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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCCCGCCAGGCAGCAAAGGCGGGTGGCTCAGCGGATGACCGTGAAGGCCGCTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtggggtttcgtctttgggttttttgggtgcgtggtccccggggccggcagtttgtctgatgaggttttttggatgtggttgtcgtttgtggggtttgggtatggtgtgtgctatgtgtccattttgttctgacgatagttgattgtttcgatgtaatgggcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S14_298V6.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18365874|gb|BJ197952.1|BJ197952
EST:     CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAG                         GCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
genomic: CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
EST: gi|67717000|gb|BJ967259.1|BJ967259
EST:     CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAG                         GCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
genomic: CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
EST: gi|67570060|gb|BJ942884.1|BJ942884
EST:     CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAG                         GCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
genomic: CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
EST: gi|208371103|gb|DC931563.1|DC931563
EST:     CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAG                         GCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
genomic: CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
EST: gi|18325539|gb|BJ157536.1|BJ157536
EST:     CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAG                         GCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
genomic: CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
EST: gi|208353715|gb|DC929716.1|DC929716
EST:     CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAG                         GCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
genomic: CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
EST: gi|67709685|gb|BJ965501.1|BJ965501
EST:     CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAG                         GCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
genomic: CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
EST: gi|100399573|gb|BY972786.1|BY972786
EST:     CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAG                         GCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
genomic: CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
EST: gi|162195954|gb|FC372151.1|FC372151
EST:     CTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAG                         GCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
genomic: CTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
EST: gi|208351065|gb|DC913501.1|DC913501
EST:     CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAANAAAATGCAG                         GCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
genomic: CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
EST: gi|18359509|gb|BJ191570.1|BJ191570
EST:     CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAG                         GCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
genomic: CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
EST: gi|18351786|gb|BJ183838.1|BJ183838
EST:     CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAG                         GCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
genomic: CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
EST: gi|162157418|gb|FC333195.1|FC333195
EST:     CAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAG                         GCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
genomic: CAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
EST: gi|100446886|gb|CJ971185.1|CJ971185
EST:     CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAG                         GCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
genomic: CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
EST: gi|100371786|gb|BY967552.1|BY967552
EST:     CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAG                         GCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
genomic: CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
EST: gi|18362987|gb|BJ195059.1|BJ195059
EST:     CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAG                         GCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
genomic: CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
EST: gi|100436275|gb|BY961135.1|BY961135
EST:     CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAGGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAG                         GCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGNGCCCAAG
genomic: CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
EST: gi|208359427|gb|DC939152.1|DC939152
EST:     CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAG                         GCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
genomic: CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
EST: gi|208399108|gb|DC904517.1|DC904517
EST:     CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAG                         GCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
genomic: CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
EST: gi|18348726|gb|BJ180775.1|BJ180775
EST:     CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAG                         GCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
genomic: CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
EST: gi|162167160|gb|FC343636.1|FC343636
EST:     CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAG                         GCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
genomic: CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
EST: gi|162255992|gb|FC431756.1|FC431756
EST:     CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAG                         GCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
genomic: CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
EST: gi|162158158|gb|FC333953.1|FC333953
EST:     CTATTAAGAAAATGCAG                         GCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
genomic: CTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
EST: gi|18356623|gb|BJ188682.1|BJ188682
EST:     CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAG                         GCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
genomic: CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
EST: gi|18373756|gb|BJ205334.1|BJ205334
EST:     CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAG                         GCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
genomic: CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
EST: gi|100440490|gb|BY962227.1|BY962227
EST:     CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAG                         GCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
genomic: CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
EST: gi|18367415|gb|BJ199498.1|BJ199498
EST:     CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAG                         GCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG
genomic: CTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 22 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 13

CCCCGCCAGGCAGCAAAGGCGGGTGGCTCAGCGGATGACCGTGAAGGCCGCTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtgggg ... taatgggcagGCTGGAGTTGATAAACTTGCTGATCTTGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAGGGCCGAAACGTCGTGCTTGAGAGCAAGTATGGCTCACCCAAAATTGTGA




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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCCCGCCAGGCAGCAAAGGCGGGTGGCTCAGCGGATGACCGTGAAGGCCGCTAAGCAGCTTCACTTCAACAAAGATGGGTCTGCTATTAAGAAAATGCAGgtgggtggggtttcgtctttgggttttttgggtgcgtggtccccggggccggcagtttgtctgatgaggttttttggatgtggttgtcgtttgtggggtttgggtatggtgtgtgctatgtgtccattttgttctgacgatagttgattgtttcgatgtaatgggcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA