagaattgggtagcgcatggactcgtgt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT