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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCTGAATAGACGCAAACTCTTTTTGAGTTTGCTGCTGCTCTGCGCCGTCGTCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttctttccgccgctgccaagcattccctcctcttgtcgcctctctacgctcctgccccttcattcccattcatttgagctcttttatgcaggtt...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S136_29V6.4
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100352894|gb|BY945503.1|BY945503
EST:     GTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: GTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|67716852|gb|BJ967111.1|BJ967111
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|208346237|gb|DC905226.1|DC905226
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|67718771|gb|BJ969030.1|BJ969030
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|208391822|gb|DC937998.1|DC937998
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|100441062|gb|BY980683.1|BY980683
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|100404170|gb|BY955290.1|BY955290
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|100417599|gb|BY975561.1|BY975561
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCCTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|67702857|gb|BJ963090.1|BJ963090
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|100441353|gb|BY962642.1|BY962642
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EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
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EST: gi|100448312|gb|CJ972611.1|CJ972611
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
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EST: gi|100389111|gb|BY952315.1|BY952315
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGTGCAG                     
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EST: gi|100431950|gb|BY978589.1|BY978589
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
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EST: gi|100402416|gb|BY954825.1|BY954825
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EST: gi|100410712|gb|BY992230.1|BY992230
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
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EST: gi|100430115|gb|BY978254.1|BY978254
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
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EST: gi|100375014|gb|BY949152.1|BY949152
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|100370606|gb|BY948427.1|BY948427
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
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EST: gi|100433695|gb|BY960660.1|BY960660
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EST: gi|208370572|gb|DC936116.1|DC936116
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|67719746|gb|BJ970005.1|BJ970005
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|18372047|gb|BJ203649.1|BJ203649
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|100384758|gb|BY950748.1|BY950748
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|67717629|gb|BJ967888.1|BJ967888
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genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|100385372|gb|BY950964.1|BY950964
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|100399733|gb|BY972865.1|BY972865
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGTGCAG                     
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGA---T-C-Ggtgcgtttct ... gtcagt
EST: gi|18375491|gb|BJ207069.1|BJ207069
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|67719104|gb|BJ969363.1|BJ969363
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|67709337|gb|BJ965153.1|BJ965153
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genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
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EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|100447847|gb|CJ972146.1|CJ972146
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genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|100419246|gb|BY975888.1|BY975888
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
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EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|100355067|gb|BY964984.1|BY964984
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|208386845|gb|DC941563.1|DC941563
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|100402371|gb|BY954802.1|BY954802
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|100397827|gb|BY990421.1|BY990421
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|100363415|gb|BY966377.1|BY966377
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|100445896|gb|CJ970195.1|CJ970195
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|100449006|gb|CJ973305.1|CJ973305
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|100402544|gb|BY954888.1|BY954888
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|100418700|gb|BY975698.1|BY975698
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|67709920|gb|BJ965736.1|BJ965736
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|100363504|gb|BY966422.1|BY966422
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|67703754|gb|BJ963987.1|BJ963987
EST:     TCGGGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
genomic: TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttct ... gtcagtgcagTTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
EST: gi|208355740|gb|DC910534.1|DC910534
EST:     TCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCG                         TTGTGAAGTGCTATGGCTGGTTCTGCTCCCGAAGGTTCTCAGTTCGATGCC
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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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TCTGAATAGACGCAAACTCTTTTTGAGTTTGCTGCTGCTCTGCGCCGTCGTCGTGCTCGTCGTCGCACTCTCTTGCTCCTCCGTTCGCGCTCCCAGATCGgtgcgtttctttccgccgctgccaagcattccctcctcttgtcgcctctctacgctcctgccccttcattcccattcatttgagctcttttatgcaggtt

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