Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATTACAACCGTGTCGCTAAGGACACCCGTAAGCGCGTACTGGGTGTGCTCCTGGGATCCACCTTCCGCGGGCGTGTTGATATCACCAACAGCTATGCAGgtgagctggagtggatcatagcgctcttggatatgtaacttgagtatttgcatcggcgattggttgtgtgatggttgtgttcgcggtgattgatttcgtc...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S197_115V6.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162212343|gb|FC388071.1|FC388071
EST:     CCTGGGATCCACCTTCCGCGGGCGTGTTGATATCACCAACAGCTATGCAG                         TGCCCTTTGAGGAAGATGACAAGGATGCCAGCATATGGTTCTTGGACCACA
genomic: CCTGGGATCCACCTTCCGCGGGCGTGTTGATATCACCAACAGCTATGCAGgtgagctgga ... gattttttagTGCCCTTTGAGGAAGATGACAAGGATGCCAGCATATGGTTCTTGGACCACA
EST: gi|100442139|gb|BY963032.1|BY963032
EST:     CCTGGGATCCACCTTCCGCGGGCGTGTTGATATCACCAACAGCTATGCAG                         TGCCCTTTGAGGAAGATGACAAGGATGCCAGCATATGGTTCTTGGACCACA
genomic: CCTGGGATCCACCTTCCGCGGGCGTGTTGATATCACCAACAGCTATGCAGgtgagctgga ... gattttttagTGCCCTTTGAGGAAGATGACAAGGATGCCAGCATATGGTTCTTGGACCACA
EST: gi|18346971|gb|BJ179017.1|BJ179017
EST:     CCTGGGATCCACCTTCCGCGGGCGTGTTGATATCACCAACAGCTATGCAG                         TGCCCTTTGAGGAAGATGACAAGGATGCCAGCATATGGTTCTTGGACCACA
genomic: CCTGGGATCCACCTTCCGCGGGCGTGTTGATATCACCAACAGCTATGCAGgtgagctgga ... gattttttagTGCCCTTTGAGGAAGATGACAAGGATGCCAGCATATGGTTCTTGGACCACA
EST: gi|208391154|gb|DC942066.1|DC942066
EST:     CCTGGGATCCACCTTCCGCGGGCGTGTTGATATCACCAACAGCTATGCAG                         TGCCCTTTGAGGAAGATGACAAGGATGCCAGCATATGGTTCTTGGACCACA
genomic: CCTGGGATCCACCTTCCGCGGGCGTGTTGATATCACCAACAGCTATGCAGgtgagctgga ... gattttttagTGCCCTTTGAGGAAGATGACAAGGATGCCAGCATATGGTTCTTGGACCACA
EST: gi|100398742|gb|BY990493.1|BY990493
EST:     CCTGGGATCCACCTTCCGCGGGCGTGTTGATATCACCAACAGCTATGCAG                         TGCCCTTTGAGGAAGATGACAAGGATGCCAGCATATGGTTCTTGGACCACA
genomic: CCTGGGATCCACCTTCCGCGGGCGTGTTGATATCACCAACAGCTATGCAGgtgagctgga ... gattttttagTGCCCTTTGAGGAAGATGACAAGGATGCCAGCATATGGTTCTTGGACCACA
EST: gi|100426796|gb|BY977367.1|BY977367
EST:     CCTGGGATCCACCTTCCGCGGGCGTGTTGATATCACCAACAGCTATGCAG                         TGCCCTTTGAGGAAGATGACAAGGATGCCAGCATATGGTTCTTGGACCACA
genomic: CCTGGGATCCACCTTCCGCGGGCGTGTTGATATCACCAACAGCTATGCAGgtgagctgga ... gattttttagTGCCCTTTGAGGAAGATGACAAGGATGCCAGCATATGGTTCTTGGACCACA
EST: gi|100362914|gb|BY947592.1|BY947592
EST:     CCTGGGATCCACCTTCCGCGGGCGTGTTGATATCACCAACAGCTATGCAG                         TGCCCTTTGAGGAAGATGACAAGGATGCCAGCATATGGTTCTTGGACCACA
genomic: CCTGGGATCCACCTTCCGCGGGCGTGTTGATATCACCAACAGCTATGCAGgtgagctgga ... gattttttagTGCCCTTTGAGGAAGATGACAAGGATGCCAGCATATGGTTCTTGGACCACA
EST: gi|100387742|gb|BY951742.1|BY951742
EST:     CCTGGGATCCACCTTCCGCGGGCGTGTTGATATCACCAACAGCTATGCAG                         TGCCCTTTGAGGAAGATGACAAGGATGCCAGCATATGGTTCTTGGACCACA
genomic: CCTGGGATCCACCTTCCGCGGGCGTGTTGATATCACCAACAGCTATGCAGgtgagctgga ... gattttttagTGCCCTTTGAGGAAGATGACAAGGATGCCAGCATATGGTTCTTGGACCACA
EST: gi|100381366|gb|BY950092.1|BY950092
EST:     CCTGGGATCCACCTTCCGCGGGCGTGTTGATATCACCAACAGCTATGCAG                         TGCCCTTTGAGGAAGATGACAAGGATGCCAGCATATGGTTCTTGGACCACA
genomic: CCTGGGATCCACCTTCCGCGGGCGTGTTGATATCACCAACAGCTATGCAGgtgagctgga ... gattttttagTGCCCTTTGAGGAAGATGACAAGGATGCCAGCATATGGTTCTTGGACCACA
EST: gi|208361519|gb|DC942804.1|DC942804
EST:     CCTGGGATCCACCTTCCGCGGGCGTGTTGATATCACCAACAGCTATGCAG                         TGCCCTTTGAGGAAGATGACAAGGATGCCAGCATATGGTTCTTGGACCACA
genomic: CCTGGGATCCACCTTCCGCGGGCGTGTTGATATCACCAACAGCTATGCAGgtgagctgga ... gattttttagTGCCCTTTGAGGAAGATGACAAGGATGCCAGCATATGGTTCTTGGACCACA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 24 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 4

AATTACAACCGTGTCGCTAAGGACACCCGTAAGCGCGTACTGGGTGTGCTCCTGGGATCCACCTTCCGCGGGCGTGTTGATATCACCAACAGCTATGCAGgtgagctgga ... gattttttagTGCCCTTTGAGGAAGATGACAAGGATGCCAGCATATGGTTCTTGGACCACAACTATCATGAGACTATGTTCGACATGTTCAAGAGAATTAACG




<











<


<